در دولت نهم كسري بودجه هر سال افزايش يافت منابع بودجه‌هاي سنواتي از آنجا كه بر پايه پيش‌فرض‌هايي نوشته مي‌شود، در خوش‌بينانه‌ترين حالت مي‌تواند نزديك به آنچه در كتاب بودجه نوشته شده، محقق شود، اما در عمل چون بسياري از عوامل تعيين‌كننده در درآمدها مثل قيمت نفت، ماليات، جرائم و فروش دارايي‌ها مي‌تواند نوسان داشته باشد، بنابراين تحقق منابع بودجه همواره با چالش روبروست، به طوري كه بودجه‌ها در ميانه سال عدم تراز را نشان مي دهند و دولت به عنوان مجري قانون بودجه مجبور است براي ادامه سال فكري بكند.
رفع كسري بودجه از طريق ارائه متمم براي تعيين درآمدهاي جديد يا ارائه اصلاحيه جهت جابجايي در رديف‌هاي بودجه انجام مي‌شود. دولت نهم هم طي چهار سال فعاليت خود با اين مشكل مواجه شد و هر بار از طريق متمم يا اصلاح رديف‌هاي بودجه، به نوعي آن را حل كرد.
بودجه سال 1384
آبان سال 84، سازمان مديريت و برنامه‌ريزي در مورد لايحه اصلاحيه بودجه و متمم آن براي تقديم به مجلس تشكيل جلسه داد. عمده دليل محقق نشدن درآمدهاي بودجه آن سال، وصول نشدن 1500ميليارد تومان عوارض ناشي از واردات خودرو و فروش شركت‌هاي دولتي بيان شده بود. دي ماه همان سال، سيد محمد قاسم حسيني - معاون امور مجلس سازمان مديريت و برنامه‌ريزي كشور - كسري هزينه را حدود پنج هزار ميليارد تومان ذكر كرد.در نهايت، رقم متمم بودجه سال اول فعاليت دولت نهم 6/10 هزار ميليارد تومان بود كه در دوم بهمن ماه به تصويب مجلس رسيد و در شانزدهم اين ماه توسط رئيس جمهور ابلاغ شد.
بودجه سال 1385
اوايل سال 85 دولت متمم بودجه‌اي با رقم 5/3 ميليارد دلار ارائه كرد كه 5 / 1 ميليارد دلار آن بابت بدهي به بانك‌ها، 5 / 1 ميليارد دلار براي پيمانكاران وزارت راه و ترابري و 500 ميليون دلار ديگر آن به منظور بازسازي خوزستان بود. فرهاد رهبر - رئيس سازمان مديريت و برنامه‌ريزي وقت - در اين باره گفت: سازمان‌ها و نهادها به هيچ عنوان افزايش بودجه جاري براي خود ايجاد نكنند، چرا كه متمم بودجه فقط مربوط به هزينه هاي عمراني است.
او در ميانه سال هم درباره سرنوشت بودجه ساليانه افزود: در سال 85، دو لايحه متمم داشته‌ايم كه براي پروژه راه و آب روستايي بوده و در پايان سال 84 به تصويب رسيد، اما ابلاغ اعتبار آن در سال 85 صورت گرفت. براي نخستين بار در بودجه، 82 درصد به پروژه‌هاي عمراني تخصيص داده شد و به اين ترتيب در پايان سال 84 دستگاه‌ها با حجم بالايي از اعتبارات بودجه مواجه شدند كه بايد آن را تا پايان تيرماه 85 هزينه مي‌كردند. وي اضافه كرد: از طرف ديگر حجم نقدينگي بالايي كه به جامعه تزريق شده بود بايد به گونه‌اي كنترل مي‌شد و ما بايد به وجهي سياست‌گذاري مي‌كرديم كه از ابزارهاي بودجه‌اي براي كنترل نقدينگي استفاده درست شود و در همين راستا چند تصميم مهم گرفته شد.
همان روزها لايحه متمم بودجه 85 براي تصويب به دولت ارسال شد. جمع كل رقم جديد لايحه متمم بودجه عمراني آن سال، 44 هزار و 90 ميليارد و 727 ميليون ريال بود.
بودجه سال 1386
موضوع كسري بودجه در سال 86 هم مطرح شد، اما معاون اول رئيس‌جمهور ارائه لايحه متمم بودجه را رد كرد. پرويز داوودي در گفتگو با ايسنا تاكيد كرد: برخي گفته‌ها درباره تصميم دولت در مورد ارائـه لايـحـه مـتـمـم86 به مجلس، نادرست‌است. ممبيني معاون برنامه‌ريزي و نظارت راهبردي رئيس‌جمهور نيز با بيان اين كه از صحبت‌هاي وزير اقتصاد برداشت اشتباهي شده بود و دولت به جاي متمم بودجه، اصلاحيه خواهد داد گفت: بناي دولت، ارائه متمم نيست و اگر مواردي باشد كه منابع ما محقق نشده باشد يا هزينه‌اي باقي مانده باشد، از طريق اصلاحيه اقدام خواهيم كرد.
بودجه سال 1387
در سال 87 نيز بودجه با مشكل مواجه و كسري ارقام در آن نمايان شد. در اوايل سال، نمايندگان مجلس به كليات لايحه متمم قانون بودجه سال 87 كل كشور با رقم 4500 ميليارد تومان براي تامين اعتبار مورد نياز واردات كالاي اساسي و ضروري و جبران خسارت ناشي از خشكسالي و سرمازدگي راي دادند كه بر اساس آن دو هزار ميليارد تومان براي واردات كالاهاي اساسي و دو هزار و 500 ميليارد تومان براي جبران خشكسالي و سرمازدگي اختصاص مي‌يافت.
بودجه سال 1388
اما بودجه سال جاري، بحث برانگيزترين بودجه تقديمي دولت نهم و مصوب مجلس هشتم بود. بودجه 88 پس از عدم تصويب بند مربوط به هدفمند كردن يارانه‌ها با عدم تراز 8500 ميليارد توماني مواجه شد و پس از آن دولت مجبور شد اين عدم تراز را جبران كند. ارسلان فتحي پور - رئيس كميسيون اقتصادي مجلس - اعلام كرد: نمايندگان پس از تصويب كليات طرح كسر درصد يكسان از اعتبارات تملك دارايي‌هاي سرمايه‌اي و هزينه‌اي بند 60 قانون بودجه سال 88، به دولت توصيه كرده‌اند تا پايان تعطيلات تابستاني مجلس، متمم بودجه را به مجلس ارسال كند تا نمايندگان به جاي اين‌كه مجبور شوند از بودجه جاري دستگاه‌ها بكاهند، بودجه كاركنان دولت افزايش يابد.
نماينده كليبر از طي مراحل نهايي لايحه هدفمندسازي يارانه‌ها در كميسيون ويژه خبر داد و افزود: اين لايحه آماده طرح در صحن علني مجلس شده، در اين صورت، تكليف لايحه بودجه 88 مشخص مي‌شود و دولت چاره‌اي جز ارسال متمم اين بودجه به مجلس نخواهد داشت. در همين زمان بود كه وزير امور اقتصادي و دارايي از احتمال بالاي تقديم متمم بودجه سال جاري خبر داد. در عين حال موسسه بيزينس مانيتور در تازه‌ترين گزارش خود از افزايش 1/2 برابري كسري بودجه ايران در سال جاري خبر داد.
اين موسسه معتبر اقتصادي در گزارش سه ماهه سوم 2009 خود ميزان كسري بودجه ايران در سال گذشته را 199 هزار ميليارد ريال برآورد و پيش‌بيني كرد كه اين شاخص در سال جاري به 437 هزار و 133 ميليارد ريال برسد. شش ماهه دوم سال معمولا ماه‌هاي بودجه است؛ از يك سو بحث براي جبران كسري بودجه سال جاري و از سوي ديگر گفتمان در مورد چگونگي بودجه سال آينده.
راهكار مجلس براي جبران كسري بودجه
همچنين در مورد كسري بودجه سال‌جاري، عضو كميسيون تلفيق اظهار داشت: در صورت تصويب سياست‌هاي تبيين شده، دولت مكلف يا مجاز خواهد شد در جهت حل مشكلات واردات يارانه‌اي از طريق اصلاح قيمت‌ها به شيوه تدريجي و ترتيبي، كاستي‌ها را جبران و در خصوص يارانه‌هاي برق و گاز اعمال نظر كند.
محمدحسين فرهنگي در خصوص جبران كسري قيمت بنزين و برق گفت: در اين خصوص سياست‌هاي باقيمانده در بخش هزينه‌ها و سياست‌هاي جديد به هم پيوسته، جايگزين سياست‌هاي حذف شده خواهد شد.
وي در خصوص ارزيابي خود از نحوه بودجه‌ريزي سال 88 اظهار داشت: اتفاقات مثبت و منفي زيادي در حال وقوع است كه البته در اين مسير سعي خواهد شد با لــحـــاظ مــنـــافـــع مــلــي، بـهـتــريــن راهـكــار بــراي دوري از تـبـعــات تصميم‌گيري‌هاي اشتباه اتخاذ شود. عضو كميسيون تلفيق افزود: اتفاقات مثبت مربوط به مباحثي شامل تأمين منابع، اجراي برخي از قوانين تحول در بخش‌ها و دستگاه‌ها، اتفاق نظر در جهت اجراي خدمات كشوري و همسان‌سازي حقوق بازنشستگان مي‌شود.