روزنامه شرق نوشت: «جناب حجت‌الاسلام آقای حاج‌شیخ علی‌اکبر هاشمی‌رفسنجانی (دامت افاضاته)؛ بدینوسیله جناب‌عالی به سمت نمایندگی از طرف این‌جانب در شورای‌عالی دفاع منصوب می‌شوید که ان‌شاءالله تعالی، ضمن انجام وظایف محوله به ادارات مربوطه دیگر نیز رسیدگی و نظارت نمایید. موفقیت جناب‌عالی را از خدای تعالی مسئلت دارم»؛ این حکم را می‌توان سرآغاز ایفای نقش مستقیم مرحوم آیت‌الله هاشمی در دفاع مقدس دانست؛ حکمی به امضای «امام خمینی (ره)» و به تاریخ ٢١ مهر ١٣٦٠. او از این تاریخ به حکم امام وارد میدان «جنگ» شد؛ مدتی بعد و پس از فتح خرمشهر با بروز برخی اختلافات بین سپاه و ارتش، در سال ١٣٦٢ قرارگاه مرکزی خاتم‌الانبیا با فرماندهی آیت‌الله هاشمی تشکیل شد و اواخر جنگ، امام به ایشان سمت مهم‌تری اعطا کردند؛ «جانشین فرمانده کل قوا». فرمانده را می‌توان یکی از مخازن اسرار نظام به‌ویژه در موضوع جنگ دانست. هرازگاهی برخی صحبت‌هایی می‌کردند و فرمانده از لابه‌لای دست‌نوشته‌ها یا خاطراتش مستنداتی ارائه می‌کرد؛ او البته تمایلی به فاش‌کردن رازها و بازگوکردن همه مسائل نداشت و خیلی مسائل را به آینده موکول می‌کرد.
هرچند او در جریان بسیاری از مسائل جنگ قرار داشت و درباره آن صحبت می‌کرد، اما پس از پایان جنگ و در سال‌های میانی دهه ٧٠، درباره چرایی ادامه جنگ پس از فتح خرمشهر و چرایی پایان جنگ مورد سؤال قرار گرفت تا قسمت‌هایی از مسائل را باز کند. تا همین اواخر هم بودند افرادی که آیت‌الله را متهم می‌کردند؛ اتهامش هم خوراندن «جام زهر» بود. فرمانده شامگاه یکشنبه ١٩ دی ١٣٩٥، درگذشت؛ روزی که از قضا هم‌زمان شد با سالروز آغاز عملیات «کربلای ٥». او چه در دوران جنگ و چه پس از جنگ، نکاتی را درباره جنگ بیان کرد که گاه بر آنها لقب «ناگفته» گذاشته می‌شد.
ادامه جنگ پس از فتح خرمشهراو مرداد سال ٦٧ در یکی از نخستین سخنرانی‌های پس از قبول قطع‌نامه ٥٩٨ در مراسم افتتاحیه «کنفرانس تجاوز و دفاع»، به صورت غیرمستقیم از دلایل ادامه جنگ پس از فتح خرمشهر گفت؛ البته پیش از این هم در سخنرانی‌ها گفته بود، اما این بار پس از قبول قطع‌نامه بود و از این لحاظ متفاوت؛ چون درباره انگیزه‌های پذیرش قطع‌نامه هم صحبت کرد: «خرمشهر را گرفتیم و دنیا فهمید که ما رو به پیشرفت هستیم، ما می‌بینیم که زمزمه‌های توقف جنگ به طور جدی آن موقع شروع می‌شود، نه اینکه تاریخ دنیا است که وقتی که یک انقلابی مورد تعرض قرار می‌گیرد و وقتی که انقلاب موفق می‌شود از خودش دفاع بکند اظهار خوشحالی بکند... رفته‌رفته که عراق احساس عجز کامل کرد و ما را در تعقیب هدفمان مصمم دید، شروع کرد به کارهای ناشایست از لحاظ مقررات بین‌المللی که هر یک از آنها کافی است که دنیا در مقابل او موضع بگیرد... از اول ما یک مطلب را مطرح کردیم، امروز هم آن مطلب را می‌گوییم، ما گفتیم، در تعقیب دشمن متجاوز ما عدالت را می‌خواهیم، نه خاک عراق را می‌خواهیم، بلکه حاضریم برای خاک عراق سرمایه‌گذاری بکنیم. ما می‌دانستیم در صورتی که حتی عراق را فتح نظامی بکنیم تازه اول مشکلات ایران است که باید فکری برای عراق بکند و مشکلات داخلی عراق را حل بکند و در کشور جنگ‌زده از ایران توقع دارند، ما برایمان روشن بود، اما یک چیز ما می‌خواستیم و آن تأمین عدالت بود، متجاوزی که همه اصول را زیر پا گذاشته کیفر ببیند و امروز هم همین را می‌گوییم، امروز که قطع‌نامه را پذیرفته‌ایم به این امید پذیرفته‌ایم که به ما گفته‌اند که ما در تعیین کمیته شناخت متجاوز جدی هستیم و خدا نکند که اتفاقی بیفتد و ما احساس کنیم که اینها به ما دروغ می‌گفته‌اند، اگر چنین احساسی در ملت ما به وجود بیاید ممکن است عواقب ناخوشایندی باز برای منطقه داشته باشد».
نیمه ١٣٧٦او بعدها که سؤالات در این مورد زیاد می‌شود، در نیمه سال ١٣٧٦ گفت‌وگویی با گروه تلویزیونی سپاه انجام داد که درباره ادامه جنگ و چگونگی ادامه آن پس از فتح خرمشهر صحبت کرد: «من آن موقع مجلس بودم و سخنگوی شورای عالی دفاع هم بودم. در این دوره مراجعاتی که به من می‌شد بسیار فراوان بود، از نقاط مختلف دنیا و آن موقع هدفشان این بود که ایران را متوقف کنند. اینجا یک اتفاقی افتاد که مهم است. چیزی است که زیاد گفته نشده است، احتمالا هم گفته شده. ما بعد از فتح خرمشهر با دستور امام مواجه شدیم که ایشان فرمودند: نیروهای ما نباید وارد خاک عراق بشوند. فرماندهان نظامی که از دید نظامی امور را نگاه می‌کردند، این بینش امام برای آنها خیلی غیرمترقبه بود. بعد از این دوره طولانی مشکلات جنگ، با پیروزی در خرمشهر و تعقیب دشمن، طبیعت نظامی این بود که ما دشمن را در خاک خودش تعقیب کنیم و آنجا سرپل را محکم بگیریم». او از دلایل امام خمینی (ره) برای آن بینش صحبت کرده بود: «امام از بُعد انسانی، انقلابی استدلالی داشتند که ما اگر وارد خاک عراق شویم ملت عراق را از دست خواهیم داد.
چون در جنگ مردم آسیب می‌بینند، به‌خصوص منطقه بصره که شیعه‌نشین بودند. ایشان می‌گفتند: که ملت عراق با ما هستند و الان داریم با مردمی که با ما هستند و مظلوم هستند جنگ می‌کنیم. صدام همان‌طور که با ما بد کرده با آنها هم بد می‌کند. استدلال فرماندهان هم این بود که اگر دشمن را تعقیب نکنیم، خاطرش جمع می‌شود که ما وارد خاکش نمی‌شویم و راحت آنجا نیروهای خود را آماده می‌کند و دوباره حمله می‌کند. چون در جبهه‌های دیگر او در خاک بود. ما فقط از خرمشهر دشمن را بیرون کرده بودیم. ولی هنوز شلمچه دست عراقی‌ها بود. بالاخره امام در آن جلسه اجازه دادند که ما به طور محدود وارد خاک عراق شویم. به‌خصوص نقاطی که جمعیت نباشد. جاهایش هم مشخص شد». فرمانده این روایت را چندین بار و در چندین مصاحبه دیگر هم گفته بود.
از اسرار نظامی بوداما مرحوم آیت‌الله هاشمی‌رفسنجانی در مصاحبه‌ای که در آخرین روز از مرداد ١٣٧٩ انجام داد، مسئله ادامه جنگ پس از خرمشهر را بیشتر باز کرد: «بعد از فتح خرمشهر، فشار خیلی زیاد شد... به مدیریت جنگ اعتراض شد. البته من آن موقع مدیر جنگ نبودم. نظامی‌ها جنگ را اداره می‌کردند... نمایندگان مجلس و رزمندگان جنگ هم ناراحت بودند که چرا وارد خاک عراق نمی‌شوید؟ حتی بعضی از شخصیت‌های بزرگ که الان گهگاهی حرف‌های دیگری می‌زنند، تلفن می‌کردند و عجله داشتند. فکر می‌کردند فاصله دو عملیات معقول نیست. می‌گفتند باید پشت‌سرهم حمله کنیم. خیلی‌ها نمی‌دانستند که نقش نیروهای مردمی و بسیج در شروع، تداوم و پایان عملیات زیاد است و آنها بعد از هر عملیات می‌روند و ما باید تجدید قوا کنیم و افراد جدید را آموزش دهیم. این علّت، آن روزها از اسرار نظامی بود و نمی‌توانستیم اعلام کنیم. ولی واقعیت این بود که ما هر بار گردان‌های جدیدی از لحاظ آموزش و امکانات نظامی آماده و بعد از اعلام آمادگی آنها، عملیاتی را شروع می‌کردیم».
به‌هرحال فضای جامعه این‌گونه بود. برای ما نظر امام (ره) مهم بود. حق قانونی فرماندهی جنگ هم با امام (ره) بود. اگر می‌خواستیم میانجی، آتش‌بس، صلح، تداوم جنگ، شروع عملیات و مسائل دیگر را بپذیریم، می‌بایست نظر امام (ره) را می‌دانستیم و به همان عمل می‌کردیم. نظر امام (ره) در آن مقطع بر ادامه جنگ قاطع بود. حتی اجازه نمی‌دادند که این بحث‌ها خدمت ایشان مطرح شود. می‌گفتند: باید تا کیفر متجاوز پیش برویم. اینکه کیفر متجاوز چگونه باشد را به آینده تاریخ محول می‌کردیم. فضای جامعه هم با نظر امام (ره) یکی بود. رزمندگان هم به‌هیچ‌وجه حاضر نبودند صحبت از آتش‌بس شود. اصلا این کار را خیانت می‌دانستند. البته میانجی‌ها می‌آمدند... اما همین مقدار که می‌آمدند، سروصدای بعضی‌ها در داخل بلند می‌شد که اینها برای چه می‌آیند. به هر حال آن فضا، فضایی نبود که کسی طرفدار مذاکره، آتش‌بس و حتی صلح باشد. البته این اندیشه، استدلالات محکمی داشت».
اما او در همان مصاحبه به ادامه جنگ اشاره می‌کند و دلیل می‌آورد: «بعد از فتح خرمشهر (خرداد ١٣٦١) تا عملیات خیبر (اسفند ١٣٦٢) که دوره ضعف عراق بود، هیچ وقت به ما پیشنهاد آتش‌بس یا دادن امتیاز نشد. عراق حداکثر می‌گفت: در دو هفته از جاهایی که دارم عقب‌نشینی می‌کنم. می‌گفت: اول آتش‌بس کنیم و بعد من عقب‌نشینی کنم. ما به میانجی‌ها می‌گفتیم: وقتی دشمن در خاک ماست، آتش‌بس معنا ندارد. دو هفته صبر می‌کنیم و عملیات نمی‌کنیم تا عراق از خاک ما بیرون رود. وقتی بیرون رفت، صحبت آتش‌بس معنی دارد. اما عراق حاضر نبود از نقاطی مثل ارتفاعات که فکر می‌کرد آسیب‌پذیر نیست، عقب‌نشینی کند».
پیشنهادی برای آتش‌بس نبوداو سال ١٣٨٥ هم در گفت‌وگویی تلفنی با خبر سراسری رادیو، در پاسخ به سؤالی مبنی بر اینکه «چطور شد بعد از فتح خرمشهر با وجود پیشنهاد آتش‌بس جنگ ادامه پیدا کرد؟ آیا حقیقت دارد که عربستان پذیرفته بود خسارات ایران را بپردازد؟»، گفت: «این پیشنهاد از اساس شایعه بود. آن روزها چنین مطالبی را برای اهدافی که خودشان داشتند، پخش می‌کردند. البته عراقی‌ها آن‌موقع بحث آتش‌بس را مطرح می‌کردند و حامیان عراق هم این بحث را داشتند. در ایران هیچ‌کس آمادگی پذیرفتن آتش‌بس را نداشت. همان موقع اولین جلسه شورای عالی دفاع در خدمت امام تشکیل شد تا درباره ادامه جنگ تعیین تکلیف شود. در آن جلسه طبق معمول اول بحث شد که چگونه و تا کجا باید ادامه دهیم یا ادامه ندهیم که امام فرمودند: «کسی صحبت از آتش‌بس و توقف جنگ نکند. جنگ باید تا رسیدن به اهدافی که اعلام کردیم، ادامه پیدا کند». وقتی صحبت از نقطه آغاز عملیات بعدی شد، نظر این بود که وارد خاک عراق شویم. امام مخالفت فرمودند و گفتند: نباید وارد خاک عراق شد...». او همواره همین دلایل را برای ادامه جنگ پس از خرمشهر بیان می‌کرد؛ دلایلی که هنوز هم از نظر بسیاری از نظامیان منطقی است.
نامه پایان جنگاما مرحوم «هاشمی‌رفسنجانی» درباره یکی از مناقشه‌برانگیز‌ترین مسائل جنگ یعنی چگونگی پذیرش قطع‌نامه ٥٩٨ از سوی ایران، صحبت‌ها و البته مدارکی رو کرد.
او در همان مصاحبه با رادیو سراسری در سال ١٣٨٥، درباره پذیرش قطع‌نامه هم صحبت کرد: «قطع‌نامه مدت‌ها پیش از آنکه ما بپذیریم، از طرف شورای امنیت صادر شده بود که عراق هم پذیرفته بود. ما نمی‌پذیرفتیم و به دستور امام آن حرف همیشگی را می‌زدیم که هم تنبیه متجاوز در قطع‌نامه گنجانده شود و هم تکلیف خسارات جنگ روشن شود. این دو مورد را عراقی‌ها نمی‌پذیرفتند. مدتی طول کشید. در این مدت مسائل زیاد و عوامل فراوانی بود که ما را کم‌کم قانع کرد که اگر قطع‌نامه اهداف ما را تأمین کند، بپذیریم. عواملی را که آن موقع بود، فقط می‌شمارم:
١- جنگ واقعا طولانی شده بود. یعنی در اواخر فرسایشی شده بود. در حالت فرسایشی به ما آسیب زیادی می‌رسید، چون عراقی‌ها ملاحظه‌ای نداشتند و همه مقررات جنگ را نقض می‌کردند. شهرها را می‌زدند. به غیرنظامی‌ها آسیب می‌رساندند.
٢- تلفات غیرنظامی‌ها خیلی زیاد شده بود. به‌ویژه با سلاح شیمیایی که نمونه‌اش را در حلبچه دیدید. مردم مثل برگ خزان روی زمین افتاده بودند. سلاح شیمیایی یک لحظه هم مهلت نمی‌داد. به محض تنفس، انسان را می‌کشت. خودم روز بعد از عملیات وارد شهر حلبچه شدم و دیدم که مردم چگونه روی زمین ریخته و کشته شده بودند! واقعا فاجعه بود.
٣- ما در مقابل آن‌گونه شرارت‌ها محدودیت داشتیم. نه می‌توانستیم و نه می‌خواستیم سلاح شیمیایی بزنیم. نمی‌خواستیم مردم عراق آسیب ببینند. نمی‌خواستیم شهرها را بزنیم. با بمب نمی‌جنگیدیم. فقط در میدان می‌جنگیدیم. آنها نقطه ضعف ما را پیدا کرده بودند و کاری می‌کردند که ما نتوانیم مقابله به مثل کنیم.
٤- آمریکایی‌ها علنا به نفع عراق وارد میدان شده بودند. در دریا سکوهای نفتی، کشتی‌ها و هواپیمای ایرباس ما را زدند که یک فاجعه بود.
٥- همسایگان ما که به مزاحمت افتاده بودند، دائما برای ما محدودیت ایجاد می‌کردند و از طریق آنها دردسر درست می‌شد.
٦- بودجه دولت واقعا کشش جنگ را نداشت و رسما به امام نامه نوشته شد که توانایی تأمین احتیاجات جنگ را در این سطح نداریم.
٧- درخواست بودجه از طرف نیروهای رزمنده زیاد شد و حقشان هم همین بود. می‌گفتند: اگر می‌خواهید با این وضع جنگ را اداره کنیم، نمی‌توانیم بجنگیم. باید خیلی چیزها داشته باشیم. فرمانده سپاه نامه‌ای به امام نوشت و نیازهای ضروری جنگ را توضیح داد که فهرست بزرگی است. شاید شما این نامه را داشته باشید. اگر ندارید، در دفتر امام هست. می‌توانید بگیرید. این فهرست آن‌چنان بزرگ بود که امام فرمودند: «یک ابرقدرت هم نمی‌تواند، این لیست را تأمین کند». بعدا امام در نامه‌ای که برای جلسه توجیهی مسئولان عالی‌رتبه و علمای کشور نوشته بودند، به نامه فرماندهی سپاه استناد کردند و گفتند: تأمین این نیازها از قدرت کشور خارج است و نمی‌توانیم تهیه کنیم».
٨- تلفات انسانی مهم‌ترین عامل بود. تلفات انسانی برای ما که مسلمان و دارای روحیه اسلامی و انسانی بودیم، قابل تحمل نبود.
خوشبختانه در این موقع شورای امنیت هم تا حدودی خواسته‌های ما را پذیرفت و قبول کرد که عراق را متجاوز اعلام کند و برای تعیین خسارات هم اقدام کند که کرد و خسارات تعیین شد. به نظرم مجموعه این مواردی که عرض کردم، عواملی بود که در نهایت امام پذیرفتند که قطع‌نامه و آتش‌بس را بپذیریم».
ادعای دروغ کردنداو در این گفت‌وگو، شفاف درباره شرایط ایران در پایان جنگ صحبت کرد؛ اما برخی گفته‌های او به‌ویژه درباره نامه به امام را به چالش کشیدند. این موضوع تبدیل به یک مناقشه شد؛ می‌گفتند که نامه فرمانده وقت سپاه، خطاب به امام نبوده و هاشمی نامه محرمانه را منتشر کرده؛ ولی او بعدها در‌این‌باره باز هم توضیحاتی داد. هاشمی‌رفسنجانی سال ١٣٩٠ در یک گفت‌وگو به این مسائل واکنش نشان داد و آنها را دروغ خواند: «برای امام و ما سران قوا کاملا روشن بود که قدرت‌های جهانی اجازه نمی‌دهند ما پیروز شویم. تا مدت‌ها با تلفیق ایثار نیروها و نقشه‌های عملیاتی، کارهایی می‌کردیم و ضرباتی می‌زدیم؛ ولی اواخر به این نکته رسیدیم که آنها همه امکانات خود را برای جلوگیری از پیروزی ما در اختیار عراق قرار می‌دهند».
او ادامه داد: «درعین‌حال اگر سپاه مثل گذشته می‌جنگید و اختلافات داخلی‌شان بروز نمی‌کرد و مشکل امکانات نداشتند، شاید امام با آتش‌بس موافقت نمی‌کردند. آقای رضایی می‌توانست در همان نامه حرف‌های کلی بنویسد. اینکه جزئیات نیازها را با ذکر ارقام بنویسد، برای امام مهم بود. امام در همان نامه که برای بیان بعضی از علل قبول آتش‌بس است، نقل به مضمون می‌گویند که این مقدار هواپیما، تانک و موشک را از کجا بخریم؟ آمریکا را چگونه از خلیج‌فارس بیرون کنیم؟ شرط آقای رضایی این بود که آمریکا در خلیج‌فارس نباشد». فرمانده ادامه داد: «وقتی دیدند با این نامه امام، ادعاهای آنها درباره علل پایان جنگ برای مردم برملا شد، از راه دیگر وارد شدند که آقای هاشمی یک نامه محرمانه را منتشر کرد که یک دروغ بزرگ است. این نامه از مدت‌ها قبل با دست‌خط امام در خاطرات آیت‌الله منتظری چاپ شده بود که همه مردم فهمیده بودند. من وقتی دیدم اینها دارند تاریخ جنگ را به همین زودی وارونه و منحرف می‌کنند، با یادآوری آن نامه به همه گفتم که بهتر است در مسئله‌ای به این مهمی با سند حرف بزنیم و بهترین سند هم همان نامه بود که در متن خود چندین سند انکار‌ناپذیر داشت. جالب است که بدانید در همان زمان کپی همین نامه به وسیله حاج‌احمدآقا به دست من رسید و گفت: امام می‌گویند این نامه را داشته باشم تا در مقطعی که نیاز شد، منتشر کنم. من هم دیدم بهترین زمان انتشار از سوی من همان زمان است که جوانان واقعیت‌های مقطع پایان جنگ را بدانند».
حالا امروز فرمانده با کوهی از نگفته‌ها راهی خانه ابدی می‌شود؛ البته هاشمی همیشه گفته بود که خاطراتش را هر روز یادداشت می‌کند؛ اما از ١٩ دی ١٣٩٥ دیگر دست‌نوشته‌ای از تاریخ جمهوری اسلامی با نگاه هاشمی‌رفسنجانی نوشته نخواهد شد.