مدتی است که عده‌ای سعی می‌کنند با تحلیل‌های افراطی، شبهه رویارویی نظر امام خمینی و هاشمی رفسنجانی را مطرح و ثابت کنند. می‌گویند نظر امام «جنگ جنگ تا رفع فتنه در عالم بود» و نظر و عمل هاشمی «جنگ جنگ تا یک پیروزی مهم برای مذاکره» بوده است.
در صورتی که نظر امام، استدلال دینی است نه سیاسی یا نظامی. اگر چنین بود چرا امام مخالف ورود نیرو‌ها به خاک عراق بودند؟ عملیات در خاک عراق را منوط به سرزمین‌های خالی از مردم و آسیب نزدن به مردم عراق کرده‌اند و آیت‌الله هاشمی در هنگام قبول جانشینی فرماندهی جنگ به امام گفتند که من بنای فرماندهی را بر ختم جنگ با عملیات‌های بزرگ موفق و سرنوشت ساز می‌گذارم و با توجه این نظر آیت‌الله هاشمی، امام خمینی در طول جنگ از ایشان حمایت جدی داشتند.
از سال ۶۲ که هاشمی با حکمی از امام برای فرماندهی جنگ به جبهه رفت. بعد به پیشنهاد آیت‌الله خامنه‌ای ایشان را به عنوان جانشین فرماندهی کل قوا انتخاب کردند، برای پیروزی در جنگ و خاتمه جنگ و اثبات متجاوز بودن عراق تلاش موفقی داشتند. با تدبیر با اصلاح قطعنامه ۵۹۸ جنگ با احکام پرداخت میلیارد‌ها دلار خسارت و برگشت آزادگان به پایان رسید.
نه حضرت امام (ره) و نه آیت‌الله هاشمی رفسنجانی که جانشین فرماندهی او بود، از فرماندهانی نبودند که در حین جنگ و عملیات روحیه نظامیان و مردم را ضعیف کنند. تا لحظه آخر همیشه از شکست دشمن و حماسه می‌گفتند و رجزخوانی لازم را داشتند، زیرا که این طبیعت جنگ است و باید روحیه طرف مقابل را شکست و نباید روحیه نیرو‌های خودی تضعیف شود.
بر این اساس تمام تلاش خود را برای هماهنگی سپاه و ارتش در قرارگاه خاتم‌الانبیاء به خرج دادند. زیرا که ارتش و سپاه دو شیوه مختلف آموزشی و نظامی داشتند. ارتش نظم آهنین داشت و تفکر و عمل سپاه انقلابی واقعی بود و تصمیم می‌گرفتند و پیش می‌رفتند و خط‌شکنی می‌کردند، ارتش با هواپیما، هلی‌کوپتر‌ها و توپخانه‌ها و نیرو‌های پشتیبانی می‌کرد.
با این هماهنگی‌ها و تعامل‌ها، پیشرفت‌هایی به دست آمد و ده‌ها عملیات افتخارآمیز نیز انجام شد؛ لذا عراق به استفاده از سلاح‌های غیرمتعارف از جمله شیمیایی و کشتارجمعی و حمله کور به شهر‌ها و مردم رو آورد که از آخرین نمونه‌های آن کشتار مردم خود در حلبچه بود. استفاده از سلاحی که مردم فقط با تنفس کشته می‌شدند. هاشمی از حلبچه بازدید کرد و نزد امام رفت و نظر خود را برای اتمام جنگ گفت. بعد از مشورت‌ها و نامه‌نگاری فرماندهان امام قانع شدند و پذیرفتند و هاشمی گفت و نوشت که یکی از لحظات شیرین زندگی‌ام اتمام جنگ است.
در صورتی که هنوز افراطی‌هایی هستند که این حرکت هاشمی را جنایت فرض می‌کنند. البته از موفقیت‌های مهم زندگی خود، فتوحات افتخارآمیز در جنگ را هم می‌دانستند. ولی گفتند نمی‌توانند به آن بنازند، چون از دو طرف ایران و عراق انسان‌های زیادی شهید و کشته می‌شدند.
خوشبختانه آتش خاموش شد، اگر جنگ ادامه پیدا می‌کرد با فاجعه‌ای به پایان می‌رسید؛ لذا شعار افراطی خیانت خواندن پایان افتخارآمیز جنگ، شعاری توخالی است چرا که هیچکس (از جمله آیت‌الله هاشمی رفسنجانی) در جنگ به خیانت نمی‌اندیشید، بلکه به فکر توسعه کشور و جان‌هایی بودند که از دست می‌رود.
باید این پرسش را از تندرو‌ها پرسید که اگر امام با سیاست هاشمی موافق نبودند چرا بعد از حکم فرماندهی ایشان در سال ۶۲ مجددا جانشینی فرماندهی کل قوا را به ایشان دادند؟ و در حکم ایشان نوشتند که با توجه به همه جوانب فرد مناسب برای تصدی این مسوولیت شما هستید، در نتیجه با نظر گرفتن جمیع جهات راهبرد امام (ره) در جنگ تحمیلی عراق علیه ایران نه فقط جنگ جنگ تا رفع فتنه در عالم نبود بلکه ایشان راهبرد انتخابی هاشمی رفسنجانی را مغایر راهبرد خود نمی‌دانسته‌اند، لذا تا آخر هم از هاشمی حمایت کردند.