رهبر انقلاب اسلامی در تاریخ ۹۹/۱۱/۶ و در دیدار خانواده دانشمند هسته‌ای و دفاعی کشور شهید محسن فخری‌زاده با ایشان، با تجلیل از برجستگی‌های شهید فخری‌زاده و حضور سخت‌کوشانه او در میدان علم و عمل، فرمودند: «علوّ مقامی که خداوند با شهادت به آن بزرگوار عطاء کرد، مزد زحمات و اخلاص کم‌نظیر او بود و این مقام با هیچ‌یک از مقام‌های دنیوی قابل مقایسه نیست.»
به گزارش پایگاه اطلاع رسانی دفتر مقام معظم رهبری، در ادامه گفتگویی از حامد فخری‌زاده، فرزند شهید محسن فخری‌زاده را می‌خوانید:
در حدود شصت روزی که از شهادت پدرم می‌گذرد، تمام مسئولین و فرماندهان عالی‌رتبه‌ی لشکری و کشوری با ما دیدار داشتند، ولی دیدار با رهبر انقلاب به‌دلیل جوّ معنوی و صمیمی‌اش، با بقیه‌ی دیدار‌ها متفاوت بود. دیدار با رهبر انقلاب همیشه دلگرم‌کننده، تسلّی‌بخش و آرام‌کننده است. الحمدالله که توانستیم خدمت ایشان شرف حضور پیدا کنیم. البته رهبر انقلاب در حین خداحافظی منّت سر ما گذاشتند و از ما عذرخواهی کردند که به‌واسطه‌ی شرایط کرونا نتوانستند به منزل شهید بیایند و فرمودند اگر کرونا نبود حتماً در روز‌های اوّل به منزل شهید می‌آمدم. این قول را هم به ما دادند که ان‌شاءالله بعد از گذر از شرایط کرونا حتماً قدم‌رنجه می‌کنند و قدم سر چشم ما می‌گذارند و به منزل شهید تشریف می‌آورند تا دیدار دیگری با ایشان داشته باشیم.
در این دیدار همان‌طور که در رسانه‌ها هم منتشر شد، رهبر انقلاب در ابتدا به بیان ویژگی‌های شهید بزرگوار پرداختند و به این نکته اشاره کردند که ایشان از قدیمی‌ترین و برجسته‌ترین دانشمندان و عالمان هسته‌ای کشور بود. رهبر انقلاب در ادامه به این نکته هم اشاره کردند که یکی از مهم‌ترین شاخصه‌های ایشان این بود که هم در میدان علم بود و هم در میدان عمل؛ و صرفا یک دانشمند دانشگاهی نبود، بلکه یک عالم عملگرا بود.
رهبر انقلاب به اخلاص و گمنامی شهید هم اشاره کردند. این شهید بزرگوار علاقه نداشت نامش جایی فاش شود. این نشان‌دهنده اخلاص بسیار خاص و ویژه این شهید بزرگوار بود. رهبر انقلاب به جریانات و اتفاقات اجتماعی بعد از شهادت ایشان هم که در بین برجستگان اجتماعی و علمی وجود داشت اشاره کردند و اینکه خیلی از دوستان در دل‌نوشته‌هایشان به این نکته اشاره می‌کردند که ای کاش ما او را در زمان حیاتش می‌شناختیم.
در این دیدار از طرف خانواده شهید هم موضوعاتی مطرح شد که از مهم‌ترینش پیگیری دستورات رهبر انقلاب در پیام ایشان پس از حادثه شهادت بود. ضمن اینکه تمام اعضای خانواده از پیام رهبر انقلاب بسیار تشکر کردند؛ چرا که به‌موقع و راهگشا بود و برخی ابهامات را نیز رفع کرد.
امّا همان‌طور که رهبر انقلاب در این دیدار به ویژگی‌های شهید بزرگوار پرداختند، لازم می‌دانم من هم در مورد ویژگی‌های شخصیتی ایشان توضیحاتی بدهم؛ ولی قبل از آن باید به این نکته اشاره کنم که استکبار جهانی از سال ۷۸ به فکر حذف شهید افتاد. آن موقع ایشان ۳۸ سالش بود. خب این سؤال در ذهن‌ها به‌وجود می‌آید که فردی مثل ایشان در زندگی‌اش و در سن جوانی چه دستاورد‌هایی داشته که استکبار به‌دنبال ترورش بود و بعد از بیست سال به نتیجه می‌رسد و می‌تواند ایشان را ترور کند. به نظر من شاید بزرگ‌ترین ویژگی شخصیتی شهید این بود که ایشان نگاه مجرد به علم نداشت، بلکه علم، فلسفه و عرفان را درهم تنیده بود و در تمام مراحل کاری خودش با همین رویکرد زندگی می‌کرد.
وقتی از علم صحبت می‌کنیم، منظورمان آن علم نافعی است که در راستای تمدن و فلسفه‌ی اسلامی باشد؛ علمی که روزبه‌روز تغییر می‌کند و افزایش پیدا می‌کند. شهید بزرگوار بخش مهمی از زندگی‌اش را صرف مطالعه، تحقیق و پژوهش کرد.
وقتی از فلسفه صحبت می‌کنیم، منظورمان اندیشه‌ها و تفکرات خلاقانه، نوآورانه، مبتکرانه و منحصربه‌فرد شهید بزرگوار در حوزه فلسفه اسلامی به‌ویژه فلسفه علم است. ایشان در حوزه فلسفه و فلسفه‌ی علم، صرفاً مطالعه نمی‌کرد و ناقل اندیشه‌های فلسفی گذشته نبود، بلکه صاحب ایده و تفکر در حوزه فلسفه اسلامی و فلسفه‌ی علم بود.
شهید بزرگوار همیشه اعتقاد داشت فلسفه برای فلسفه نیست و تنها هدف فلسفه اثبات ذات اقدس اله نیست، بلکه فلسفه باید در حل مشکلات مردم و جامعه مورد استفاده قرار بگیرد و علم را دگرگون کند و با استفاده از فلسفه باید تغییر و انقلاب در علم ایجاد کرد. ایشان اعتقاد داشت علمی که امروز در اختیار ماست، نشئت‌گرفته از فلسفه غرب است و نشئت‌گرفته از فلسفه اسلامی نیست و ما باید بتوانیم با ایده‌پردازی و نوآوری در فلسفه اسلامی، انقلابی در علوم پایه‌ی خودمان ایجاد کنیم که این علوم در راستای تمدن و فلسفه‌ی اسلامی متحول و تبدیل به علوم دیگری بشوند و مشکلات بشر را حل کنند، نه این علومی که امروز در اختیار ماست که تحت تأثیر فلسفه غرب است.
پدرم همیشه می‌گفت اگر رساله ملاصدرا به دست انیشتین می‌رسید، انیشتین کار ناتمام خود را تمام می‌کرد. البته خود ایشان داشت این کار را انجام می‌داد؛ در حوزه فیزیک داشت فرمول می‌ساخت، فرمولی که خیلی از مباحث کوانتومی را دگرگون می‌کرد؛ امّا متأسفانه حادثه شهادت به ایشان اجازه نداد تا چند کتابی که در حوزه فلسفه اسلامی، علم، فیزیک و انقلاب علوم بنیادی می‌نوشت را تمام کند.
وقتی هم از عرفان صحبت می‌کنیم، منظورمان عرفانی است که نشئت‌گرفته از نگاه توحیدی خاص شهید بزرگوار به کل عالم هستی است. ایشان نگاه توحیدی بسیار خاص و عجیبی به عالم هستی داشت. این عرفان همان عرفان و نگاه توحیدی است که نیروی محرکه‌اش عشق به خداوند و عالم هستی است. شهید بزرگوار همیشه نگاه عاشقانه به تمام مسائل کاری و عالم هستی داشت. ایشان در ارتباط با خانواده، همکاران و هر موجود زنده نگاه عاشقانه داشت. ایشان می‌گفت وقتی من برای جمهوری اسلامی کار می‌کنم، کأنه در مسیر سیر و سلوک عرفانی قرار دارم و در مسیر الی‌الله حرکت می‌کنم.
به اعتقاد من جریان فکری، نوع نگاه و سیره زندگی، ایشان را به شخصیتی تبدیل کرده بود که استکبار در سن ۳۸ سالگی به فکر ترور ایشان می‌افتد و در طول این بیست سال هم هیچ موقع دست از تلاش برای ترور ایشان بر نداشت. البته شهید بزرگوار در این مدت نگاهش به کار عوض نشد و نترسید. او همواره با عقل معاد زندگی می‌کرد نه عقل معاش. خیلی موارد پیش می‌آمد که شرایط برای ایشان خیلی سخت می‌شد و تیم حفاظت اجازه رفتن به محل کار را نمی‌داد و به‌دلایل امنیتی باید مدتی کار را تعطیل می‌کرد، ولی ایشان نمی‌پذیرفت و می‌گفت دشمن هم همین را می‌خواهد، که من کار نکنم.