علی مطهری در روزنامه اعتماد نوشت:
واکنش‌های آقای کدخدایی، سخنگوی شورای نگهبان نسبت به مسائل مربوط به انتخابات گذشته از حد متعارف خارج شده است. می‌توان گفت: نسبت به این موضوع آلرژی و حساسیت پیدا کرده است به طوری که با کمترین بهانه‌ای وارد این گود می‌شود و از خود دفاع می‌کند و بدون آنکه کسی از او سوال کند بر درستی رد صلاحیت‌ها اصرار می‌ورزد. به نظر می‌رسد که او به خاطر رد صلاحیت‌های بی‌حساب دچار عذاب وجدان شده و دنبال آرام کردن وجدان خویش است. اگر چنین باشد، امر مبارکی است و نشانه آن است که هنوز وجدان و فطرت انسانی در ایشان زنده است.
حساسیتی که ایشان نسبت به مطرح شدن طرح دوفوریتی اصلاح قانون انتخابات در مجلس از خود نشان داده و حرف‌های بی‌اساس زده است، قابل تامل است ضمن اینکه با جایگاه ایشان یعنی عضویت و سخنگویی شورای نگهبان نیز تناسب ندارد.
اولا با لحن تمسخرآمیز با مجلس سخن گفته است. سخن از تعطیلات کرونایی و غیرکرونایی مجلس به میان آورده است، کنایه از اینکه بخشی از تعطیلات مجلس ناشی از عکس‌العمل او در مقابل رد صلاحیت‌ها بوده حال آنکه این تعطیلات به دنبال دستور وزارت بهداشت بوده است و این روز‌ها هم که جلسات آن تشکیل می‌شود به نظر من کار درستی نیست و بیشتر از ترس رسانه‌هاست.
ایشان اظهار تعجب کرده که چرا وسط بحران کرونا، طرح اصلاح قانون انتخابات در مجلس مطرح شده است. مثل این است که بگوییم چرا شورای نگهبان وسط بحران کرونا به بررسی مصوبات مجلس از لایحه مالیات بر ارزش افزوده پرداخته است. گویی در این روز‌ها همه باید فقط درباره کرونا حرف بزنیم. از آن طرف می‌گوید چرا جلسات مجلس تعطیل شد از این طرف می‌گوید چرا برقرار شده و طرحی را غیر از کرونا مطرح کرده‌اید.
ظاهرا شورای نگهبان می‌خواهد از این پس علاوه بر منطبق کردن اعمال، نیات و اظهارنظر‌های نمایندگان مجلس با منویات خود، دستور جلسات مجلس را نیز تنظیم و ابلاغ کند که این طرح یا لایحه را مطرح کنید و آن را نه و لابد بعد هم فرمان صادر کند که به آن رأی مثبت بدهید یا منفی. با رویه‌ای که شورای نگهبان در بررسی صلاحیت‌ها در پیش گرفته و می‌گوید چرا در فلان موضوع این را گفتی باید نظر ما را می‌گفتی، دور نیست که به چنین روزی هم برسیم.
آقای کدخدایی احقاق حق نمایندگانی را که علیه آن‌ها گزارش خلاف واقع داده شده و به همین دلیل رد صلاحیت شده‌اند، تحقیر می‌کند و امر کوچکی می‌شمارد و می‌گوید در وسط بحران کرونا چرا به این موضوع پرداخته‌اید؟ گویی احقاق حق زمان خاص دارد و مثلا باید همه امور در حالت عادی باشد تا بتوان با ظلمی مبارزه کرد. دستور قرآن را فراموش کرده است که به کسی که مظلوم واقع شده، اجازه فریاد و بدگویی به ظالم داده است.
از طرف دیگر سخنگوی شورای نگهبان که همواره می‌گفت: منتظر اصلاح قانون انتخابات در مجلس هستیم، اکنون که طرحی برای این منظور در مجلس مطرح شده آن را به تمسخر گرفته که «روز‌های آخر مجلس چه وقت این کار است؟» مگر اول و آخر مجلس با هم فرق دارد؟ لابد مجلس یازدهم هم تا مدتی مجاز نیست، دست به قانون انتخابات بزند، چون اول مجلس است!
آنچه در مجموع از سخنان آقای کدخدایی فهمیده می‌شود همان است که ایشان از رد صلاحیت‌های گسترده و بعضا بی‌حساب و احیانا سیاسی و دستوری که موجب کاهش مشارکت مردم شد، دچار عذاب وجدان شده و اکنون ناخودآگاه وارد هر میدانی مرتبط با انتخابات می‌شود تا خود را بی‌تقصیر جلوه دهد و وجدانش را آرام کند. البته این یک نقطه مثبت است چراکه نشان می‌دهد که هنوز وجدان و فطرت انسانی در او زنده است و زنگار‌های ناشی از ظلم‌هایی که به نامزد‌ها شده، قلب او را به طور کامل سیاه نکرده است.