نماینده مردم تهران در مجلس شورای اسلامی با اشاره به دفاعیه و جلسات دادگاه محمدرضا خاتمی تأکید کرد: نمی‌توان گفت که همه باید اعتقاد داشته باشند که در انتخابات سال ۸۸ تقلب شده یا نشده است. هرکسی عقیده‌ای دارد و قضاوت با مردم است.
علی مطهری در گفتگو با «جماران»، در خصوص دفاعیه و جلسات دادگاه محمدرضا خاتمی گفت: دفاعیه آقای محمدرضا خاتمی برای دادگاه را خواندم. متنی قوی بود، اما مهم این است که دادگاه اراده‌ای برای بررسی ادعا و مدارک و اسناد ایشان نداشت و حرفشان این بود که ملاک ما نظر شورای نگهبان است که صحت انتخابات را تأیید کرده است. سؤال این است که اگر قرار بر عدم بررسی ادعای آقای خاتمی بوده پس چرا دادگاه تشکیل دادند.
نماینده تهران در مجلس شورای اسلامی با تأکید بر اینکه ثابت‌شدن ادعای تقلب در سال ۸۸ به کل نظام آسیب نمی‌زند، تصریح کرد: ادعای آقای محمدرضا خاتمی و افرادی مانند ایشان این است که در وزارت کشور و در اتاق تجمیع آراء تقلب شده و تعداد قابل توجهی آراء به آرای یکی از نامزد‌ها اضافه کرده‌اند. فرضا این ادعا ثابت شود، این امر یعنی تخلف و بلکه تقلب و خیانت افرادی در نقطه حساس سامانه انتخاباتی که‌ای بسا مقامات عالی کشور نیز از آن بی‌خبر بوده‌اند و به عبارت دیگر این افراد مقامات عالی کشور را نیز فریب داده‌اند.
وی افزود: اگر از این منظر به موضوع نگاه شود هراس قوه قضائیه و مقامات امنیتی و اطلاعاتی از رسیدگی به این موضوع از بین می‌رود؛ بلکه این رسیدگی و تعیین تکلیف را به نفع نظام جمهوری اسلامی خواهند دانست.
مطهری با بیان اینکه صرف اظهار عقیده نباید موجب محاکمه شود، اظهار کرد: اساسا عقیده قابل مؤاخذه نیست. چون قابل اجبار نیست نمی‌توان گفت که همه باید اعتقاد داشته باشند که در انتخابات سال ۸۸ تقلب شده یا نشده است. هر کسی عقیده‌ای دارد و قضاوت با مردم است.
وی در پایان تأکید کرد: اگر کسی امروز ادعا کرد در انتخابات سال ۸۸ تقلب شده و آنگاه دست به اقدامات عملی مانند تخریب و آسیب‌زدن به اموال عمومی زد، او باید محاکمه شود، اما صرف اظهار نظر نباید موجب احضار، محاکمه و مجازات شود؛ لذا برخوردی که با آقای محمدرضا خاتمی شد از اساس غلط و غیر ضروری بود. نباید طوری رفتار کنیم که فضای اختناق تداعی شود.