روزنامه شرق در مطلبی به مناسبت بیست‌و‌هفتمین سال درگذشت اولین نخست‌وزیر انقلاب، نوشت: سی‌ام دی‌ماه مصادف بود با درگذشت نخستین نخست‌وزیر جمهوری اسلامی ایران. بازرگان برای چهره‌های سیاسی دهه ۶۰ یادآور دولتی است که اعضای کابینه‌اش کروات می‌زنند و انقلابی‌گری پررنگ برای آن‌ها قابل هضم نیست؛ دولتی که پس از تسخیر سفارت آمریکا قبل از یک‌سالگی خود به غبار تاریخ پیوست و اعضای آن به‌جز حضور در مجلس اول دیگر فرصتی برای بروز و ظهور سیاسی در چارچوب قدرت نیافتند.
اما بازرگان پس از دولت موقت نیز هنوز تلاش میکرد در صحنه سیاسی بروز و ظهور داشته باشد؛ از‌جمله اینکه پس از پایان دولت موقت هنوز شورای انقلاب به کار خود ادامه می‌داد و بازرگان نیز یکی از اعضای اصلی آن بود. پس از پایان عمر شورای انقلاب، با ثبت‌نام در انتخابات نخستین دوره مجلس از تهران با یک‌میلیون‌و ۴۴۷ هزار رأی وارد پارلمان شد و چهار سال پر‌فراز‌و‌نشیب را در کنار دیگر انقلابیون ادامه داد. چهار‌سالی که دیگر اعضای دولت موقت و نزدیکان‌شان پس از وقایع خرداد ۶۰ بروز و ظهوری جدی در سیاست نداشتند و کشور عملا به دست حزب جمهوری اسلامی اداره می‌شد.
هرچند بازرگان در دوران پر‌ماجرایی عضو مجلس اول بود؛ اما در تصمیم‌گیری‌های نهایی و تحولات مهم نام او چندان شنیده نمی‌شد و فضای مجلس نخست هم کاملا علیه او و جریان دولت موقت بود. یکی از نطق‌های او در مرداد‌ماه ۱۳۶۰ با شعار‌های صادق خلخالی نیمه‌تمام ماند. بخشی از نطق بازرگان را در ادامه می‌خوانیم: «از این تریبون از رهبر عالی‌قدر انقلاب و مراجع عظام، رئیس‌جمهور، هیئت دولت و نهاد‌های انقلاب، شورای نگهبان، شورای عالی قضائی و مخصوصا از برادران و خواهران نمایندگان مجلس و همه گروه‌ها و مردم ایران استمداد می‌کنم که از هر راه که می‌توانند به این بلیه بزرگ پایان دهند و همگی به قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران و قرآن کریم گردن نهند و با توجه به اوضاع بس خطیر و عواقب شومی که هیچ گروهی را در آن سود و پیروزی نخواهد بود، به توقف جریان و تجدیدنظر بپردازند که «ان تنصروا الله ینصرکم».
در ۱۵ مهر‌ماه ۱۳۶۰ نیز بازرگان نطق دوباره‌ای در مجلس داشت که از سوی همان تیم قبلی با تنش روبه‌رو شد؛ تنش‌هایی که در مواقع صحبت اعضای نهضت آزادی از‌جمله معین‌فر و یزدی در مجلس سابقه داشت. در مکاتبات مجلس در شرح این جلسه آمده است: «با کمال تأثر و با توسل به درگاه ذوالجلال باید اقرار کنیم که آتشی هولناک در کشور عزیزمان شعله‌ور گشته است. خرمن امت و دولت و دین را مورد تهدید قرار داده. کمتر کسی است که درصدد خاموش‌کردن آن برآید و بعضی می‌کوشند آتش را افروخته‌تر ساخته و بر خرمن طرف مقابل بیندازند. همه بلعیده می‌شوند. حوزه‌های علمیه از گل‌های سرسبد خود خالی می‌شود... برادران ارزنده غیر‌قابل‌جبران از مسئولان دولتی و لشکری و سپاه و کمیته به شهادت می‌رسند.
به همراه جان‌ها اثاث و دارایی‌ها از بیت‌المال و از ملت به هدر می‌رود. افرادی بی‌گناه در معابر و منازل بی‌جهت کشته و معلول می‌شوند و همچنین نونهالان دختر و پسر کسان وابسته و هوادار که در درگیری‌های خیابانی قربانی التقاط و انحراف یا انتقام می‌گردند. نونهالانی که هرچه باشد، جگر‌گوشگان و پرورش‌یافتگان امید این مملکت‌اند. عاشق‌وار یا دیوانه‌وار، فداکار یا گناهکار، در طاس لغزنده افتاده‌اند. در‌حالی‌که هر طرف گروه مقابل را مرتجع و ضد اسلام و عامل امپریالیسم می‌خواند، نه روحانیون ارجمند و مکتبی‌های غیرتمندمان از آمریکا وارد شده‌اند و نه جوانان جانباز در خانواده‌های آمریکایی زاییده و بزرگ گشته‌اند که بتوان مزدورشان خواند. پس چرا این سان ریختن خون یکدیگر را مباح و بلکه واجب می‌شمارند. مصیبت‌بارتر از همه و حاصل خشونت‌ها و بی‌رحمی‌ها افزوده‌شدن ناراضی‌ها و انتقام‌خواهان و برگشت‌کنندگان از انقلاب و دین است.
با پایان دوره مجلس اول بازرگان که هنوز به سیاست‌ورزی امید داشت، در انتخابات ریاست‌جمهوری دوره چهارم شرکت کرد که صلاحیت او از سوی شورای نگهبان رد شد. هاشمی‌رفسنجانی در خاطرات روزانه‌اش می‌نویسد: «در پی رد صلاحیت مهندس بازرگان رسانه‌های خارجی به تبلیغات وسیع و دامنه‌دار درباره ادعای نبود آزادی انتخابات در ایران پرداختند». او نکته مهمی را یادآور می‌شود و درباره نبود احتمال پیروزی جریان لیبرال می‌گوید: «البته مفسران سیاسی در رسانه‌های بین‌المللی بر نبود احتمال پیروزی مهندس بازرگان، حتی در صورت تأیید صلاحیت، اذعان داشتند. نهضت آزادی نیز با صدور بیانیه‌ای شرکت در انتخابات ریاست‌جمهوری را تحریم کرد».
هاشمی در فصل دیگری از خاطرات خود هم می‌گوید: «هرچند هیچ‌گاه دلایل انصراف بازرگان، از کاندیداتوری ریاست‌جمهوری اعلام نشد؛ اما به گفته آقایان دکتر سحابی، دکتر بنی‌اسدی و مهندس توسلی دو دلیل موجب انصراف شد، یکی اینکه امام خمینی، در دیداری که دکتر سحابی و مهندس بازرگان با ایشان داشتند، مخالفت خود را با کاندیدا‌شدن مهندس بازرگان اظهار کرد و البته توصیه کردند ایشان بهتر است برای مجلس شورا نامزد شوند. دیگر اینکه در نهضت آزادی اختلاف وجود داشت، گروهی معتقد بودند شایسته‌ترین فرد مهندس بازرگان است و باید او کاندیدا شود و در مقابل کسان دیگری مانند دکتر حسن ابراهیم حبیبی ـ که در آن زمان عضو نهضت آزادی بود ـ را برای نامزدی پیشنهاد می‌کردند. سرانجام در رأی‌گیری نهایی، کاندیداتوری حبیبی تصویب شد. با اینکه مهندس بازرگان همواره به‌عنوان کاندیدای منفرد مطرح بود و می‌توانست همچنان منفرد کاندیدا شود؛ اما پس از رأی‌گیری در شورای نهضت، خود او صلاح ندانست کاندیدای منفرد باشد؛ چرا‌که این کار می‌توانست به زیان نهضت آزادی تمام شود و حتی ممکن بود نوعی انشعاب تفسیر شود».
ناطق‌نوری نیز در کتاب خاطراتش می‌نویسد: «جلسات شورای نگهبان برای بررسی صلاحیت مهدی بازرگان از حد معمول هم بیشتر طول کشید و به علت اینکه او از امیرانتظام که جاسوس آمریکا بود و به حبس ابد محکوم شده است، دفاع کرد و گفت امیرانتظام هر کاری انجام داده‌اند، به دستور من بوده، به این جهت شورای نگهبان در مجموع صلاحیت او را رد کرد».
پس از این زمان بازرگان ناچار به خانه‌نشینی شد و اعضای نهضت نیز شرایط سختی را تجربه کردند و هیچ سمت مشخصی در دولت‌ها به آن‌ها سپرده نشد. در سال ۶۶ نیز علی‌اکبر محتشمی‌پور، وزیر سابق کشور، درباره حضور چهره‌های نهضت آزادی و نیرو‌های هم‌طیف و نزدیک به آن در انتخابات‌ها از امام طرح سؤال کرد. پاسخی که امام به این نامه داد، بسیار تند بود. نهضت آزادی البته در انتساب این نامه به شخص امام تشکیک وارد کرده است. محتشمی‌پور بعد‌ها درباره آن نامه گفت: «آن نامه در شرایطی بود که این‌ها در دوران جنگ و در‌حالی‌که آحاد مردم در مقابل تجاوز همه‌جانبه قدرت‌های جهانی به رهبری صدام کاملا علیه ادامه جنگ موضع داشتند. این نامه‌ها و بیانیه‌ها همه‌جا پخش می‌شد و در خانه‌ها جلسه سخنرانی می‌گذاشتند و ادامه داشت. در دوره سوم مجلس زمزمه‌هایی شد که می‌خواهند لیست برای مجلس بدهند. بنده به‌عنوان مسئول امنیت کشور به این نتیجه رسیدم که این‌ها که الان تریبون دست‌شان نیست و در مجلس نیستند، این‌گونه با آرمان مردم می‌ستیزند.
در‌حالی‌که در هیچ کشوری از دنیا در زمان جنگ به هیچ حزبی اجازه فعالیت داده نمی‌شد و کوچک‌ترین حرف علیه نظامیان مساوی نابودی آنهاست. این‌ها هر‌روز علیه رزمندگان حرف می‌زدند و از پشت خنجر می‌زدند. آن‌وقت به مجلس هم می‌خواستند بروند. گرچه ممکن بود رأی هم نیاورند؛ اما احتمال داشت چند نیروی آن‌ها به مجلس برود و آن وقت نمی‌شد اوضاع را جمع کرد؛ بنابراین من نامه‌ای به امام نوشتم و سخنرانی‌ها و بیانیه‌های آن‌ها را به پیوست ارسال کرده و از امام پرسیدم که آیا این‌ها می‌توانند وارد مجلس شوند؟ امام هم آن پاسخ را به نامه دادند».
این خودش یپا خلخالی بود ولی خلخالی در حد پیژامه اش رفتار میکرد ولی این نمیتونست به خاطر تیپش و کراواتش وحشی بازی دربیاره فقط وگرنه !
همه رو با ندونم کاری به خاک سیاه نشوندن
امان از چرخ گردون و معیارهای سنجش افراد
کسی که به طمع قدرت به هم حزبی خودش پشت کنه حقش همینه
استقلال و مخصوصا آزادی از همون اول در این حکومت موج میزنه.
تنها ناراحتی که دارم اینه که چرا بازرگان هزینه نداد. ای کاش به سرنوشت امیر انتظام یا یزدی دچار می شد.