کیهان نوشت: علی مطهری ادعای جعلی بودن نامه امام به منتظری و نیز درباره نهضت آزادی را پس گرفت و گفت: منظور من این بود که ای‌کاش این دو نامه از امام نبود (!)
مطهری که مدت‌هاست جایگاه نایب‌رئیسی مجلس را به پادویی باند مهدی هاشمی معدوم و گروهک آمریکایی نهضت آزادی فرو کاسته، در پی مواجهه با اعتراض‌های گسترده، مجدداً متنی را منتشر کرد و در این باره نوشت: در جوابیه «جماران»، برای این مطلب که آن دو نامه به خط امام خمینی است دلایلی ذکر شده بود، در حالی که تأکید اصلی من روی دستخط نبود بلکه روی این مطلب بود که محتوای این دو نامه با سیره و شخصیت امام خمینی چندان سازگار نیست. نامه نهضت آزادی در پاسخ به وزیر کشور وقت در زمانی صادر شده که آن نهضت با ادامه جنگ مخالفت می‌کرد و به نوعی پشت جبهه تضعیف می‌شد و امام (ره) از دست آن‌ها ناراحت بودند و حکم به منع ورود آن‌ها در قوای سه گانه صادر و آن‌ها را از حقوق اجتماعی‌شان محروم نمودند، که البته این می‌تواند یک امر موقت بوده باشد، و نامه ۱۳۶۸/۱/۶ مربوط به آیت‌الله منتظری نیز در شرایط سخت روحی و جسمی امام عزیز صادر شده و شامل تعابیر تندی است؛ لذا این دو نامه با ادبیات امام اندکی فاصله دارد و ما نباید زیاد روی آن‌ها تکیه کنیم.
وی می‌افزاید: در واقع حرف من این بود که‌ای کاش این دو نامه از امام خمینی نمی‌بود و جعلی بود، ولی اکنون که موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی آن را اصیل می‌داند ما نیز می‌پذیریم، ولی معتقدیم باید محتوای این دو نامه را با توجه به شرایط زمان نگارش آن در نظر گرفت و مثلا در مورد حکم نهضت آزادی آن را موقت تلقی کرد نه دائمی، تا ساحت آن بزرگمرد از هر شائبه‌ای پاک بماند. وقتی برای درک مقصود حدیث معصوم توجه به شرایط زمان و مکان و سؤال‌کننده را لازم می‌شماریم چرا در این موارد به این عناصر توجه نداشته باشیم.
این مغالطه آمیخته به جفا و تحریف در حالی است که اولا نهضت آزادی نه یک بار بلکه بار‌ها و بار‌ها به عنوان یک «خط» - و نه خطا- مرتکب خیانت و تحریف واقعیات و ارجاف (شایعه‌پراکنی و خالی کردن دل مردم در برابر دشمن) شد؛ و پس از رحلت حضرت امام نیز در فتنه‌انگیزی سال‌های ۷۸ و ۸۸ نقش فعال داشت.
ثانیا علی مطهری بسیار بی‌جا و غلط می‌کند که تعیین تکلیف می‌کند امام چه باید می‌نوشته و چه نمی‌نوشته یا نامه ایشان (نعوذبالله) از سر دلخوری و شرایط جسمی و... بوده است. این رویکرد همان روش منکر ولایت امیرمومنان (ع) است که وقتی پیامبراعظم (ص) خواستار حاضر کردن قلم و کاغذ برای انشای فرمانی مهم شد، به پیامبر (ص) جسارت کرد!
البته در اینکه علی مطهری دمدمی مزاج است تردیدی نیست، اما اینکه آدم هرهری‌مسلک، به امام‌خمینی (ره) جسارت و قیاس به نفس کند، به هیچ عنوان پذیرفته نیست و باید از سوی قوه قضائیه و هیئت رسیدگی به تخلفات نمایندگان مورد پیگرد واقع شود. گفتنی است خوارج نیز بلاهت را با غرور درهم آمیخته بودند و توقع داشتند امام علی (ع) پیرو دمدمی مزاجی آن‌ها باشد، نه امامی که باید فرمان بدهد و دیگران تبعیت کنند. لابد اگر به امثال علی مطهری بود تا به حال ده‌ها بار مملکت را به منافقین و لیبرال‌ها و آمریکا و انگلیس که در برجام بزک شده بودند، می‌فروختند؛ و بالاخره اینکه اگر انتساب فرزندی استاد شهید مطهری را از علی مطهری بگیرند، هیچ هویت و آورده و هنر مستقلی برای این نماینده مذبذب باقی نمی‌ماند. در واقع او از نامه استاد شهید سوءاستفاده کرد و اکنون در حال خیانت به منظومه فکری شهید مطهری است که در مقابل امام، تواضع تمام داشت و البته که هر کس به اندازه درک و فهم خود، با امام خمینی مواجه می‌شود.
این عبارات از استاد شهید مطهری، عمق ارادت و دلبستگی آن استاد فرزانه به امام عظیم‌الشأن را می‌رساند: «و، اما آن سفر کرده که صد‌ها قافله دل همراه اوست، نام او، شنیدن سخنان او، روح گرم و پرخروش او، اراده و عزم آهنین او، استقامت او، روشن‌بینی او، ایمان جوشان او که زبانزد خاص و عام است یعنی جان جانان، قهرمان قهرمانان، نور چشم و عزیز روح ملت ایران، استاد عالیقدر و بزرگوار ما حضرت آیت‌الله العظمی خمینی - ادام الله ظله- حسنه‌ای است که خداوند به قرن ما و روزگار ما عنایت فرموده و مصداق بارز روشن «ان‌الله فی کل خلف عدولا ینفون عنه تحریف المبطلین» (به‌راستی خدای را در هر عصری بزرگمردانی عادل است که تحریف‌های اهل باطل را از دین او برمی‌دارد) است.
قلم بی‌تابی می‌کند که به پاس دوازده سال فیض‌گیری از محضر آن استاد بزرگوار و به شکرانه بهره‌های روحی و معنوی که از برکت نزدیک بودن به آن منبع فضلیت و مکرمت کسب کرده‌ام اندکی از بسیار را بازگو کنم. من که قریب دوازده سال در خدمت این مرد بزرگ تحصیل کرده‌ام، باز وقتی که در سفر اخیر به پاریس به ملاقات و زیارت ایشان رفتم، چیز‌هایی از روحیه او درک کردم که نه فقط بر حیرت من، بلکه بر ایمانم نیز اضافه کرد. وقتی برگشتم، دوستانم گفتند: «چه دیدی؟». گفتم چهار تا «آمن» دیدیم. آمن به هدف- به هدفش ایمان دارد. دنیا اگر جمع بشود نمی‌تواند او را از هدفش منصرف کند. آمَن بِسَبیلِه - به راهی که انتخاب کرده ایمان دارد. امکان ندارد بتوان او را از این راه منصرف کرد. شبیه همان ایمانی که پیغمبر به هدفش و به راهش داشت. آمَن بِقَولِه- در میان همه رفقا و دوستانی که سراغ دارم احدی مثل ایشان به روحیه مردم ایران ایمان ندارد. به ایشان نصیحت می‌کنند که: «آقا! کمی یواش‌تر، مردم دارند سرد می‌شوند، مردم دارند از پا در می‌آیند.» می‌گوید: «نه، مردم اینجور نیستند که شما می‌گویید، من مردم را بهتر می‌شناسم.» و ما می‌بینیم که روز به روز صحت سخن ایشان بهتر آشکار می‌شود؛ و بالاخره بالاتر از همه آمَن بربه- در یک جلسه خصوصی ایشان به من می‌گفت: «فلانی! این ما نیستیم که چنین می‌کنیم، من دست خدا را به وضوح حس می‌کنم.»
آدمی که دست خدا و عنایت خدا را حس می‌کند و در راه خدا قدم بر می‌دارد، خدا هم به مصداق (ان تنصروا الله ینصرکم) بر نصرت او اضافه می‌کند.» ... مردمی که در طول چهارده قرن، حماسه محمد، علی، زهرا، حسنین، سلمان، ابوذر... و صد‌ها هزار زن و مرد دیگر را شنیده بودند و این حماسه‌ها با روحشان عجین شده بود، بار دیگر همان ندای آشنا را از حلقوم این مرد شنیدند. علی را و حسین را در چهره او دیدند. او را آیینه تمام نمای فرهنگ خود که تحقیر شده بود، تشخیص دادند.