همچنین درباره این موضوع که آیا بازرسان آژانس بین‌المللی انرژی اتمی به سایت‌های هسته‌ای ایران دسترسی کافی دارند یا نه اختلاف نظر وجود دارد. از سوی دیگر مقامات آمریکایی و اروپایی تلاش می‌کنند در متن توافق، به گفتگو‌های آتی درباره برنامه موشکی ایران و رفتار منطقه‌ای این کشور اشاره شود. تحریم‌هایی که طی سال‌های اخیر علیه ایران اعمال شده نیز جزو مسائل مورد اختلاف است، به این معنا که ایران و آمریکا هنوز نتوانسته‌اند بر سر این موضوع که کدام یک از تحریم‌ها لغو شود به توافق برسند. موضوع دیگر این است که ایران مایل است آمریکا تضمین دهد بار دیگر از توافق هسته‌ای خارج نخواهد شد. از سال ۲۰۱۸ یعنی زمانی که ترامپ از این توافق خارج شد، توافق یادشده در معرض از بین رفتن بوده است. این بحث‌ها موانعی بر سر راه رسیدن به توافق نهایی به وجود خواهد آورد. از دید برخی مقامات اروپایی در دور بعدی مذاکرات که انتظار می‌رود دهم ژوئن شروع شود توافق قطعا حاصل خواهد شد. انریک مورا، مقام اتحادیه اروپا که در مذاکرات حضور دارد، به خبرنگاران گفته است: «توافق حاصل می‌شود و امیدوارم تا رسیدن به توافق زمان زیادی لازم نباشد.»
عباس عراقچی، معاون وزیر خارجه ایران نیز ارزیابی مثبتی از روند مذاکرات داشته و گفته است: «دور بعدی مذاکرات وین قاعدتا می‌تواند و باید دور نهایی مذاکرات باشد.» نشانه‌هایی از مثبت بودن جو مذاکرات وجود دارد. ند پرایس، سخنگوی وزارت‌خارجه آمریکا روز پنج‌شنبه گفت: «آمریکا درباره اهداف خود دیدگاهی روشن دارد. البته ممکن است غیر از دور ششم که به‌زودی شروع می‌شود، چند دور دیگر نیز گفتگو انجام شود.» این دیدگاه با دیدگاه مورا در تضاد قرار دارد. در ۹ هفته اخیر مذاکرات وین بین امضاکنندگان پیمان هسته‌ای یعنی ایران، روسیه، چین، فرانسه، بریتانیا و آلمان، در کنار اتحادیه اروپا به‌عنوان هماهنگ‌کننده، ادامه داشته و هدف این مذاکرات احیای توافق اولیه یعنی توافق هسته‌ای سال ۲۰۱۵ است. روند احیای این توافق مستلزم تدوین برنامه‌ای مرحله‌ای و قدم به قدم است که در آن تدابیر لازم برای ایران و آمریکا تعیین شود، تدابیری که هر یک از این دو کشور باید اتخاذ کنند تا توافق احیا شود. ایران باید اقدامات هسته‌ای را که با توافق هسته‌ای سازگار نبوده متوقف کند و آمریکا باید تحریم‌های گسترده‌ای که علیه ایران اعمال کرده را لغو کند.
هفته گذشته در دور پنجم مذاکرات، شفافیت بیشتری در زمینه این تدابیر حاصل شد. اما به‌طورویژه درباره مرحله‌بندی اقداماتی که ضروری است انجام شود، مذاکرات باید ادامه پیدا کند. نکته دیگر این است که ایران همچنان خواستار آن است تا آمریکا تمامی تحریم‌ها را لغو کند؛ نه فقط تحریم‌هایی که ترامپ فورا پس از خروج آمریکا از توافق هسته‌ای علیه این کشور اعمال کرده است. بلکه تحریم‌هایی که او بعدا علیه ایران اعمال کرد. آمریکا با این رویکرد حداکثرگرایانه موافق نیست و قصد دارد برخی تحریم‌ها را که مستقیما به توافق هسته‌ای مربوط نیستند، از جمله تحریم‌های وابسته به مسائل حقوق بشر و تروریسم را حفظ کند. تهران و واشنگتن همچنین درباره سانتریفیوژ‌های پیشرفته اختلاف‌نظر دارند. این سانتریفیوژ‌ها دستگاه‌هایی هستند که ایران در سال‌های اخیر برای غنی‌سازی اورانیوم فراتر از محدوده تعیین‌شده در توافق هسته‌ای از آن‌ها استفاده کرده است. ایران مایل نیست این سانتریفیوژ‌ها را نابود کند. اما اروپا و آمریکا معتقدند صرفا متوقف کردن فعالیت آن‌ها کافی نیست.
موضوع بعدی که سبب پیچیدگی مذاکرات شده، تضمین دسترسی است. از ماه فوریه ایران توانایی بازرسان آژانس بین‌المللی انرژی اتمی در زمینه نظارت بر تاسیسات هسته‌ای‌اش را محدود کرده است. در یک گزارش محرمانه که پولیتکو آن را مشاهده کرده، رئیس آژانس بین‌المللی انرژی اتمی به کشور‌های عضو این آژانس گفته است: «فعالیت‌های آژانس در حوزه تایید و نظارت، از تصمیم ایران برای متوقف کردن رعایت کامل تعهدات هسته‌ای خود تأثیر پذیرفته است.» دسترسی روزانه بازرسان آژانس به مراکز اصلی هسته‌ای نطنز و فردو محدود شده و آن‌ها به داده‌های جمع‌آوری‌شده توسط برخی تجهیزات خود دسترسی نداشته‌اند. فقدان دسترسی کامل آژانس بین‌المللی انرژی اتمی به سایت‌های هسته‌ای ایران و نظارت بر فعالیت‌های هسته‌ای این کشور سبب می‌شود تایید برنامه قدم‌به‌قدم غیرممکن شود.
موضوع دیگری که اهمیت زیادی دارد، برنامه موشکی ایران و ثبات منطقه است. این پرسش مهم و تنش‌زا مطرح است که آیا ایران قبول می‌کند پس از مذاکرات کنونی، دور دیگری از مذاکرات بر سر رفتار این کشور در منطقه و موارد دیگر برگزار شود یا نه. به‌ویژه آمریکا و قدرت‌های اروپایی درباره برنامه موشکی ایران و حمایت تهران از گروه‌های مسلح در منطقه نگران هستند. در مذاکرات کنونی این پرسش نیز مورد توجه قرار گرفته که آیا در توافق هسته‌ای به مذاکرات بعدی که شامل فعالیت‌های یادشده ایران می‌شود، اشاره شود یا نه. آمریکا و اروپا خواهان آن هستند که در توافق به این موضوع اشاره شود، اما مشخص نیست که آیا ایران این خواسته را می‌پذیرد یا نه. از سوی دیگر ایران خواهان تضمین‌هایی از سوی آمریکاست تا این کشور بار دیگر توافق هسته‌ای را ترک نکند. درباره هر دو موضوع باید توافق حاصل شود و از آنجا که دو موضوع یادشده جزو توافق هسته‌ای سال ۲۰۱۵ نیستند رسیدن به اتفاق نظر را دشوار کرده است.
در دور ششم گفتگو‌های هسته‌ای صرفا هیات‌های مذاکره‌کننده به وین بازنمی‌گردند، بلکه مقامات ارشد آژانس بین‌المللی انرژی اتمی نیز به این شهر خواهند رفت تا درباره گزارش‌های اخیر این آژانس درباره ایران بحث کنند. در گزارش فصلی آژانس آمده است، ایران ۴/ ۲ کیلوگرم اورانیوم با غنای ۶۰ درصد تولید کرده و این سطح از غنی‌سازی نزدیک به سطحی است که برای ساخت سلاح هسته‌ای لازم است. از سوی دیگر کل ذخیره اورانیوم غنی‌شده ایران ۱۶ برابر حد مجاز در نظر گرفته‌شده در توافق هسته‌ای است. مقامات آژانس بین‌المللی انرژی همچنین یک گزارش ادعایی دیگر را که در آن به وجود ذرات اورانیوم در چند مکان در ایران اشاره شده مورد بحث قرار خواهند داد. این‌ها یافته‌هایی هستند که در ماه فوریه به اطلاع عموم رسید. منتقدان ایران می‌گویند رد ذرات اورانیوم می‌تواند نشانه‌ای از وجود یک برنامه هسته‌ای سری ایران برای ساخت سلاح هسته‌ای در گذشته باشد. اما ایران تاکید دارد که برنامه هسته‌ای این کشور صلح‌آمیز است.
در گزارش محرمانه آژانس بین‌المللی انرژی اتمی که پولتیکو آن را مشاهده کرده آمده است، پس از چندین ماه ایران هنوز توضیح لازم را درباره وجود ذرات مواد هسته‌ای در این سه مکان ارائه نکرده است. این ابهام بر توانایی آژانس برای تضمین ماهیت صلح‌آمیز برنامه هسته‌ای ایران تاثیرات جدی دارد. به‌رغم این ارزیابی نگران‌کننده، دو دیپلمات فعال در مذاکرات که نخواستند نام‌شان فاش شود، به پولتیکو گفتند انتظار ندارند نشست آژانس بین‌المللی انرژی اتمی در مذاکرات هسته‌ای اختلال پدید آورد. زیرا احتمالا آژانس از صدور قطع نامه علیه ایران اجتناب خواهد کرد.