استفاده از یک بازیکن غیر مجاز گابنی توسط تیم گل گهر، شکایت و پیگیری ۳ باشگاه منجر به حکم ضربتی کمیته انضباطی علیه تیم سیرجانی شد تا تیمی که با ۱۹ امتیاز یکی از حاضرین در کورس صدرنشینی بود، به واسطه این حکم با کسر ۷ امتیاز مواجه شد تا به رده هشتم جدول سقوط کند.
امیر قلعه نویی که با کسب ۵ قهرمانی پر افتخارترین سرمربی همه ادوار لیگ برتر است، به دلیل استفاده از بازیکنی که با استاندارد‌های فوتبال ایران همخوانی ندارد و به لحاظ قانونی به دلیل نداشتن حداقل ۴ بازی ملی غیر مجاز تلقی می‌شود، نقره داغ شد و یک شبه از کورس صعود عقب افتاد.
این اشتباه بزرگی بود که امیر قلعه نویی در دوران مربیگری‌اش انجام داد، اما این تنها اشتباه بزرگ قلعه نویی در دوران فعالیت حرفه‌ای خود نبود.
عدم ارسال لیست آسیایی استقلال
امیر قلعه نویی اولین اشتباه بزرگ فوتبالی‌اش را درست زمانی در استقلال انجام داد که سرمربی این تیم نبود. در سال ۸۵ امیر قلعه نویی سرمربی وقت تیم ملی و رییس سازمان فوتبال استقلال نقش اصلی را در عدم ارسال لیست آسیایی این باشگاه به AFC داشت تا استقلالی‌ها باوجود تحمل هزینه‌های گزاف دادرسی و گرفتن وکیل، در آن فصل از لیگ قهرمانان آسیا حذف شوند و این نقطه تاریک تا ابد در باشگاه استقلال به نام قلعه نویی ثبت شود.
با اینکه مقداد نجف نژاد و صمد مرفاوی به ترتیب مدیرعامل و سرمربی وقت استقلال بودند، اما مصاحبه‌های تصویری از قلعه نویی موجود بود که نشان می‌داد بیشترین مسئولیت در عدم ارسال لیست استقلال به کنفدراسیون فوتبال آسیا که در نهایت منجر به کنار گذاشته شدن این باشگاه از جام باشگاه‌های آسیا بود با وی بوده است.
حاضر نشدن با سپاهان مقابل پرسپولیس
دومین اشتباه عجیب قلعه نویی در فصل ۹۹-۹۸ و در زمان مربیگری‌اش در سپاهان انجام شد. جایی که دو تیم در چارچوب هفته بیستم فصل نوزدهم لیگ برتر باید در ورزشگاه نقش جهان به مصاف هم می‌رفتند، اما سپاهان به شکلی عجیب دیر به ورزشگاه رسید و امکان حضور مقابل پرسپولیس در زمان معمول را نیافت تا با حکم کمیته انضباطی این بازی ۳ بر صفر به سود پرسپولیس شود. اتفاقی که شانس پرسپولیس را برای قهرمانی در آن فصل تا حد زیادی افزایش داد.
استفاده از بازیکن غیر مجاز گابنی
استفاده از بازیکن غیر مجاز گابنی در فصل بیست و یکم و کسر ۷ امتیاز از گل گهر به سود استقلال، سپاهان و پیکان سومین اشتباه عجیب و بزرگ در تاریخ رقابت‌های لیگ برتر بود که این هم به نام قلعه نویی نوشته شد.
باتوجه به شکایت ۳ تیم استقلال، پیکان و سپاهان از گل گهر به دلیل استفاده از بازیکنی که با استاندارد‌های حضور در لیگ برتر ایران همخوانی نداشت، منجر به این شد که نتیجه این ۳ بازی ۳ بر صفر به سود حریفان گل گهر شده و این در حالی بود که گل گهر مقابل سپاهان و پیکان پیروز شده بود، اما مقابل استقلال به تساوی رسیده بود.
پس از صدور این حکم و نقره داغ شدن گل گهر به دلیل استفاده از این بازیکن، تیم سیرجانی ۱۲ امتیازی شد و تفاضل گل این تیم به نیز منفی ۵ تنزل پیدا کرد تا با سقوط ۵ پله‌ای در رده هشتم جدول قرار گیرد.
قلعه نویی که با ۵ قهرمانی همراه با سپاهان و استقلال و در لیگ برتر پر افتخارترین مربی در همه ادوار گذشته این مسابقات است، با ارتکاب به ۳ اشتباه بزرگ و عجیب، پر اشتباه‌ترین مربی در تاریخ این رقابت‌ها نیز به شمار می‌رود.