فرارو- شیخ فضل‌الله نوری از علمای مشروطه در مردادماه ۱۲۸۸ به اتهام مخالفت با مشروطه بازداشت و اعدام شد.
یفرم خان ارمنی که ریاست کل شهربانی را داشت معتقد بود "اگر خیال اعدام شیخ را دارند باید هر چه زودتر به اجرا بگذارند، زیرا بعداً احساسات آتشین مردم فروکش می‌کند و اجرای این نقشه به‌راحتی نخواهد بود"
وی از ۲۶ تیر ماه در خانه اش تحت نظر بود و پیش از دستگیری خبرش به شیخ رسیده بود.
سفیر روس برای شیخ پیغام فرستاد که چنانچه مایل است فوراً به سفارت روس پناهنده شود و اگر هم بخواهد میشود چند نفر سالدات روسی به منزل او بروند تا مشروطه‌خواهان از تعرض به او منصرف شوند.
شیخ با هیچ یک از این دو پیشنهاد موافقت نکرد و گفت: "در مقابل مشیت و اراده الهی تسلیم صرف است. "
چنان که معروف است برخی از علما برای نجات شیخ فضل‌الله از اعدام، تلگرافی در ضرورت حفظ و تأمین امنیت ایشان به تهران فرستادند، اما پس از قرائت آن در مجلس عالی انقلاب، تصمیم بر آن شد پس از اعدام شیخ این تلگراف منتشر شود که البته هرگز این تلگراف منتشر نگردید و کسی از محتوای آن اطلاعی نیافت.
بالاخره در تاریخ ۶ مرداد ۱۲۸۸ عده‌ای نزدیک به هفتاد نفر از مجاهدان مسلح ارمنی به فرماندهی یوسف‌خان ارمنی شبانه به خانه مجتهد بزرگ تهران هجوم آورده ایشان را دستگیر و برای محاکمه یکسره به اداره نظمیه در میدان توپخانه بردند.
به روایت شاهدان عینی ماجرا محاکمه‌ای از شیخ به عمل نیامد. در جلسه دادگاه شیخ ابراهیم زنجانی چند سوال از مرحوم شیخ نمود که مورد استهزاء و تمسخر ایشان قرار گرفت و بلافاصله زنجانی حکم اعدام مرحوم نوری را داد.
در زمان اجرای حکم، شیخ فضل‌الله حدود ده دقیقه روی چهارپایه برای مردمی که به تماشای مراسم اعدام آمده بودند صحبت کرد: خدایا تو شاهد باش که من آنچه را که باید بگویم به این مردم گفتم. خدایا تو خودت شاهد باش که من برای این مردم به قرآن تو قسم یاد کردم و آن‌ها گفتند: قوطی سیگارش بود. محاکمه من و شما مردم بماند نزد پیغمبر خدا محمدبن عبدالله.
هنوز صحبتش تمام نشده بود که یوسف‌خان ارمنی به طرز خفت باری عمامه از سر شیخ برداشت و به طرف جمعیت پرتاب کرد و بالاخره یفرم طناب دار را بر گردن ایشان افکند و حکم اعدام را اجرا کرد.
دکتر تندرکیا ماجرای دستگیری و محاکمه و دار زدن آیت‌الله نوری را درکتاب شاهین از زبان «مدیر نظام نوابی» معروف به «آقا بزرگ» افسری که مستحفظ حاج شیخ بوده است چنین می‌نویسد:
مدیرنظام می‌گوید: وضعیت شهر وخیم بود. مشروطه‌طلبان شهر را زیر آتش خود گرفته بودند مأموریت من درجنوب شهر بود. فرمانده به ما پیشنهاد کرد که از بیراهه به مجاهدان ملحق شویم من نپذیرفتم و خود را کنار کشیدم. تا آنکه می‌گوید: به خانه شیخ شهید رفتم و به دستور شیخ شهید تفنگچی‌های محافظ خانه را به باغ شاه فرستادیم و گفت من مستحفظ برای چه می‌خواهم؟ از آن پس در خانه فقط من ماندم و میرزا عبدالله واعظ و آقا حسین قمی و شیخ خیرالله و همین؛ آن روز‌ها آقا مریض بود و چلو و زیره می‌خورد.
روز چهارم پناهندگی شاه بود که آقا، میرزا عبدالله و آقاحسین و شیخ خیرالله را صدا کرد و گفت: «عزیزان من این‌ها با من کار دارند نه با شما. این خانه مورد هجوم این‌ها خواهد شد. از شما هیچ کاری ساخته نیست. من ابداً راضی نیستم که بیهوده جان شما به خطر بیفتد. بروید خانه‌های خودتان و دعا کنید. ایشان هم پس از آه و ناله رفتند. من ماندم و آقا... راستی یادم رفت بگویم دیروزش در اتاق بزرگ همه جمع بودیم و آقایان هر یک به عقل خودشان راه علاجی به آقا پیشنهاد می‌کردند و او جواب‌هایی می‌داد، یک مرتبه آقا رویش را به من کرد و به اسم فرمود آقا بزرگ‌خان تو چه عقلت می‌رسد؟ من خودم را جمع و جور کردم و عرض کردم آقا من دو چیز به عقلم می‌رسد: یکی این که در خانه‌ای پنهان شوید و مخفیانه به عتبات بروید آنجا در امن و امان خواهید بود و بسیارند کسانی که با جان و دل، شما را در خانه‌شان منزل خواهند داد. اینکه نشد اگر من پایم را از این خانه بیرون بگذارم اسلام رسوا خواهد شد. تازه مگر می‌گذارند؟! خوب دیگر چه؟ عرض کردم دوم اینکه مانند خیلی‌ها تشریف ببرید به سفارت.
آقا تبسم کرده فرمود شیخ خیرالله برو و ببین زیر منبر چیست؟ شیخ خیرالله رفت و از زیر منبر یک بقچة قلمکار آورد فرمود بقچه را بازکن باز کرد چشم همه ما خیره شد. دیدیم یک بیرق خارجی است! خدا شاهد است من که مستحفظ خانه بودم اصلاً نفهمیدم این بیرق را کی آورد و از کجا آورد؟ دهان همه ما از تعجب باز ماند! فرمود: حالا دیدین این را فرستاده‌اند که من بالای خانه‌ام بزنم و در امان باشم، اما رواست که من پس از هفتاد سال که محاسنم را برای اسلام سفید کرده‌ام حالا بیایم و بروم زیر بیرق کفر؟ بقچه را از همان راهی که آمده بود پس فرستاد!
روز چهارم بود، چهارم رفتن شاه به سفارت. نزدیک نصف شب دیدیم در می‌زند وا کردیم میرزاتقی‌خان آهی است به آقا خبر دادیم گفت بفرمایند تو. رفت تو. گفت میرزاتقی‌خان چه عجب یاد ما کردی این وقت شب چرا؟! گفت آقا کار واجبی بود. از امام جمعه و امیربهادر پیغامی دارم... گفت بفرمائید ببینم چه پیغامی دارید؟ گفت پیغام داده‌اند که ما در سفارت روس هستیم و در اینجا مخلای طبع شما یک اتاق آماده کرده‌ایم خواهش می‌کنیم برای حفظ جان شریفتان قدم رنجه فرمایید و بیایید اینجا البته می‌دانید در شرع مقدس حفظ جان از واجبات است.
گفت میرزاتقی‌خان از قول من به امام جمعه بگو تو حفظ جان خودت را کردی کافیست لازم نیست حفظ جان مرا بکنی! آن شب هم گذشت. شب چهارم بود. فردا و یا پس فردا و یا پس فردایش درست یادم نیست. روز پنجم یا ششم، آقا مرا خواست. رفتم توی کتابخانه.
گفت فرزند! تو جوانی، جوان رشیدی هم هستی بیست و هفت، هشت ساله بودم من حیفم می‌اید که تو بی‌خود کشته شوی. اینجا می‌مانی چه کنی؟ برو فرزند. از اینجا برو!. من قلباً به این امر راضی نبودم. رفتم در اندرون. حاج‌میرزاهادی (پسر شیخ نوری) را صدا کردم گفتم آقا مرا جواب کرده تکلیفم چیست؟ حاج میرزاهادی رفت و به خانم قضیه را گفت که یک مرتبه ضجة خانم‌ها بلند شد. نمی‌خواستند من بروم! آقا از کتابخانه ملتفت شد و حاج‌میرزاهادی را صدا زد و گفت این سر و صدا‌ها چیست؟! می‌خواهید جوان مردم را به کشتن بدهید... همه ساکت شدند و من رفتم توی کتابخانه. زانوی آقا را همان طور که نشسته بود بوسیدم که مرخص شوم فرمود: فرزند من خیلی خیالات برای تو داشتم افسوس که دستم کوتاه شد. برو پسرجان برو تو را به خدا می‌سپارم» (مراجعه شود به جلد اول نهضت روحانیون ایران، تألیف آقای علی دوانی، ص ۱۵۰ و بعد).
ده‌ها نفر روز یازده ماه رجب وارد منزل شیخ فضل‌الله شدند. وی را دستگیر و با درشکه به ادارة نظمیه بردند و زندانی کردند. رئیس نظمیه یپرم‌خان ارمنی از فاتحین تهران بود. مورخین به صور مختلف جریان بعد از بازداشت حاج شیخ‌فضل‌الله را نقل کرده‌اند. محاکمه‌ای که ترتیب داده شده با حضور چند نفر و حاکم آن حاج‌شیخ ابراهیم زنجانی بود.
نامبرده عصر روز سیزده رجب شیخ را به عمارت خورشید واقع در کاخ گلستان بردند. تالار مفروش نبود وسط تالار یک میز گذاشته بودند یک طرف میز یک صندلی بود و یک طرف دیگرش یک نیمکت. شش نفر روی این نیمکت حاضر و آماده نشسته بودند. شیخ را روی صندلی نشاندند. مدیرنظام می‌گوید: من توی درگاه ایستاده بودم تقریباً بیست نفر تماشاچی هم بود. مجاهد و غیرمجاهد، ولی همه از هم عقیده‌های خودشان بودند که به ایشان اجازه ورود داده بودند. سه نفر از این شش مستنطق را می‌شناخت یکی حاج شیخ‌ابراهیم زنجانی بود من او را می‌شناختم.
اصلاً معلوم نبود این آخوند چه دین و آیینی دارد. در رأس این شش نفر مستنطق شیخ‌ابراهیم قرار داشت که فوراً آقا شروع کرد به سئوالات از اول تا آخر همه‌اش از تحصن حضرت عبدالعظیم سئوال کرد که چرا رفتی؟ چرا آن حرف‌ها را زدی؟ چرا آن چیزها را نوشتی؟ پول از کجا آورده‌ای و از این چیزها؛ و آقا جواب می‌داد. خیلی می‌خواستند بدانند آقا مخارج حضرت عبدالعظیم را از کجا می‌آورده. آقا هم یکی یکی قرض‌های خود را شمرد و آخر سرگفت دیگر نداشتم که خرج کنم وگرنه باز هم در حضرت عبدالعظیم می‌ماندم.
یکی از آن شش نفر از آقا سئوال کرد مگر محمدعلی شاه مخارج حضرت عبدالعظیم شما را نمی‌داد؟ آقا جواب داد شاه وعده‌هایی کرده بود، ولی به وعده‌های خود وفا نکرد. در ضمن استنطاق، آقا اجازه نماز خواست، اجازه دادند. آقا عبایش را همان نزدیکی روی صحن اتاق پهن کرد و نماز ظهرش را خواند، اما دیگر نگذاشتند نماز عصرش را بخواند. آقا این روز‌ها همین طور مریض بود و پایش هم از همان وقت تیر خوردن درد می‌کرد زیر بازوی او را گرفتیم و دوباره روی صندلی نشاندیم و دوباره استنطاق شروع شد دوباره شروع کردند در اطراف تحصن حضرت عبدالعظیم سئوالات کردند.
در ضمن سئوالات یپرم از در پایین آهسته وارد تالار شد و پنج شش قدم پشت سر آقا برای او صندلی گذاشتند؛ و نشست. آقا ملتفت آمدن او نشد. چند دقیقه‌ای که گذشت یک واقعه‌ای پیش آمد که تمام وضعیت تالار را تغییر داد. در اینجا من از آقا یک قدرتی دیدم که در تمام عمرم ندیده بودم. تمام تماشاچیان وحشت کرده بودند. تن من می‌لرزید.
یک مرتبه آقا از مستنطقین پرسید: کدام یک از شما یپرم‌خان هستید؟! همه به احترام یپرم سرجایشان بلند شدند و یکی از آن‌ها با احترام یپرم را که پشت سر آقا نشسته بود نشان داد و گفت یپرم‌خان ایشان هستند. آقا همینطور که روی صندلی نشسته بود و دو دستش را روی عصا تکیه داده بود به طرف چپ نصفه دوری زد و سرش را برگرداند و با تغیّر گفت: یپرم تویی؟! یپرم گفت: بله. شیخ فضل‌الله تویی؟! آقا جواب داد بله منم! یپرم گفت: تو بودی که مشروطه را حرام کردی؟! آقا جواب داد: بله من بودم و تا ابدالدهر هم حرام خواهد بود. مؤسسین این مشروطه همه لامذهبین هستند و مردم را فریب داده‌اند. آقا رویش را از یپرم برگرداند و به حالت اول خود درآورد.
در این موقع که این کلمات با هیبت مخصوص از دهان آقا بیرون می‌آمد نفس از در و دیوار بیرون نمی‌آمد همه ساکت شده گوش می‌دادند. تن من رعشه گرفت با خود می‌گفتم این چه کار خطرناکی است که آقا دارد در این ساعت می‌کند؟ آخر یپرم رئیس مجاهدین و رئیس نظمیه آن وقت بود! بعد از چند دقیقه یپرم از همان راهی که آمده بود رفت و استنطاق هم تمام شد... فردای شهادت آقا، ورقه‌ای منتشر شد راجع به محاکمه شدن آقا چیز‌هایی در آن نوشته بودند که ابداً و اصلاً ربطی به آنچه من روز پیش دیده و شنیده بودم نداشت!
مدیرنظام می‌افزاید: از همان وقت آقا می‌دانست که او را می‌کشند. مخصوصاً وقتی که موقع برگشتن در توپخانه، آن بساط را دید دیگر حتم داشت. خود من در این هنگام به فاصلة یک متری آقا به لنگة شمالی در نظمیه تکیه داده بودم به کلی روحیه‌ام را باخته بودم هیچ امیدی نداشتم شب قبلش دار را در مقابل بالاخانه‌ای که آقا در آن حبس بودند برپا کرده بودند صحن توپخانه مملو از خلق بود. ایوان‌های نظمیه و تلگراف‌خانه و تمام اتاق‌ها و پشت‌بام‌های اطراف مالامال جمعیت بود.
دوربین‌های عکاسی در ایوان تلگراف‌خانه و چند گوشه و کنار دیگر مجهز و مسلط به روی پایه‌های سوار شده بودند. همه چیز گواهی می‌داد که هیچ جای امیدی نیست. تمام مقدمات اعدام از شب پیش تهیه دیده شده بود! یک حلقه مجاهد، دور دار دایره زده بودند. چهارپایه‌ای زیر دار گذاشته شده بود. مردم مسلسل کف می‌زدند و یک ریز فحش و دشنام می‌دادند. هیاهوی عجیبی صحن توپخانه را پر کرده بود که من هرگز نظیر آن را ندیده بودم. ناگهان یکی از سران مجاهدین که غریبه بود و من آن را نشناختم به سرعت وارد نظمیه شد و راه پله‌های بالا پیش گرفت تا برود پله‌های بالا آقا سرش را از روی دستهایش برداشت و به آن شخص آرام گفت: اگر من باید بروم آنجا (با دست میدان توپخانه را نشان داد) که معطلم نکنید آن شخص جواب داد: الآن تکلیف معین میشود و با سرعت رفت بالا و بلافاصله برگشت و گفت: بفرمائید آنجا! (میدان توپخانه را نشان داد). آقا با طمأنینه برخاست و عصازنان به طرف نظمیه رفت. جمعیت جلوی در نظمیه را مسدود کرده بود. آقا زیر در مکث کرد. مجاهدین مسلح مردم را پس و پیش کرده راه را جلوی او باز کردند آقا همانطور که زیر در ایستاده بود نگاهی به مردم انداخت و رو را به آسمان کرد و این آیه را تلاوت فرمود: «وَ اُفُوِضُ اَمْری اِلَی‌الله اِنَ اللهَ بَصیرٌ بِالْعِباد» و به طرف دار به راه افتاد...
روز ۱۳ رجب ۱۳۲۷ قمری بود. روز تولد امیرالمؤمنین علی (علیه‌السلام). یک ساعت و نیم به غروب مانده بود. درهمین گیراگیر باد هم گرفت و هوا به هم خورد. آقا هفتادساله بود و محاسنش سفید بود. همین طور عصازنان و به طور آرام و با طمأنینه به طرف دار می‌رفت و مردم را تماشا می‌کرد. یک مرتبه به عقب برگشت و صدا زد «نادعلی» ... نادعلی فوراً جمعیت را به هم زد و پرید و خودش را به آقا رسانید و گفت بله آقا. مردم که یک جار و جنجالی جهنمی راه انداخته بودند یک مرتبه ساکت شدند و می‌خواستند ببینند آقا چکار دارد خیال می‌کردند مثلاً وصیتی می‌خواهد بکند حالا همه منتظرند ببینند آقا چکار می‌کند... دست آقا رفت توی جیب بغلش و کیسه‌ای درآورد و انداخت جلوی نادعلی و گفت: علی این مهر‌ها را خرد کن! الله اکبر کبیر! ببینید در آن ساعت بی‌صاحب، این مرد ملتفت چه چیز‌هایی بوده نمی‌خواسته بعد از خودش مهرهایش به دست دشمنانش بیفتد تا سندسازی کنند... نادعلی همانجا چند تا مهر از توی کیسه درآورد و جلوی چشم آقا خرد کرد.
آقا بعد از این که از خردشدن مهر‌ها مطمئن شد به نادعلی گفت برو و دوباره راه افتاد و به پای چهارپایه دار رسید. پهلوی چهارپایه ایستاد. اول عصایش را به جلو میان جمعیت پرتاب کرد قاپیدند عبای نازک مشکی تابستانی دوشش بود. عبا را درآورد و همانطور که جلو میان مردم پرتاب کرد قاپیدند زیر بغل آقا را گرفتند و از دست چپ رفت روی چهارپایه رو به بانک شاهنشاهی و پشت به نظمیه قریب ده دقیقه برای مردم صحبت کرد. چیز‌هایی که از حرف‌های او به گوشم خورد و به یادم مانده این‌ها هستند: «خدایا تو خودت شاهدی که من آنچه را که باید بگویم به این مردم گفتم، خدایا تو خودت شاهد باش که من برای این مردم به قرآن تو قسم یاد کردم گفتند قوطی سیگارش بود. خدایا خدایا تو خودت شاهد باش در این دم آخر باز هم به این مردم می‌گویم که مؤسسین این اساس لامذهبین هستند که مردم را فریب داده اند این اساس مخالف اسلام است... محاکمه من و شما مردم بماند پیش پیغمبر محمدبن عبدالله...».
بعد از این که حرفهایش تمام شد عمامه‌اش را از سرش برداشت و تکان تکان داد و گفت از سر من این عمامه را برداشته‌اند از سر همه برخواهند داشت. این را گفت و عمامه‌اش هم همانطور به جلو میان جمعیت پرتاب کرد قاپیدند. در این وقت طناب را به گردن او انداختند و چهارپایه را از زیر پای او کشیدند و طناب را بالا کشیدند... تا چهارپایه را از زیر پای او کشیدند یک مرتبه تنه سنگینی کرد و کمی پایین افتاد، اما دوباره بالا کشیدند و دیگر هیچ‌کس از آقا کمترین حرکتی ندید! پس از اینکه آقا، جان تسلیم کرد دستة موزیک نظامی پای دار آمد و همانجا وسط حلقه شروع کرد به زدن و مجاهدین با تفنگهایشان همینطور می‌رقصیدند. وقتی که موزیک راه افتاد مخالفین و ارامنه‌ای که توی ایوان جمع بودند کف می‌زدند و شادی می‌کردند.