مسئله، فقط بهره‌برداری سیاسی اصولگرایان از رخداد یک قتل نیست. ابعاد سیاسی ماجرای قتل میترا استاد به درون جریان اصلاحات هم کشیده شد. این قتل گویا بهانه‌ای شده برای اینکه بخشی از جریان اصلاحات در راستای اهداف سیاسی، دامن خود را از ماجرا بیرون بکشد و دیگری را مقصر جلوه دهد. این خطی بود که از همان روز انتشار خبر قتل آغاز شد.
روزنامه شرق نوشت: نخستین‌بار غلامحسین کرباسچی، دبیرکل حزب کارگزاران سازندگی، با توییتی عجیب و مبهم نوشت: «ماهیت تأسفبار حادثه قتل میترا استاد هرچه باشد نمی‌توان مسئولیت کسانی را که دو سال قبل علیرغم اصرار و تذکر برخی دلسوزان و مراکز مسئول، این چاه ویل را برای اصلاحات و نجفی حفر کردند نادیده گرفت».
او بعد هم گفت که از توصیه‌های امنیتی درباره شهردارنشدن نجفی خبر داشته و پیش‌تر هم گفته بود که اگر جای اعضای شورای شهر تهران بود، هیچ‌وقت نجفی و افشانی را شهردار نمی‌کرد.
توییت به‌اصطلاح هوایی کرباسچی، حزب اتحاد ملت و نزدیکان آن را هدف گرفته بود. یکی دیگر از اعضای حزب هم فردایش در توییتی نوشت: «از نجفی قدیس نسازید. یکبار ساختید، او را به این روز انداختید. دوباره نسازید. دوباره نگویید که پرچم مبارزه با فساد برداشته بود. او غرق شده بود؛ و اذا قیل لهم لاتفسدوا فی‌الارض قالوا انما نحن مصلحون و هنگامی که به آنان گفته شود: در زمین فساد نکنید می‌گویند ما فقط اصلاح‌کننده‌ایم».
اگرچه او لازم ندید توضیح بیشتری بدهد که نجفی دقیقا در چه چیزی غرق شده بود! تیتر و عکس یک روزنامه سازندگی، ارگان این حزب هم که تصویر نجفی را به همراه استاد منتشر کرده بود، در فردای انتشار خبر قتل، حواشی زیادی داشت و باعث انتقادات بسیاری شد.
حزب کارگزاران در جریان انتخاب شهردار تهران بعد از انتخابات شوراها، به دنبال شهردارکردن محسن هاشمی، عضو منتخب شورا بود و چندان با نجفی سر سازگاری نداشت. این در حالی بود که نجفی زمانی عضو حزب کارگزاران بود. اصلاح‌طلبان عضو یا نزدیک به حزب اتحاد ملت، اما از شهردارشدن نجفی حمایت می‌کردند.
ماجرا البته یک بُعد دیگر هم داشت. طبق قول‌وقراری که منتخبان شورا با هم گذاشته بودند، قرار نبود هیچ‌یک از اعضا به رأی مردم پشت کند و شورا را به هر علتی ترک کند. شهردارشدن محسن هاشمی دقیقا مصداق این موضوع بود. در نهایت طیف کارگزاران در جریان انتخاب شهردار مغموم شد. آن مغموم‌شدن علتش بود یا نه، حالا حزب سازندگی مدعی است که از همان روز نخست می‌دانسته که نجفی نباید شهردار می‌شده تا جایی که «محمد قوچانی»، سردبیر روزنامه سازندگی، هم گفته است: «یک طیف سیاسی که در این دو سال جدایی نجفی از کارگزاران در شهرداری تهران به او نزدیک شدند و با نادیده‌گرفتن حوزه خصوصی‌اش او را قربانی اهداف سیاسی خویش کردند حال با اغراض شخصی و نادیده‌گرفتن رسانه‌های دیگری که همین عکس را منتشر کرده‌اند با تمرکز بر سازندگی قصد انتقام از رسانه‌ای را دارند که نشان داده است به مصداق «حاسبوا قبل ان تحاسبوا» در نقد «تا جایی که بتواند» مستقل عمل می‌کند».
حالا هم از این‌سو درحالی‌که حسین مرعشی، سخنگوی حزب سازندگی، خواستار سکوت و پایان‌دادن به بحث‌ها درباره ماجرای قتل شده و در اطلاعیه‌ای از فعالان اصلاح‌طلب خواسته تا وحدت جبهه اصلاحات را پیش‌فرض اعمال خود قرار داده و به تنش‌ها و تشتت‌های ایجادشده درباره حاشیه‌های بعد از قتل همسر نجفی خاتمه دهند.
اما از سویی دیگر محسن آرمین اصلاح‌طلب در تحلیلی که سایت جماران منتشر کرد و دیگر سایت‌ها هم آن را بازنشر کرده‌اند، برخلاف مرعشی از لزوم اندیشیدن به این اتفاق و واننهادن نجفی سخن می‌گوید. در اطلاعیه «سیدحسین مرعشی»، سخنگوی این حزب آمده است: «از کلیه کسانی که به مصالح عمومی ایران و وحدت و تقویت روزافزون جبهه اصلاحات تعلق‌خاطر دارند، تقاضا می‌شود که از طرح اظهارات یا پاسخ‌گویی به نظرات، که فضای تنش‌آلود و مبهم کنونی را تشدید می‌کند خودداری کنند. در زمان مقتضی حزب کارگزاران سازندگی ایران در قالب یک بیانیه نظرات کامل خود را در این زمینه اعلام خواهد کرد».
به نظر می‌رسد که برخی اعضای حزب کارگزاران سازندگی در اندیشه حفظ آتیه سیاسی خود می‌خواهند در بزنگاه مسئله محمدعلی نجفی، مسیر خود را از سایر اصلاح‌طلبان جدا کند، این درحالی است که برعکس، محسن آرمین، با هدف واکاوای‌ای که حاکی از نوعی دغدغه فردی و انسانی و مسئولیت جریانی است، اتفاقا به سراغ مسئله می‌رود. چنانکه مطلع یادداشت او هم این‌گونه شروع می‌شود: «فکر دکتر نجفی رهایم نمی‌کند. این حادثه چه جنبه‌ها و لایه‌های نه‌تویی دارد؟ به عنوان کسی که عمری را در عرصه سیاست گذرانده شرمگینانه باید بگویم عرصه سیاست در کشور ما به‌غایت کثیف و عفن است...».
او در ادامه می‌نویسد: «نمی‌دانم میترا استاد بر اساس طرحی وارد زندگی نجفی شده است یا نه. اما تردید ندارم دست‌کم از زمانی که وارد زندگی او شده، همچون یک پروژه مدیریت شده است تا در زمان مناسب از او استفاده شود. شهرداری نجفی همان زمان مناسب بود تا نجفی بفهمد در کشوری زندگی می‌کند که شرط حضور مؤثر در عرصه‌های سیاست و مدیریت چیز‌های دیگری جز پاکدستی و توانمندی است. به‌همین دلیل در میانه غوغای مبارزه با فساد و اختلاس، گزارش بزرگ‌ترین پرونده اختلاس شهرداری به قوه قضائیه هم نمی‌توانست نشانه شایستگی او باشد. تعجب می‌کنم از او که شاگرد اول دانشگاه شریف و ام‌آی‌تی بود، اما پس از سال‌ها مدیریت در این کشور این حقیقت بدیهی را درنیافت. آن‌ها که پروژه میترا استاد را کلید زدند یا دست‌کم مدیریت کردند تا به مقاصد زشت خود برسند، در فرجام غم‌بار و عبرت‌انگیز این ماجر سهیم هستند و اگر نه امروز، فردا در پیشگاه خداوند باید پاسخ‌گو باشند. نجفی هرچه بود به عنوان یک فرد تمام شد. اما داستان او قصه ناتمام انسان است که از آدم تا امروز و تا دنیا دنیاست ادامه دارد. آنچه مربوط به من فردی ماست همین جنبه از ماجرای نجفی است. چه خوب نوشته بود یکی از دانشجویانش که نجفی قربانی توانمندی‌های خارق‌العاده و اعتمادبهنفس کاذب خود شد. او همیشه فکر می‌کرد با توانایی‌های خدادادی هر اتفاق و جریانی را در زندگی خود می‌تواند مدیریت و کنترل کند. اما به گمانم این نابغه شاگرد اول ام‌آی‌تی قربانی دو چیز شد: چیزی که داشت و چیزی که نداشت. اعتمادبهنفس کاذبی که داشت و شجاعت و قاطعیتی که نداشت. شجاعت پایان‌دادن قاطعانه به مسیر خطایی که آغاز کرده بود و نقطه سر سطر. همه ما خطا می‌کنیم. هیچ‌کس را از خطا گریزی نیست. مهم شجاعت پایان‌دادن به خطاست. عدم شجاعت در این آخرین صحنه امتحان موجب شد هر خطایی را با خطایی دیگر مدیریت کند و به‌همین مسیر ادامه دهد تا برسد به‌جایی که حیات سیاسی‌اش را از دست‌رفته ببیند و برایش تنها تتمه آبرویی باقی مانده باشد که میترا استاد قصد افشای آن را دارد. می‌توان فهمید برای پیرمردی ۷۰ ساله که دیگر فرصتی برای جبران و ساختن ندارد، این شرایط چقدر جان‌کاه و غیرقابل‌تحمل است. به نظر من قتل‌هایی که در چنین شرایط رخ می‌دهند نه نشانه سنگدلی و بی‌رحمی است نه عدم پایبندی به انسانیت و اخلاق، بلکه محصول جنون آنی و انفجار روانی انسانی است که شجاعت لازم را برای مواجهه و پایان‌دادن به خطا‌های خود ندارد. از هدفی که داشتم دور نشوم. هرچه بود و هرچه هست خدایش بهتر می‌داند. اما در این دنیا نجفی پاسخ‌گوی آخرین اشتباه غیرقابل جبران خویش است. من وقتی سرنوشت این مرد آرام و ساکت و با اخلاق را می‌بینم بر سر ایمان خود می‌لرزم.
اکنون این دعای پیامبر رحمت برایم معنادارتر از هر زمان دیگری شده است: «الهی لاتکلنی علی نفسی طرفه عین ابدا» (خدایا حتی لحظه‌ای مرا به خود وامگذار). اعتمادبهنفس کاذبی همچون نجفی می‌خواهد که با راحت‌خیالی خود را مصون از چنین سرنوشت‌های محتملی بپنداریم. غرور کاذب اعتماد به توانایی‌های خویش در مواجهه با فراز و فرود‌های دنیایی که حتی عبادتش و حتی خداپرستی‌اش می‌تواند فریب و دام باشد؛ به قول حافظ حکایت همان قطره‌ای است که سودای محال تسلط بر بحر در سر دارد؛ «خیال حوصله بحر می‌پزد هیهات، چه‌هاست در سر این قطره محال‌اندیش». بی‌دلیل نیست که قرآن به ما نهیب می‌زند لایغرنکم الحیاه الدنیا و لا یغرنکم بالله الغرور».