آیت‌الله سید ابراهیم رئیسی در پیام تسلیت درگذشت آیت‌الله صافی گلپایگانی این ضایعه بزرگ را محضر مقدس حضرت بقیه‌الله الاعظم (عج)، مقام معظم رهبری (مدظله العالی)، حوزه‌های علمیه، بیت شریف و عموم مقلدان و شاگردان و دوستداران ایشان تسلیت گفته و از پیشگاه خداوند متعال برای روح مطهر آن عالم وارسته، علوّ درجات و همجواری با ائمه اطهار (ع) را مسألت کرده است.
به گزارش ایسنا، متن پیام تسلیت رئیس جمهور به شرح زیر است:
بسم‌الله الرحمن الرحیم
انا لله و انا الیه راجعون
إِذَا مَاتَ الْعَالِمُ ثُلِمَ فِی الْإِسْلَامِ ثُلْمَةً لَا یَسُدُّهَا شَیْءٌ.
ارتحال مرجع عالیقدر شیعیان، حضرت آیت‌الله العظمی صافی گلپایگانی (طاب ثراه)، موجب تأثر و اندوه فراوان گردید.
این عالم ربانی که از شاگردان مبرز آیات عظام بروجردی، حجت و گلپایگانی بوده و پس از انقلاب اسلامی عضو مجلس خبرگان اول و مدتی مسئولیت خطیر دبیری شورای نگهبان را بر عهده داشت، با بینش عمیق دینی، زهد و ساده‌زیستی و قلبی سرشار از عشق به اسلام و اهل بیت (ع)، بویژه حضرت، ولی عصر (عج) عمر گرانمایه خود را وقف مجاهدت در مسیر گسترش معارف اسلامی و نظام اسلامی نمود.
این مرجع والامقام همزمان با تلاش در پاسداری از ارزش‌های دینی و تألیف آثار ارزشمند فراوان و تربیت شاگردان، در سنگر مبارزات انقلابی نیز حضوری فعال داشت. به یقین آثار ماندگار و سلوک معنوی ایشان همواره الهام‌بخش و چراغی فراروی طلاب و فضلاء و حوزه‌های علمیه خواهد بود.
اینجانب این ضایعه بزرگ را محضر مقدس حضرت بقیه‌الله الاعظم (عج)، مقام معظم رهبری (مدظله العالی)، حوزه‌های علمیه، بیت شریف و عموم مقلدان و شاگردان و دوستداران ایشان تسلیت عرض نموده و از پیشگاه خداوند متعال برای روح مطهر آن عالم وارسته، علوّ درجات و همجواری با ائمه اطهار (ع) مسألت دارم.