علی شمخانی در سال ۱۳۳۴ در شهر اهواز متولد شد. او فعالیت سیاسی مخفی علیه رژیم پهلوی را از دهه ۱۳۵۰ آغاز کرد که منجر به دستگیری‌اش از سوی ساواک و زندانی‌شدن او شد. او در زندان با افرادی همچون محسن رضایی و غلامعلی رشید آشنا شد که این روابط به شکل‌گیری گروه منصورون انجامید.
دوران جنگ
شرق در ادامه نوشت: شمخانی یک سال پس از پایان جنگ در سال ۱۳۶۸ با حکم آیت‌الله خامنه‌ای ضمن انتقال کامل از سپاه پاسداران به ارتش، فرماندهی نیروی دریایی ارتش را عهده‌دار شد.
او چند ماه پس از تصدی فرماندهی نیروی دریایی ارتش، در اجرای راهبرد جدید دریایی ایران، فرماندهی مشترک نیروی دریایی ارتش و سپاه و قرارگاه دریایی خاتم‌الانبیا را عهده‌دار شد و در مدت فرماندهی هشت‌ساله، در قرارگاه دریایی خاتم‌الانبیا تشکیلات رزمی نیرو‌های دریایی ارتش و سپاه را با ایجاد تحول اساسی در سلاح‌ها، تاکتیک‌ها و عملیات مشترک دو نیرو، تجدید سازمان کرد. او این سمت را تا زمان تصدی وزارت دفاع در دولت سیدمحمد خاتمی بر عهده داشت.
محمد درودیان، پژوهشگر حوزه دفاع مقدس، درباره نقش شمخانی در سپاه نوشته است: «با تجربه مبارزه مخفی و تشکیلاتی با رژیم شاه و تأسیس سپاه خوزستان برای مقابله با تهدیدات امنیتی و نظامی از قدرت ذهنی-هوشی و خوش‌فکری در فهم شرایط محیطی، شخصیت کاریزماتیک برای جذب و سازماندهی نیروها، همچنین هدایت آن‌ها از طریق مفهوم‌بندی وضعیت موجود و تعیین اهداف اطلاعاتی-عملیاتی برخوردار بود».
شمخانی در یکی از اظهارنظر‌های مهم خود، درباره نظر امام نسبت به ادامه جنگ و اینکه آیا نظر امام مبنی بر ادامه جنگ به معنای ورود به خاک عراق بوده است یا نه، گفته: «ادامه جنگ با عدم ورود به خاک عراق دو موضوع جداگانه است. امام فرمود جنگ ادامه پیدا کند. راه مبارزه این بود که توان رزمی عراق را از او بگیریم تا نتواند پیشروی داشته باشد و رزمنده‌های ایران این کار را انجام دادند».
دوره خاتمی
شمخانی در هشتمین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری ایران شرکت کرد، اما از سیدمحمد خاتمی شکست خورد و پس از خاتمی و احمد توکلی در رتبه سوم قرار گرفت. با این حال، خاتمی مجددا شمخانی را به‌عنوان وزیر پیشنهادی دفاع به مجلس معرفی کرد و در کابینه دوم خاتمی نیز دوباره به سمت وزارت دفاع منصوب شد.
البته گویا رابطه شمخانی با خاتمی چندان هم خوب نبوده است؛ چنانکه اکبر هاشمی‌رفسنجانی در خاطرات خود در ۱۸ شهریور ۱۳۷۶ نوشته است: «عصر تیمسار [علی]شمخانی، [وزیر دفاع] آمد. از عدم آشنایی آقای خاتمی نسبت به مسائل اقتصادی و نیز عدم اقدام مناسبی در سیاست خارجی که ممکن است پس از ماه‌عسل کوتاه دولت، انتقادات باعث دلسردی مردم و ضعف دولت شود، اظهار نگرانی کرد. گفت، آقای خاتمی بیش از حد به نظرات آقای [محمد] باقریان [دبیرکل سازمان امور اداری و استخدامی] متکی است که او هم خام است.
از اینکه در حکم رهبری، برای فرمانده نداجا [نیروی دریایی ارتش جمهوری اسلامی] به خدمات مؤثر او در نیروها توجه نشده، گله‌مند است. آقای [رضا] امراللهی آمد. گله کرد از اینکه آقای خاتمی عدم معرفی او را منتسب به نظر رهبری کرده و گفت به خاطر عدم تخصص آقای [غلامرضا] آقازاده [رئیس سازمان انرژی اتمی] برای این سمت، متخصصان دلسردند. عصر با هماهنگی دفتر رهبری، حکم دبیری آقای محسن رضایی [برای مجمع تشخیص مصلحت نظام] نوشته شد. برای ترک سپاه، لازم بود که مسئولیتی در رابطه با من یا رهبری داشته باشد».
انتخابات ۸۸
نکته مهمی که درباره شمخانی در حوادث بعد از انتخابات سال ۸۸ وجود دارد، این است که او هیچ‌گاه مواضع تندی اتخاذ نکرد و حتی وقتی در برنامه «دیروز، امروز، فردا» مجری برنامه از او پرسید آیا فتنه را قبول دارید یا نه، گفت: «می‌دانم تو به دنبال چه هستی. من وارد این بحث‌ها نمی‌شوم. بسیجی باید حق‌گو، حق‌خواه و حق‌شنو باشد». یا او در سال ۹۲ در برنامه شناسنامه استفاده از الفاظی مانند فتنه‌گر، ساکت فتنه و انحرافی را محکوم کرد و گفت: «دشمنان ما دشمن ریش ما هستند؛ چه ریش اصلاح‌طلب و چه ریش اصولگرا. نباید به بهانه‌های مختلف افراد را از قطار انقلاب پیاده کرد».
دولت روحانی
پس از روی کار آمدن حسن روحانی به‌عنوان رئیس‌جمهور، او در ۱۹ اردیبهشت سال ۹۲ در حکمی از سوی روحانی به سمت دبیر شورای عالی امنیت ملی منصوب شد تا جایگزین سعید جلیلی شود. شمخانی در شرایطی مسئول دبیرخانه این شورا شد که مذاکرات هسته‌ای بین ایران و گروه ۱+۵ به وزارت امور خارجه و محمدجواد ظریف سپرده شده بود.
البته بنا بر گفته وزیر امور خارجه، تعیین سطح، حدود و روش‌های مذاکرات هسته‌ای، با وزارت امور خارجه است که بر اساس نیاز مذاکرات تعیین می‌شود، ولی هدایت و سیاست‌گذاری پرونده هسته‌ای همچنان بر عهده شورای عالی امنیت ملی به ریاست رئیس‌جمهوری اسلامی ایران خواهد بود.
از مهم‌ترین وظایف شمخانی در زمان تصدی در این پست، برقراری پیوند و رابطه دوستانه میان دولت و سایر ارکان حکومتی در ایران بود. او در عرصه بین‌المللی مسئول ایفای نقش ایران در جنگ داخلی سوریه و حمله به شمال عراق در حوزه سیاسی بود و همکاری نزدیکی با شهید قاسم سلیمانی داشت.
او همچنین دستی بر تألیف هم دارد و مؤلف نخستین دکترین استراتژی دریایی جمهوری اسلامی ایران و دکترین تطبیق استراتژی آمریکا و شوروی است. او علاوه بر تألیف مجموعه کتاب‌هایی درباره مدیریت استراتژیک و چندین مقاله علمی درباره مباحث راهبردی و بحران‌های منطقه‌ای و بین‌المللی در دانشگاه‌های مختلف علوم نظامی و راهبردی، به تدریس اشتغال دارد.
همچنین او اولین وزیر ایرانی است که به دلیل نقش برجسته‌ای که در طراحی و اجرای سیاست تنش‌زدایی و توسعه روابط با کشور‌های عربی حوزه خلیج‌فارس بر عهده داشت، بالاترین نشان دولتی (مدال عبدالعزیز) را از پادشاه وقت عربستان سعودی دریافت کرد.