مراسم تشییع آیت الله فاطمی‌نیا با حضور پرشور مردم شهر مقدس قم از مسجد امام حسن عسکری (ع) به سمت حرم مطهر حضرت معصومه (س) برگزار و سپس اقامه نماز بر پیکر وی به امامت آیت‌الله جعفر سبحانی در صحن امام رضا (ع) حرم انجام شد و این عالم ربانی در مسجد بالاسر به خاک سپرده شد.