مقاومت نسخه جدید و ارزانتر آیفون (آیفون SE) در برابر آب، همچون آیفون 6S است و چند سانتی‌متر آب را به مدت یک ساعت تاب می‌آورد.
وب‌سایت تک‌تایمز اعلام کرده که در یک آزمایش که توسط یکی از کاربران یوتیوب به اسم زک استرلی انجام شد، سه آیفون 5S ،SE و 6S در سه سطل آب قرار داده شدند و از بین آنها، دو آیفون SE و 6S توانستند سالم خارج شوند.
با گذشت حدودا پنج دقیقه در این آزمایش، آیفون 5S از کار افتاد. اما آیفون SE و 6S تا حدود یک ساعت در برابر آب مقاومت کردند و در این هنگام زک استرلی پایان آزمایش خود را اعلام کرد.
در نهایت هر دو گوشی آیفون SE و 6S سربلند از این آزمایش بیرون آمدند. اگرچه آیفون 6S هشدارهایی را درباره درگاهی شارژ خود می‌داد، اما هنگامی که از آب خارج شد و روی یک حوله خشک قرار گرفت، به حالت عادی خود برگشت و وضعیت درگاهی شارژ آن نیز خوب به نظر می‌رسید.
بنابراین آیفون SE و 6S هر دو ثابت کردند که می‌توانند فرو رفتن در چند سانتی‌متر آب را تاب بیاورند، اگرچه هیچ یک از آنها مانند گوشی سامسونگ گلکسی S7، گواهی IP مقاومت در برابر آب را ندارند. بنابراین با وجود اینکه ممکن است این آیفون ها در برابر آب مقاومت کنند، اما شرکت اپل مدعی است هیچ مسئولیتی در قبال گوشی‌هایی که به هر دلیلی چه برای 59 دقیقه و چه برای 59 ثانیه در آب غوطه‌ور شوند ندارد.
همچنین این نکته را باید در نظر داشت آیفون‌هایی که در آزمایش استرلی بودند، تنها چند سانتی‌متری در آب فرو رفته بودند و اگر این چند سانتی‌متر به متر تبدیل شود، باعث افزایش فشار شده و مقاومت در برابر آب را کاهش می‌دهد.
شرکت اپل در ماه مارس برای افزایش مشتریان خود از آیفون کوچکتر و ارزانتر SE رونمایی کرد.