خاقانی یکی از بازیکنانی بود که برخلاف میل جواد نکونام توسط علی خطیر در لیست خروجی باشگاه استقلال قرار گرفت، تا مدیران باشگاه بتوانند قوانین مربوط به سقف بودجه را رعایت کنند.
سبحان خاقانی پس از جدایی از استقلال با اعلام فرشید طاهری مسئول کمیته نقل و انتقالات سازمان لیگ بازیکن آزاد اعلام شد و در صورتی که باشگاهی دو فاکتور را دارا می‌بود، می‌توانست برای جذب او اقدام کند.