جماران نوشت: افکار، اندیشه ها، منش و روش امام از طرف جمعی از حوزوی‌ها که تندروی‌هایی داشتند نه تنها مورد قبول نبود که تا سر حد بی دینی نیز ایشان را کشانده بودند، نقل همسر امام در این باره شنیدنی است.
همسر امام خمینی، بانو خدیجه ثقفی در خاطرات خود به موضعی که جمعی از حوزویان مقابل شعرگویی‌های امام گرفته بودند، اشاره و چنین تعریف کرده است:
داستانی یادم آمد که نقلش بد نیست، آقا غزلی گفته بود که یک بیت آن این است:
سزد ز دانه انگور سبحه‌ای سازم
برای رفتن میخانه استخاره کنم
دانه انگور و استخاره و تسبیح! داد مقدسین را در آورده بود. کار به شکایت پیش مرحوم حاج شیخ عبدالکریم کشید. گفته بودند: آقا روح الله دیگر چه بی دینی که نکرده است! فلسفه که می‌گوید! این هم شعرش! اهل عرفان هم که هست! او را از حوزه بیرون کنید. مرحوم حاج شیخ گفته بود: "در کار خیر حاجت هیچ استخاره نیست. من تعجب می‌کنم که چرا ایشان به فکر استخاره افتاده است. این واقعه‌ای بود که خود آن آقا برایم گفت. "
از شعر‌های آقا چیز‌هایی به یادم مانده است که ذکر می‌کنم، گرچه بعضی از آن‌ها چاپ شده است:
به یاد کوی تو بیرون ز آشیانه شدم
خراب چشم تو دیدم خراب خانه شدم
برای دیدن مه طلعتان محضر شیخ
نیازمند به تسبیح دانه دانه شدم
و، اما غزلی دیگر:
یک امشبی که در آغوش ماه تابانم
زهر چه در دو جهان است روی گردانم
بگیر دامن خورشید را دمی،ای صبح
که مه نهاده سر خویش را به دامانم
هزار ساغر آب حیات خوردم از آن
لبان و همچو سکندر هنوز عطشانم
خدای را که چه سری نهفته اندر عشق
که یار در بر من خفته، من پریشانم
ندانم از تب وصل است یا زصبح فراق
که همچو مرغ سحرگاه من غزل خوانم
هزار سال اگر بگذرد از این شب وصل
ز داستان لطیفش هزار دستانم
مخوان حدیث شب وصل را تو‌ای هندی
که بیمناک ز چشم بد حسودانم
و باز از او به یاد دارم که سروده بود:
اسیر عشقم و این رتبه پادشاه ندارد
قتیل دلبرم و همچو جاه، شاه ندارد
اگر در آینه بینی جمال خویش بگویی
اسیر عشق من آن کس که شد، گناه ندارد
اگر به گوشه قلبم نظر کنی تو ببینی
لوای عشق به جایی زدم که راه ندارد
قسم به عشق که هر عاشقی اسیر تو گردد
گرش برانی از این ره دگر پناه ندارد
سروده دیگر را امروز مرور می‌کنم:
رندانه گاه از سر کویت گذر کنم
شاید به زیر چشم به رویت نظر کنم
تسبیح پارسایی و سجاده ریا
در رهن باده، چون نبود سیم و زر کنم
آمد شدن به مدرسه ام نیست بعد از این
جز آنکه جستجوی بتی عشوه گر کنم
در صحن مسجدم نبود راه غیر از آنک
بر کوی می‌فروش از آن ره گذر کنم
از این نوع اشعار بسیار بود که گم شدند و این‌ها جسته و گریخته در ذهنم باقی مانده است.