حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر انقلاب اسلامی در پی ترور دانشمند هسته‌ای شهید، دکتر محسن فخری‌زاده پیامی صادر کردند.
به گزارش پایگاه اطلاع رسانی مقام معظم رهبری، متن پیام به این شرح است:
بسم‌الله الرحمن الرحیم
دانشمند برجسته و ممتاز هسته‌ای و دفاعی کشور جناب آقای محسن فخری‌زاده به دست مزدوران جنایتکار و شقاوت‌پیشه به شهادت رسید. این عنصر علمی کم‌نظیر جان عزیز و گرانبها را به خاطر تلاش‌های علمی بزرگ و ماندگار خود، در راه خدا مبذول داشت و مقام والای شهادت، پاداش الهی اوست.
دو موضوع مهم را همه دست‌اندرکاران باید به جِدّ در دستور کار قرار دهند، نخست پیگیری این جنایت و مجازات قطعی عاملان و آمران آن، و دیگر پیگیری تلاش علمی و فنی شهید در همه بخش‌هایی که وی بدان‌ها اشتغال داشت. اینجانب به خاندان مکرم او و به جامعه علمی کشور و به همکاران و شاگردان او در بخش‌های گوناگون، شهادت او را تبریک و فقدان او را تسلیت می‌گویم و علو درجات او را از خداوند مسألت می‌کنم.
سیّدعلی خامنه‌ای
۸ آذرماه ۹۹