از زمانی که مسعود سلطانی‌فر به‌عنوان وزیر ورزش دولت روحانی مشغول به کار شده، همواره با طرفداران دو تیم پایتخت چالش داشته است؛ با استقلالی‌ها بیشتر و با سرخ‌های تهرانی کمتر. البته این چالش یک‌طرفه بوده و وزیر چندان نقشی در آن نداشته است؛ ماجرا از این قرار است که هواداران باشگاه استقلال وزیر ورزش را متهم به حمایت از باشگاه پرسپولیس می‌کنند و در این بین پای پسر او را هم به ماجرا باز می‌کنند تا به زعم خودشان با حرف و سند ثابت کنند وزیر پرسپولیسی است. به این مورد باید اظهار‌نظر‌های متعدد عده‌ای از پیش‌کسوتان استقلال را هم اضافه کرد که خود‌به‌خود مزید بر علت شده است.
البته که در مقیاس کمتر همچنان عده‌ای از هواداران پرسپولیس هم وزیر ورزش را متهم به حمایت از استقلال می‌کنند و به عقیده آن‌ها مشکلات مالی باشگاه استقلال را یکی پس از دیگری رفع و رجوع می‌کند، در‌حالی‌که مشکلات مالی پرسپولیسی‌ها به قوت خود باقی است. البته که وزیر ورزش هر‌بار و از هر فرصتی استفاده کرده تا این مورد را گوشزد کند که نه طرفدار استقلال و نه طرفدار پرسپولیس است و هر دو را به یک چشم و در حکم فرزند وزارت ورزش می‌بیند. با وجود چنین توضیحاتی، اما همچنان هستند عده بی‌شماری از طرفداران دو تیم که صحبت‌های مسعود سلطانی‌فر را متقاعدکننده نمی‌دانند.
حالا بدون درنظرگرفتن این موضوع که برایش سند و مدرکی در دست نیست و بیشتر برگرفته از احساسات هواداران دو باشگاه است، به نظر می‌رسد مسعود سلطانی‌فر دغدغه زیادی برای فوتبال دارد؛ بحث هواداری به کنار، او نقش تأثیرگذاری در فدراسیون فوتبال ایران داشت و به نظر می‌رسد علاقه‌مند است این نقش را همچنان حفظ کند.
اگر قرار باشد به چندین مورد از نقش پررنگ او در ماجرا‌های فدراسیون فوتبال اشاره شود، ابتدا باید به بقای مهدی تاج روی صندلی ریاست فدراسیون فوتبال پرداخت؛ در شرایطی که قانونی پارلمانی مبنی بر عدم حضور بازنشسته‌ها در فدراسیون‌های ورزشی وضع شده بود، ولی مسعود سلطانی‌فر به همراه رضا صالحی‌امیری، رئیس کمیته ملی المپیک با کندوکاو زیاد در بند‌های قانونی راهی برای فرار مهدی تاج از این قانون پیدا کردند تا خطر اولیه که عنوان شده بود اگر به ترکیب ریاست فدراسیون فوتبال دست بخورد آن‌وقت باید منتظر تعلیقش ماند، برطرف شود.
تلاش‌های سلطانی‌فر در کنار صالحی‌امیری برای بقای مهدی تاج در فدراسیون فوتبال در عین آنکه عجیب به نظر می‌رسد، ولی تأثیرگذار بود و دست‌آخر مهدی تاج با استناد به بندی قانونی به کارش در فدراسیون ادامه داد تا اینکه ظاهرا به دلیل بیماری قلبی استعفایش را نوشت و رفت.
سلطانی‌فر هنوز بابت حمایت از مهدی تاج در آن برهه زیر تیغ انتقادات است، ولی عقیده دارد اگر مهدی تاج در آن برهه از کار برکنار می‌شد، آن‌وقت فوتبال ایران زیر تیغ تعلیق می‌رفت.
دومین موردی که پای سلطانی‌فر را دوباره به فوتبال ملی باز کرده، داستان استخدام مارک ویلموتس بلژیکی است؛ آن‌طور که ابتدا مهدی تاج عنوان کرد مارک ویلموتس با نامه‌ای که وزیر ورزش به فدراسیون فوتبال فرستاده، انتخاب شده است. البته در این مورد چندین ابهام وجود دارد؛ اول اینکه مشخص نشده این نامه دستوری است یا نه؛ مهدی تاج علاقه داشت این‌طور القا کند که به او دستور داده شده مارک ویلموتس را به کار بگمارد؛ از سوی دیگر وزارت ورزش با بیان اینکه در نامه مذکور فقط عنوان شده «جهت بررسی» توپ را به زمین فدراسیون فوتبال و شخص مهدی تاج انداخت و خبر داد که مسئولیت‌های این قرارداد همچنان پای خود فدراسیون فوتبال است.
وزیر ورزش البته در همین راستا کمک زیادی به فدراسیون کرده تا از تیغ تیز انتقادات نماینده‌های مجلس و نهاد‌های بازرسی در امان بمانند؛ سلطانی‌فر در جلساتی که نهاد‌های نظارتی و نمایندگان مجلس ترتیب داده بودند تا مسئولان فدراسیون فوتبال را مؤاخذه کنند، به حمایت از ترکیب مدیریتی فدراسیون پرداخته و عنوان کرده بود نباید دستاورد آن‌ها به‌ویژه در صعود‌های پی‌درپی به جام جهانی و پاداش‌هایی که برای فوتبال ایران به دست آمده نادیده گرفته شود. اگرچه هنوز سرنوشت مقصران پرونده ویلموتس نامشخص است، ولی وزیر ورزش مثل اهالی فدراسیون فوتبال اعتقاد دارد در این پرونده حق فوتبال ایران خورده شده و با دفاع مناسب در دادگاه حکمیت ورزش می‌توان رأی سنگین غرامت ۶.۲ میلیون‌یورویی را شکست.
به غیر از این موارد، مسعود سلطانی‌فر به تازگی دوباره پایش به پرونده‌ای عجیب در فدراسیون فوتبال باز شده و بار دیگر سعی کرده نقش یک ناجی را ایفا کند؛ همین چند روز پیش بود که خبر رسید «شستا» به‌واسطه طلبش از فدراسیون فوتبال در پی به‌مزایده‌گذاشتن ساختمان فدراسیون فوتبال است، ولی حالا خبر می‌رسد طبق رایزنی‌هایی که مسعود سلطانی‌فر با محمد شریعتمداری، وزیر تعاون، کار و رفاه اجتماعی صورت داده، قرار شده است به فدراسیون فوتبال تا پایان سال برای پرداخت بدهی‌اش زمان داده شود.
اینکه قرار است وزارت ورزش در پرداخت بدهی فدراسیون به شستا کمکی کند یا نه هنوز مشخص نیست و همان‌قدر ابهام دارد که شایعه شده در تأمین بخشی از بدهی فدراسیون به شستا که پیش از این صورت گرفته، وزیر ورزش نقش داشته است.
این کمک‌ها به فدراسیون فوتبال در شرایطی صورت گرفته که رأی وزیر ورزش و مجموعه‌اش طبق اساسنامه جدید فدراسیون فوتبال در انتخابات بی‌اثر شده و علنا دیگر نقش چندان زیادی در ماجرای انتخابات فدراسیون فوتبال نمی‌توانند ایفا کنند. نکته ظریف داستان همین‌جاست که چرا وزیر ورزش و مجموعه‌اش با وجود بی‌مهری‌های زیادی که در این مدت از فدراسیون فوتبال دیده‌اند، همچنان به نقش حمایتی‌شان ادامه می‌دهند؟ آیا آن‌ها نگران رخ‌دادن اتفاقات جدیدی هستند یا اینکه نگران هستند نکند با وضع مدیریتی موجود دوباره یک فاجعه جدید در فدراسیون فوتبال رخ دهد... هرچه باشد به نظر می‌رسد زمان پاسخش را خواهد داد.