سال ۱۶۷۲، این کشتی بخشی از ناوسپاه دریاسالار Haese برای مشایعت ناوگان سمورنا بود در حالی که از مدیترانه به کانال انگلیس در مسیر هلند سفر می‌کرد. در جزیره‌ی وایت، یک ناوسپاه انگلیسی به رهبری دریاسالار هولمز به این ناوسپاه حمله کرد. در روز دوم، نبرد شدیدی آغاز و منجر به آسیب‌دیدگی شدید کلاین هولاندیا شد.
به گزارش فرادید، فرمانده‌ی کشتی، ژان وان نس در جریان نبرد کشته شد. انگلیسی‌ها سوار کشتی شدند و آن را تسخیر کردند، اما کمی بعد کلاین هولاندیا با ملوانان انگلیسی و هلندی سوار بر آن غرق شد. این عملیات غافلگیرکننده توسط یک ناوسپاه کوچک به رهبری سر رابرت هولمز و سر فِرِنچویل هولز زمینه‌ساز آغاز جنگ انگلستان-هلند سوم شد.
این کشتی غرق‌شده نخستین بار سال ۲۰۱۵ طی ارزیابی‌های دفتر آب‌نگاری انگلستان نزدیک ساحل ساسِکس شناسایی شد، اما داده‌های این ارزیابی تنها توانست آن را به عنوان یک عنصر غیرعادی در کف دریا طبقه‌بندی کند، نه به عنوان یک کشتی غرق‌شده! اما چهار سال بعد زمانی که یک غواص تفریحی چشمش به این عنصر غیرعادی افتاد موضوع را به هیستوریک اِنگلَند گزارش داد تا سرانجام به عنوان یک کشتی غرق‌شده تایید شد.
باستان‌شناسان دریایی هلند و انگلستان در سال ۲۰۱۹ تحقیقات در این سایت را آغاز کردند. وضعیت کشتی از دید آن‌ها خوب بود. لاشه‌ی چوبی کشتی تا حد زیادی سالم مانده بود و چندین توپ برنزی آن ظاهراً در شرایط عالی بودند. مقداری از بار کشتی از جمله سفال‌های ایتالیایی و کاشی‌های سنگ مرمر هم در کف دریا سالم پیدا شدند. بررسی‌های میکروسکوپیک، ترکیب مواد معدنی و تحلیل ایزوتوپ پایدارِ دو تا از کاشی‌های بدست آمده از لاشه‌ی کشتی نشان داد آن‌ها از مرمر معادن معروف کارارا در توسکانی ساخته شدند و احتمالاً قرار بوده به خانه‌ی ثروتمندی در هلند فرستاده شوند.
برای مستند کردن اطلاعات این کشتی غرق‌شده و جستجو برای شواهد شناسایی آن، داوطلبان به غواصان حرفه‌ای کمک کردند. یک داوطلب که دچار اختلال بینایی بود به لطف توانایی خوانش لمسی خود در شناسایی توپ‌های برنزی بسیار مفید واقع شد. پس از ۲۸۲ غواصی، تحقیقات آرشیوی و تحلیل‌های حلقه‌ی درخت روی الوار‌های کشتی، کشتی «کلاین هولاندیا» سرانجام شناسایی شد.