یادگار امام گفت: تکفیر مذهب خاصی نمی‌شناسد چه در میان اهل سنت و چه در میان شیعیان محکوم است. برادر کشی شیعه و سنی ندارد.
سیدحسن خمینی در مراسم اختتامیه همایش بین‌المللی «امام خمینی(ره) و امت اسلامی» اظهار کرد: فرصت گرانقدر و مغتنمی است که خدمت برادران و خواهران و میهمانان خارجی از مذاهب مختلف که در سالگرد امام در تهران حاضر شدند تشکر کنم. همچنین از برگزار کنندگان و از حجت‌الاسلام نواب که به حق از ادامه دهندگان وحدت اسلامی هستند - که هم هزینه پرداخت کرده‌اند و هم استقامت ورزیده‌اند - تشکر می‌کنم. همچنین از هیات رئیسه اختتامیه و از ستاد بزرگداشت امام تقدیرو تشکر می‌کنم.
وی در عین حال به دلیل دیرحاضر شدن در این همایش ابراز ناخرسندی کرد و افزود:ای کاش هماهنگی بیشتری می‌شد تا بیشتر در خدمت دوستان بودم تا مشکلات و دغدغه‌های جهان اسلام را بیشتر با یکدیگر مرور کنیم. بنده از این مساله بسیار ناخرسند هستم.
وی با تاکید بر این‌که «امروز جهان اسلام درگیر فاجعه بسیار سنگینی است» گفت: جنگ‌های داخلی و برادر کشی‌ها را مشاهده می‌کنیم که مبارزه با همه و همه آن‌ها یک همت عالی می‌طلبد، باید دست در دست یکدیگر، بخصوص علمای اسلام باید نسبت به قتل و هتک مسلمانان حساسیت نشان دهند.
وی هشدار داد: تکفیر، مذهب خاصی نمی‌شناسد چه در میان اهل سنت و چه در میان شیعیان محکوم است. برادر کشی شیعه و سنی ندارد. هر کسی که به جای سخن و روی آوردن به روش‌های مرزی خداوند و پیامر(ص) و دستورات اهل بیت(ع) و عالمان دین به روش دیگری روی آورد آب به آسیاب دشمنان مشترک مسلمانان می‌ریزد.
یادگار بنیانگذار جمهویر اسلامی ایران ادامه داد: مرور کنیم در این چند سال چه مقدار از اسراییل و فجایع آن سخن گفته شده و چه مقدار نسبت به آن حساسیت داشتیم؟ متاسفانه دغدغه‌ها و مشکلات و دشمنان داخلی و خارجی ما را به یکدیگر گرفتار کرده است. علمای جهان اسلام باید از این حساسیت و توجه ویژه به حوادث، استفاده کنند.
وی ادامه داد: در جمع میهمانان خارجی، بزرگان و مفتی‌های عظیم‌الشان این دغدغه را مطرح می‌کنم که جهان اسلام متاسفانه روزگار خوشی را سپری نمی‌کند. چشمان اشکبار پیامبر(ص) و اهل بیت پیامبر (ع) و صحابه بزرگوار پیامبر (ص) را می‌شود از پس این حوادث دید. وضع اسفبار جهان اسلام مورد رضای خداوند نیست.
وی خطاب به علمای جهان اسلام تاکید کرد:همت کنید در زبان و گفتارتان با توجه به راه پیامبر(ص)، راه الهی و دغدغه‌های مشترک‌مان در یک سطح حرکت کنیم.
سید حسن خمینی در پایان خاطر نشان کرد: حضورم در این جلسه قبل از هر چیزی عرض ادب به میهمانان جهان اسلام بوده است.