آفتاب یزد نوشت: زمانی که سعید جلیلی معاونت اروپا و آمریکا وزارت امور خارجه را برعهده داشت، باقری کنی مدیرکل اروپای مرکزی و شمالی این معاونت بود و پس از سعید جلیلی، مدتی به‌عنوان معاون اروپای وزیر امور خارجه فعالیت کرد و پس از حضور جلیلی در شورای عالی امنیت ملی، علی باقری به‌عنوان معاون او منصوب شد.
باقری‌کنی از ۱۳۸۶ تا ۱۳۹۲ و در دوره سکان‌داری سعید جلیلی در مذاکرات هسته‌ای در دولت نهم و دهم عضویت داشت. سال‌هایی که روسیه و چین هم کنار ایران نبودند و قطعنامه‌های پی‌درپی علیه ایران صادر می‌شد. پرونده هسته‌ای از فاز حقوقی وارد فاز امنیتی شده بود.
قطعنامه‌های شورای امنیت که از سوی احمدی‌نژاد، «کاغذ پاره» خوانده می‌شدند، ایران را به گرداب تحریم‌های بی‌سابقه مالی و نفتی کشانده بود. اما این روند با انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۹۲ متوقف شد.
علی باقری پس از پیروزی انتخاباتی روحانی از تیم هسته‌ای کنار رفت و نقدهایش علیه مذاکرات برجامی ظریف را در رسانه‌هایی مانند شبکه افق سیما، وب‌سایت مدرسه کالک وابسته به بسیج دانشجویی و مرکز رشد دانشگاه امام صادق منتشر کرد. او مقدمه‌ای هم بر نسخه فارسی کتاب خاطرات وندی‌شرمن، مذاکره‌کننده تیم هسته‌ای نوشت.
علی باقری، سال ۱۳۹۲ رئیس ستاد انتخاباتی سعید جلیلی و منتقد جدی هرگونه مذاکره با آمریکا بود. در آن سال، ایران تحت شدیدترین تحریم‌های مالی و نفتی قرار داشت و برنامه گزینه «نفت در برابر غذا» پیش روی جمهوری اسلامی ایران گذاشته شده بود.
تحت تاثیر چنین فضایی، انتخابات ریاست جمهوری ایران به کارزار صف‌آرایی حامیان مذاکره، تبدیل شد. باقری پس از پیروزی حسن روحانی در آن انتخابات همراه سعید جلیلی به یکی از منتقدان جدی مذاکرات هسته‌ای در دولت روحانی بدل شد.
باقری پس از توافق ژنو که پیش‌درآمد برجام بود، در مجلس حضور یافت و محتوای مذاکرات و توافقات را در کمیسیونی با عنوان «کمیسیون برجام» که ریاست آن را علیرضا زاکانی برعهده داشت، نقد کرد. باقری در مقاطع دیگری ازجمله، حضور در برنامه‌های شبکه افق سیما در نقد عملکرد تیم سیاست خارجی دولت سخنانی را ابراز داشت.
بعد از انتخابات ریاست جمهوری ۱۴۰۰ علی باقری به‌عنوان نماینده ابراهیم رئیسی وظیفه انتقال امور وزارت خارجه را بر عهده گرفت و در روز‌های اول پیروزی رئیسی در وزارت خارجه مستقر شد. از همان زمان گمانه‌ها برای حضورش در تیم مذاکره‌کننده قوت گرفت.
پس از وزارت حسین امیرعبداللهیان، باقری به‌عنوان معاون سیاسی او، ماموریت هدایت مذاکرات را زیر نظر شورای عالی امنیت ملی برعهده گرفت. حالا دانش‌آموخته دانشگاه امام صادق که زمانی معاون سعید جلیلی در مذاکرات بود به‌جای سیدعباس عراقچی فارغ‌التحصیل اندیشه سیاسی دانشگاه کنت انگلستان نشسته و برای نهایی کردن دستاورد‌های مذاکراتی عراقچی و به‌روزرسانی آن با توجه به تحولات ایران و جهان، تلاش می‌کند.
اگرچه بسیاری پیش‌بینی‌ها از حضور سعید جلیلی در تیم مذاکره‌کننده خبر می‌دادند، اما افشای رسانه‌ای نامه سعید جلیلی به رهبری در نقد روند مذاکرات وین که هدایتش را باقری بر عهده داشت، نشان داد، باقری رویکردی متفاوت از جلیلی در مذاکرات دنبال کرده که از قضا مورد توافق مقامات عالی نظام نیز بوده است.
جلیلی در آن نامه ۲۰۰ صفحه‌ای به رهبر انقلاب، پیشنهاد خروج از برجام، افزایش غنی‌سازی حتی تا ۹۰ درصد را داده بود، با این منطق که بعد از شکستن خطوط قرمز هسته‌ای، امتیازات بیشتری را کسب می‌کنیم. این همان رویکردی بود که وقتی جلیلی در دولت‌های نهم و دهم مذاکره‌کننده ارشد ایران بود، دنبال می‌کرد. حالا، اما باقری، تلاش می‌کند با تاکتیک «مذاکره برای رفع تحریم» راهی متفاوت از سعید جلیلی را برود.
مجموعه کنش‌های علی باقری در مذاکرات وین نشان می‌دهد، تیم مذاکره‌کننده ابراهیم رئیسی، از حیث تجربه و تخصص و تحصیلات با تیم مذاکره‌کننده دولت‌های یازدهم و دوازدهم متفاوت است. اما این طور که پیداست علی باقری در این دور از مذاکرات کوشش کرده راهی متفاوت از سعید جلیلی را برای دستیابی به نتیجه عملی در مذاکرات که بهبود معیشت مردم از راه رفع تحریم‌ها را نشانه رفته، دنبال کند.
مسیری که قبلاً عباس عراقچی مذاکره‌کننده ارشد ایران در دولت روحانی برای رفع تحریم‌ها دنبال می‌کرد و تلاش تیم باقری در روز‌های اول مذاکرات بر مرور متن‌های قبلی مذاکره و پذیرش خواسته طرف‌های اروپایی برای ازسرگیری مذاکرات از نقطه توقف در مذاکره با عراقچی بود. توقفی که همان زمان هم به نقطه تصمیم در تهران و واشنگتن رسیده بود، اما حالا در دولت رئیسی، تصمیم برای توافق به نقطه امیدوارکننده‌ای رسیده است.
نرفتن امیرعبداللهیان به وین در حساس‌ترین روز‌های مذاکرات، برخلاف ظریف که در مراحل مهم مذاکرات حضور فعالی کنار مذاکره‌کنندگان داشت، گویای اعتماد بالای نظام و وزیر خارجه به عملکرد باقری است. در واقع در حال حاضر علی باقری از دانش‌آموختگی رشته معارف اسلامی و اقتصاد تا مذاکره‌کننده ارشد ایران در مذاکرات وین، راهی را رفته که در آن از معاونت جلیلی در شورای امنیت ملی تا مذاکرات دولت نهم و دهم مسیری پانزده‌ساله را طی کرده است.
در این مسیر به‌جز دوره‌ای که معاون جلیلی در وزارت خارجه بوده تجربه دیپلماتیک موثری هم نداشته و تحصیلاتش در دانشگاه امام صادق نیز مرتبط با حوزه کاری او نیست، اما تا کنون توانسته مذاکرات وین را به سمتی پیش ببرد که طبق گفته طرفین، توافق از آن چه فکر می‌کنیم نزدیک‌تر است.
باقری بعد از دولت احمدی‌نژاد، در نقش تحلیلگر سیاسی به نقد برجام و مذاکرات هسته‌ای می‌پرداخت و برجام را «خسارت محض» و «تهدیدی برای امنیت ملی» می‌دانست و دستاوردی برای آن قائل نبود، حالا به‌عنوان یک دیپلمات مذاکره‌کننده عملگرا، باید مذاکرات احیای برجام را به ایستگاه پایانی برساند. باید دید این تغییر رویکرد به دلیل تفاوت‌هایی است که علی باقری کنی با سعید جلیلی دارد؟ یا استراتژی نظام است که از او چنین مذاکره‌کننده ارشدی ساخته است؟