کلیسای سنت استپانوس بعد از قره‌کلیسا مهمترین کلیسای ارامنه کشور است. این کلیسای بسیار زیبا و دیدنی در منطقه‌ای سرسبز و ییلاقی در ۱۱ کیلومتری شمال شرق جلفا در کنار رودخانه ارس قرار دارد.
این اثر در تاریخ ۱۵ اسفند ۱۳۴۱ با شمارهٔ ثبت ۴۲۹ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسید و به خاطر قدمت و سابقه تاریخی و مذهبی و شیوه معماری منحصر به فرد در سال ۱۳۸۶ در میراث جهانی یونسکو نیز ثبت شد.
این کلیسا مورد احترام تمام مسیحیان و تقریباً تمامی ادیان است، اما در واقع به شاخه مسیحیان گریگوری (پیروان گریگور روشنگر) که ساکن ارمنستان هستند تعلق دارد. در یک روز از سال هزاران نفر از ارمنیان در این نقطه گردهم می‌آیند تا ضمن زیارت، مراسم و مناسک خاص خود را به‌جای آورند.
این کلیسا در محوطه‌ای محصور از درختان و دره سرسبزی واقع شده و حصار سنگی که بنا را احاطه نموده، بارویی است بلند با هفت برج نگهبانی و پنج پشت استوانه‌ای سنگی، مانند دژ‌های دوره ساسانی و قرون اولیه اسلام. دروازه این بارو در وسط دیوار غربی تعبیه شده و دارای دری چوبی و آهن کوبی شده‌است. در پایه‌های طرفین و طاق جناغی آن سنگ تراش با حجاری‌های ظریف به‌کار رفته و نقش برجسته‌ای از مریم و کودکی عیسی در پیشانی طاقنمای آن به‌چشم می‌خورد.
این کلیسا دارای سه ساختمان اصلی و مشخص و همچنین قسمت‌های فرعی مختلفی است. سه قسمت اصلی عبارتند از نماز خانه اصلی، اجاق دانیال، برج ناقوس همچنین فضای داخلی کلیسا به صورت صلیب بوده که از سه قسمت ایوان، نمازخانه و محراب تشکیل شده است.
در زیر گنبد اصلی نقاشی‌هایی به شیوه‌ی نقاشی‌های قرون ۱۶ و ۱۷ میلادی که در منتهی الیه فضای داخلی محراب قرار دارد به چشم می‌خورد.
در دیوار‌های خارجی کلیسا، نقش برجسته‌های زیبایی، همچون سنگسار شدن استپانوس مقدس در ضلع شرقی، مصلوب شدن حضرت مسیح در ضلع غربی و عروج حضرت مسیح وجود دارد.