انتقاد به شورای عالی سیاستگذاری اصلاحات طی انتخابات شورا‌های شهر و روستا به اوج خود رسید و برخی بر این باور بودند که این شورا نه تنها عملکر مناسبی نداشته است بلکه آرام آرام اختلافات کهنه در خصوص این شورا نیز رسانه‌ای شد و حتی نحوه تشکیل و مدیریت آن نیز زیر سوال رفت؛ بنابراین تصمیم بر این شد که تغییراتی در شورای عالی سیاستگذاری اعمال شود، اما با اینحال بعد از گذشت یک سال شورای عالی با کمترین تغییرات مجددا تشکیل شد و فعالیت خود را آغاز کرد و این موج جدیدی از انتقاد‌ها را به جریان اصلاحات به راه انداخت. اما این تمام ماجرا نبود. در همین خصوص رسول منتجب نیا قائم‌مقام سابق حزب اعتماد ملی معتقد است که تشکیل این شورا حرکت انحرافی بود که نه‌تنها در جهت تحزب نیست بلکه در جهت دور زدن و به حاشیه راندن احزاب است. محصول شورای سیاستگذاری اصلاح‌طلبان در دو انتخابات ۹۴ و ۹۶ لیست امید مجلس و شورای شهر بود که هیچ‌کدام از این لیست‌ها نتوانست در راستای اهداف جریان اصلاحات قدم بردارد.
او در جدید‌ترین اظهار نظر خود عنوان کرد که یکی از دلایل انشعاب در حزب اعتماد ملی نیز شورای عالی سیاستگذاری بود. وی در این باره گفت: «بسیاری از کارشناسان و اندیشمندان زمانی که نظر من درباره تعارض شورای سیاستگذاری با بحث تحزب را می‌شنیدند نظر بنده را تصدیق می‌کردند و اذعان می‌کردند که این نظرات کاملاً اصولی و قانونی است، ولی متأسفانه به‌دلیل اینکه برخی آقایان درون حزب این اظهار نظرات را نمی‌پذیرفتند دست به اقداماتی زدند که موجب متلاشی شدن حزب شد. می‌توان گفت: استارت اختلافات در حزب اعتماد ملی زمانی زده شد که عده ای از سران احزاب اصلاح‌طلب از جمله بنده با سازوکار حاکم بر شورای سیاستگذاری اعلام مخالفت کردیم.»
احزاب درخواست تشکیل شورای عالی را دادنددر همین خصوص علی صوفی عضو حقوقی شورای عالی سیاستگذاری اصلاح طلبان در
گفتگو با فرارو عنوان کرد: «این انتقاد‌ها از اندکی بعد از تشکیل شورا وجود داشته است و کاملا طبیعی است. زیرا به هرحال وقتی که قرار است از طریق اجماع و به روش دموکراتیک در مورد موضوعی بحث و بررسی و اعلام نظر شود نمی‌توان همیشه انتظار داشت همه با یک موضوع موافق باشند و بعضی‌ها هستن که مخالف هستند. البته این به معنای ان نیست که نظرات آن‌ها غلط است، اما به هرحال طی پروسه رای گیری در اقلیت قرار می‌گیرند.»
وی در خصوص روند تشکیل شورای عالی گفت: «ماجرای تشکیل شورای عالی از سوی احزاب کلید خورد و اصلا این شورای هماهنگی جبهه اصلاحات بود که پیشنهاد تشکیل این شورا را ارائه کرد. رئیس این شورا در آن زمان آقای غریبانی بودند و ایشان طی نامه‌ای به آقای خاتمی پیشنهاد دادند که شورای راهبردی ایشان که اعضای حقیقی بودند با شورای هماهنگی جبهه اصلاحات ادغام شوند و شورای عالی سیاستگذاری را تشکیل دهند؛ بنابراین احزاب بودند که این پیشنهاد را مطرح کردند و اصلا مخالفتی با این مسئله از سوی آن‌ها انجام نشد.»
او ادامه داد: «اما بعد از اینکه شورای عالی مورد موافقت آقای خاتمی قرار گرفت و تصویب شد، بعدا در فرایند کاری که بر اساس همان رای گیری بود، بعضی از احزاب و افراد در اقلیت قرار گرفتند و همین مسئله که در اقلیت قرار گرفتند، مورد قبولشان نبود و از همان جا انتقاد و مخالفت با شورای عالی آغاز شد و آنچه که امروز شاهدش هستیم ادامه همان مسائل آن روز‌ها است.»
این فعال سیاسی اصلاح طلب در پاسخ به این سوال که آیا اینکه برخی معتقدند موسوی لاری شخصا در ترکیب اعضا اعمال نظر کرد و برخی که هیچ وابستگی حزبی نداشتن را وارد شورای عالی کرد صحت دارد یا خیر، اظهار کرد: «ببینید همانطور که عرض کردم این پیشنهاد که شورای عالی از ترکیب افراد حقیقی و حقوقی انتخاب شوند از سوی احزاب بود. یعنی مبنا همین بود. بعد شورای عالی سیاستگذاری بود که از آقای عارف خواهش کرد که بیایند و ریاست این شورا را قبول کنند. اینکه حالا یک عده انتقاد دارند یک بحث دیگری است، اما اینکه بگوییم روند تشکیل شورا غیردموکراتیک بوده یا الان برخی از واژه استبدادی استفاده می‌کنند اصلا درست نیست.»
وی تصریح کرد: «واقعیت این است که هیچ کدام از شخصیت‌هایی که در شورای راهبردی آقای خاتمی حضور داشتند در تشکیل شورای عالی نقشی نداشتند. حتی در مرحله اول آقای خاتمی هم مخالف بودند و بعد از مدتی قبول کردند و روند تشکیل شورا آغاز شد. این همان ماجرایی است که من از ابتدا به عنوان عضو شورا در جریانش هستم. زیرا من عضو حقیقی شورای اول بودم و در شورای سوم هم الان عضو حقوقی هستم؛ لذا این مسائلی که برخی دوستان مطرح می‌کنند فاصله زیادی با واقعیت دارد.»
این تحلیلگر مسائل سیاسی افزود: «از سوی دیگر اینکه الان انتقاد می‌شود که مثلا آقای عارف یا آقای موسوی لاری به عنوان شخص حقیقی در شورا حضور دارند هم درست نیست. زیرا آقای عارف الان به عنوان عضو انجمن مدرسین در شورا حضور دارند که این انجمن الان عضور شورای همانگی جبهه اصلاحات است یا آقای موسوی لاری الان به عنوان نماینده جامعه روحانیون مبارز در شورا حضور دارند؛ بنابراین الان این افراد هم دیگر به عنوان شخصیت حقیقی در شورا حضور ندارند.»
همچنین صوفی در خصوص اینکه قرار اولیه این بود که شورای عالی موقتا تشکیل شود، اما بعد بنا بر گفته برخی، یک عده از نفوذ خود استفاده کردند و این شورا را دائمی کردند، گفت: «این هم مسئله‌ای نیست که واقعیت داشته باشد. قرار از روز اول اینگونه بود که بعد از تشکیل این شورا هر سال نظر سنجی و رای گیری شود که آیا شورا در سال آینده هم به فعالیت خود ادامه دهد یا خیر. تا امروز هم همین اتفاق افتاده است و ما هر ساله رای گیری کردیم و از باقی فعالان و احراب اصلاح طلب هم نظرخواهی کردیم که این شورا به فعالیت خود ادامه دهند یا خیر. یعنی اجرا اینگونه است که این شورا برای انتخابات تشکیل می‌شود و بعد از انتخابات تعطیل می‌شود و دوباره زمانی که به ایام انتخابات نزدیک می‌شویم با یک نظر سنجی و بازبینی فعالیت خود را آغاز می‌کند.»
برخی صرفا به دلیل حضور در ستاد میرحسین موسوی در شورا عضو هستنداما مهدی آیتی دیگر فعال سیاسی اصلاح طلب نظر متفاوتی دارد. وی در
گفتگو با فرارو اظهار کرد: «در ابتدای ماجرا قرار بر این نبود که اصلا افرادی از خارج احزاب و یا NGOهایی که اجازه فعالیت سیاسی دارند در این شورا حضور پیدا کنند. اما الان آقای عارف و برخی از مشاورانشان که در این شورا حضور دارند عضو هیچ حزبی و NGOای نیستند و این یکی از انتقاد‌هایی است که از همان ابتدا به شورای عالی مطرح می‌شد.»
این فعال سیاسی در واکنش به صحبت‌های علی صوفی مبنی بر اینکه محمدرضا عارف به عنوان عضو انجمن مدرسین در شورا حضور دارد گفت: «اگر اینگونه باشد حضور آقای عارف بلامانع است، اما من که لیست اعضا را می‌دیدم در مقابل اسم آقای عارف برخی دیگر از اعضا «امید» درج شده بود. یعنی بنیاد امید. این در حالی است که بنیاد امید و بنیاد باران اصلا اجازه فعالیت سیاسی ندارند، زیرا در اساسنامه آن‌ها آمده است که بنیاد غیرسیاسی هستند؛ بنابراین آقای عارف و هیچ عضو بنیاد باران و بیناد امید نمی‌توانند در این شورا حضور داشته باشند.»
او تصریح کرد: «ضمن اینکه این بخشی از ماجرا است. برخی از اعضا که من در لیست نهایی دیدم، درمقابل اسمشان نوشته شده بود ستاد آقای روحانی یا ستاد آقای میرحسین موسوی. خب اینگونه که نمی‌توان اعضای شورای عالی را انتخاب کرد. اینکه یک فردی به صرف حضور در ستاد یکی از کاندیدا‌های انتخاباتی اجازه حضور در شورای عالی و تصمیم گیری برای جریان اصلاحات را داشته باشد نه اخلاقی است و نه قانونی؛ بنابراین اگر منظور آقای منتجب نیا این باشد که افرادی باید در شورای عالی حضور داشته باشند که نماینده احزاب باشند کاملا درست است.»
این نماینده ادورا مجلس تاکید کرد: «اینکه الان می‌گویند با درخواست احزاب این شورا تشکیل شده است اصلا ایرادی ندارد، اما به شرط آنکه با رای اکثریت احزاب صورت گرفته باشد. من لیست نهایی را که می‌دیدم، متوجه شدم که آقای کواکبیان اصلا در شورا حضور ندارند و این خیلی عجیب است. به هرحال حزب مردم سالاری از احزاب بزرگ اصلاح طلب است. اما فکر می‌کنم به دلیل اعتراضات ایشان و طرح پیشنهاد پارلمان اصلاحات، او را به عنوان عضو شورا عالی انتخاب نکردند و در عوض یک سری افراد با شخصیت حقیقی یا همانطور که عرض کردم به صرف حضور در ستاد انتخاباتی الان عضو شورای عالی هستند.»
آیتی در پایان گفت: «قبل از شورای عالی سیاستگذاری شورای عالی اصلاحات حدود ۲۰ سال بود که فعالیت می‌کرد و ریاست آن هم کاملا دوره‌ای بود و هر دوره یکی از این احراب و تشکل‌های هجده گانه ریاست آن شورا را برعهده می‌گرفت. اما بعد سال ۹۲ که آقای روحانی را آوردند اصلاخات دوباره به عرصه سیاسی بازگشت، آقای موسوی لاری وشورای عالی اصلاحات را منحل کردند که این کاملا غیر قانونی است. ایشان عضو هیچ حزبی نبودند و نه تنها در تهران بلکه شهرستان‌ها هم دخالت کردند. این در حالی بود که طی بیست سال گذشته آقای خاتمی بار‌ها اعلام کرده بودند که اگر بنا به دخالت باشد صرفا در تهران باید انجام شود استان‌ها باید به جبهه اصلاحات همان استان سپرده شود؛ بنابراین هر انچه که آقای موسوی لاری طی این این سال‌ها یعنی از ۹۲ به امروز انجام دادند خلاف اساسنامه و مرامنامه بود.»