تعارض میان میرسلیم و قالیباف به محاکم قضائی کشیده شد. سه ماه بعد از ورود اصولگرایان به مجلس، دستیار قالیباف خبر از تشکیل پرونده در دستگاه قضائی علیه یک عضو دیگر پارلمان اصولگرایان می‌دهد. این درحالی است که به نظر می‌رسد ماجرا فقط به شکایت قالیباف از میرسلیم بر سر ادعا‌های مطرح‌شده از سوی عضو حزب مؤتلفه علیه شهردار پیشین محدود نمی‌شود، به نظر می‌رسد ماجرایی که از مدت‌ها پیش با حذف اصولگرایان متقدم یا جریان سنتی اصولگرا آغاز شده بود، حالا فقط شدت و حدت بیشتری گرفته است.
به گزارش شرق، اصولگرایان سنتی با روی‌کارآمدن دولت احمدی‌نژاد یکی‌یکی به اشکال مختلف حذف شده یا مجبور به حاشیه‌نشینی در سیاست شده‌اند. برخی مانند حزب مؤتلفه از پست‌ها و مناصب دولتی و حتی از مسئولیت‌های اقتصادی کنار زده شدند.
برخی مانند ناطق‌نوری و اخیرا علی لاریجانی با بی‌مهری ازسوی یاران پیشین، کم‌کم کنار زده شدند. امثال توکلی و باهنر هم عملا اثرگذاری و نفوذ سیاسی پیشین خود را در جریان اصولگرایی از دست داده‌اند. شاهد این ادعا اینکه نه قالیباف و نه مجلسیان وقعی به نامه هشدار احمد توکلی در عدم انتصاب و انتخاب بذرپاش به ریاست دیوان محاسبات ننهادند و از سویی دیگر باهنر هم در نقد عملکرد اصولگرایان مجلس می‌گوید که طرح مشخصی برای برون‌رفت از وضعیت فعلی ندارند و فکر می‌کنند که مهم‌ترین وظیفه مجلس دعوا با دولت است! همه این‌ها نشان‌دهنده شکافی عظیم میان کنش و منش بخشی از جریان سنتی و محافظه‌کار اصولگرایی با طیف نوظهوری است که سردمدارانش قالیبافیان و جبهه پایداری و جمعی از مجلسیان یازدهم‌اند.
سعید احدیان، دستیار سیاسی قالیباف، در توییتی نوشته بود که معنی ندارد، چون کسی را جدی نمی‌گیرند، برای دیده‌شدن یک روز با بی‌بی‌سی مصاحبه کند و روزی دیگر تهمت بزند. مسئولان قضائی در حال پیگیری تهمت‌های ناروای آقای میرسلیم به رئیس و برخی دیگر از نمایندگان مجلس هستند. منتظر اعلام نتیجه فوری دستگاه قضائی هستیم. سعید آجرلو، سردبیر هفته‌نامه مثلث، هم در توییت دیگری نوشت که مطالبه سعید احدیان از قوه قضائیه صریح و روشن است. در سایت فردا هم خواستار پیگیری موضوع از جانب ق. ق شده بودیم. ایشان هم مطالبه کنند تا حقیقت مشخص شود. میرسلیم باید پاسخ‌گوی این تهمت ناروا باشد.
روزنامه صبح نو نزدیک به جریان محمدباقر قالیباف ضمن انتقاد از ادعا‌های اخیر مصطفی میرسلیم، نماینده تهران در مجلس علیه قالیباف بر لزوم پیگیری قضائی اظهارات او تأکید کرده بود. این روزنامه نوشته بود: «آقای میرسلیم به‌صورت صریح و روشن به نمایندگان مجلس و رئیس مجلس اتهام ناروا زده و مطلب خلاف واقع و دروغی را به ایشان نسبت داده است. او که پیش از این به‌صورت مبهم از ملغی‌شدن تحقیقوتفحص در مجلس سخن گفته بود، این‌بار به‌صراحت به شهرداری تهران و کمیسیون اجتماعی مجلس دهم که برخی از آن‌ها در مجلس یازدهم نیز عضو هستند، تهمت بسته است که حتما خلاف واقع و نادرست است. آقای میرسلیم مدعی است که اسناد و مدارک خود را به مراجع قضائی ارائه کرده است لذا قوه قضائیه باید اولا روشن کند آیا این ادعا صحیح است و ثانیا با رسیدگی به ادعا‌های ایشان، صحت این تهمت‌ها را راستی‌آزمایی کنند، درصورتی‌که دروغ‌بودن سخنان میرسلیم مشخص شد، وظیفه قوه قضائیه است که بدون کوچک‌ترین اغماضی با ایشان برخورد شود تا همگان بدانند حق ندارند از ظرفیت‌های نمایندگی برای خالی‌کردن اغراض کوچک و بزرگ خویش استفاده کنند و به‌راحتی به تخریب دیگران بپردازند و به دیگران تهمت بزنند. اتهام آقای میرسلیم فقط اتهام به یک فرد نیست حتی اتهام به رئیس قوه مقننه نیز نیست بلکه اتهام به نمایندگان مجلس دهم است که برخی همکاران امروز آقای میرسلیم نیز جزء آنان هستند.
این‌گونه اتهام‌زدن به نمایندگان قبلی و فعلی مجلس حتما با پاسخ این دوستان روبه‌رو خواهد شد و وظیفه هیئت نظارت بر نمایندگان است که آقای میرسلیم را بخواهد و جلوی این قبیل تهمت‌زنی‌ها را بگیرد. نوع رفتار‌های آقای میرسلیم مصداق تعدی مورد نظر رهبری به افراد مختلف با ادعای مبارزه با فساد است. رفتار‌هایی که موجب شده میرسلیم کاملا در راستای اهداف اصلاح‌طلبان برای تخریب مجلس رفتار کند. ادامه این رفتار‌ها قطعا به بیراهه‌هایی، چون گفتگو با «بی‌بی‌سی فارسی» منجر می‌شود که خسارتش متوجه آقای میرسلیم خواهد شد. البته این سؤال تا ابد باقی خواهد ماند که چرا این انتقاد‌های میرسلیم اگر مبنای عدالت‌خواهی دارد قبل از اینکه وارد فهرست تهران شوند، بیان نشد، اما آنچه ریشه این قبیل بازیگری‌های سیاسی را می‌خشکاند، برخورد قانونی و قاطع قوه قضائیه با تهمت‌زنندگان است. طبق قانون، قوه قضائیه مکلف است این مسئله را پیگیری کند و ما منتظر برگزاری دادگاه و گزارش دستگاه قضائی به افکار عمومی هستیم».
قالیباف هرجا باشد باید مراقب او بود!
در اسفند ۱۳۹۵ در دوره دهم مجلس شورای اسلامی طرح تحقیقوتفحص از عملکرد شهرداری تهران در واگذاری املاک و پروژه‌ها به اشخاص حقیقی و حقوقی در دستور کار مجلس قرار گرفت، اما نمایندگان به آن رأی ندادند. میرسلیم، اما مدعی شده است که این تحقیقوتفحص به دنبال یک رشوه ۶۵میلیاردی معلق شده. او گفته است: «همه مدارک را به دستگاه قضائی ارجاع داده‌ام و پیگیری‌ها از جانب آن‌ها انجام می‌شود. اصل موضوع به تحقیقوتفحص زمان حضور قالیباف در شهرداری برمی‌گردد، وقتی تحقیقوتفحص در مجلس دهم رأی نمی‌آورد، شهردار وقت از اینکه چنین موضوعی رأی نیاورده، تشکر می‌کند. موضوع تحقیقوتفحص مسئله‌ای نیست که از انجام‌شدنش ناراحت یا از انجام‌نشدنش خوشحالی صورت گیرد. باید طبق بررسی مشخص شود که چه خدمات شایسته‌ای صورت گرفته است، طبق اسنادی که دارم، نشان می‌دهد رایزنی‌هایی پشت‌پرده صورت گرفته که این تحقیقوتفحص، انجام نشود و رد شود».
سیدمصطفی میرسلیم، نماینده تهران و عضو کمیسیون صنایع مجلس شورای اسلامی از قالیباف و هیئت‌رئیسه مجلس فعلی شاکی است، اخیرا درباره دلیل انصرافش از ریاست کمیسیون اصل ۹۰ گفته بود من با طرز کار هیئت‌رئیسه مشکل دارم که به آن‌ها تذکر دادم. به‌خاطر گله‌مندی از هیئت‌رئیسه از نامزدی ریاست کمیسیون اصل ۹۰ استعفا دادم.
او پیش‌تر هم در توییتی نوشته بود: «هر کسی نامزد عضویت در هیئت‌رئیسه می‌شود، باید وجدانا بررسی کند انتخاب او چه هزینه‌ای بر حیثیت نظام تحمیل می‌کند». با توجه به انتقاد‌های اخیر و چندین باره میرسلیم از پرونده‌های مالی دوره شهرداری قالیباف، به اعتقاد تحلیلگران، شهردار اسبق تهران یکی از مخاطبان این توییت بود.
او دو سال قبل‌تر هم گفته بود: «آقای قالیباف را قبول نداشتم. ایشان، چون در جبهه اصولگرایی بود، من با او مخالفت نکردم. اما اعتقادی به نامزدی آقای قالیباف در انتخابات ریاست‌جمهوری ندارم. در مورد عملکرد شهرداری که در رأس آن آقای قالیباف است، خلاف‌هایی وجود دارد که باید رسیدگی شود. برخی دوستان، هم‌نظر بودند، اما تصمیم‌گیری جمع این شد که وقتی در یک جبهه کار می‌کنیم، نباید تفرق ایجاد کنیم؛ شما الان رقیب اصلی دارید که باید به آن بپردازید و اذهان عمومی را متوجه او کنید. فرض کنید انتخابات به دور دوم می‌رفت و رقابت بین من و آقای قالیباف بود. در آن شرایط البته آنچه را لازم بود، می‌گفتم». او همان‌جا گفته بود: «هر جا باشد باید مواظب او بود که خلافی نکند. این‌ها برای جامعه ما بسیار مضر است. از دوران کرباسچی چنین فسادی شروع شد و این‌ها تقویت کردند».