«موسوی خط قرمز دارد، کم سخن می‌گوید، «مرد عمل» است، به کارشناسی علمی بها می‌دهد، اهل استقامت بر تصمیمات کارشناسی شده است، از اختیارات قانونی عقب‌نشینی نمی‌کند و وعده‌هایی که داده است در چارچوب همین قانون اساسی مقدور است».
محسن کدیور در پیامی به پویشگران «موج سوم»، ضمن تاکید بر اهمیت حمایت اکثر احزاب و شخصیت‌های اصلاح‌طلب کشور از میرحسین موسوی، حمایت خود را از نامزدی موسوی اعلام کرد.
کدیور با تاکید بر این که «موسوی، نامزد مدرسه روشنفکری اسلامی در شرائط مضیّق دوران محنت است»، نوشته است: در انتخابات ریاست جمهوری بنای سخن گفتن نداشتم، هر بار که از ستاد دو کاندیدای اصلاح‌طلبان دوستی تماس می‌گرفت، اظهار نظر را به آینده موکول می‌کردم، چراکه در مواضع زیر از فرط وضوح نیازی به اظهارنظر نبود: اولا در ضرورت رأی دادن و مشارکت فعال در مقدرات سیاسی جامعه، ثانیا در سوء تدبیر آقای دکتر محمود احمدی‌نژاد و تصمیمات کارشناسی‌نشده و موضع‌گیری‌های نسنجیده و مدیریت غیرعلمی و بی‌اعتنایی به مصالح ملی و تخریب زیرساخت‌های اقتصاد کشور و ارائه تصویری بد از ایران توسط وی و همکارانش، ثالثا برخورداری دو کاندیدای مورد تأیید اصلاح‌طلبان از حداقل صلاحیت‌های لازم برای ریاست جمهوری و تغییر نسبی وضع تاسف‌بار موجود، رابعا ترجیح حضور اصلاح‌طلبان با یک کاندیدا حداقل در هفته آخر و اجماع بر کاندیدای واحد. از سوی دیگر علاوه بر اینکه هر دو کاندیدای اصلاح‌طلبان یعنی آقایان شیخ مهدی کروبی و مهندس میرحسین موسوی را به خیر و توانایی نسبی برای ریاست جمهوری می‌شناسم، بسیاری از ارکان ستاد هر دو نفر نیز از نزدیک می‌شناسم و آنان را نیز به دلسوزی و تدبیر و آزادگی مزین می‌دانم، مواضع اعلام‌شده هر دو کاندیدا در قالب سخنرانی و مصاحبه و بیانیه حاوی نکات مهمی در ارتقای فرهنگ دموکراتیک و مطالبات ملی در حد مقدور بوده است. هر دو نفر از فضائل و مزایای نسبی برخوردارند و البته کارنامه هر دو نیز از نکات ضعف و کاستی خالی نیست، اما واقع‌بینانه و در شرایط موجود می‌توان به هر دو به عنوان کف مطالبات اصلاح‌طلبی نمایندگی داد. تفاوت‌های آنها را در حدی نمی‌یافتم که نیاز به موضع‌گیری علنی باشد. بر این باور بودم و هستم که هر یک از آنها که رأی بیاورد، برای تغییر وضعی که دولت فعلی باعث شده است، مناسب است. البته واضح است که رفع همه اشکالات موجود نیز با تغییر قوه مجریه حاصل نمی‌شود و برخی مشکلات دیگر را نیز نباید از نظر دور داشت. لذا ضرورتی در اظهار نظر نمی‌دیدم.
کدیور دو عامل را را برای اعلام نظر برشمرده و با اعتراض به توقیف دوباره ی «روزنامه یاس نو» یک روز پس از انتشار، به توقیف مطبوعات در سالهای اخیر اشاره کرده و نوشته است: اسلامی که من می‌شناسم انتقاد و نصیحت را نه‌تنها حق مسلّم بلکه وظیفه و تکلیف شرعی می‌شمارد. با توقیف روزنامه و فشارهای پیدا و پنهان بر منتقدان و مخالفان قانونی چگونه می‌توان به وظیفه شرعی امر به معروف و نهی از منکر عمل کرد؟ هراس از انتشار آزادانه اطلاعات و نقد قدرت نشانه عدم حقانیت است. این کدام جریان است که هنوز جان‌سختی می‌کند و مسالمت‌آمیز اعتراض می‌کند و بر اجرای قانون و برخورداری از حقوق و آزادی‌های مشروع پافشاری می‌کند؟ اگر این جریان، ضعیف بود یا مرده بود، نیازی به توقیف روزنامه‌اش نبود، روزنامه بی‌خواننده که توقیف کردن ندارد. این اندیشه نفوذ دارد. این روش طرفدار دارد. این منطق بُرش دارد. راستی روزنامه توقیف‌شده «یاس نو» قرار بود مدافع کدام کاندیدا باشد؟
وی عامل دوم را «عدم رعایت انصاف از سوی برخی دوستان محترم در اظهارنظرهای تبلیغات انتخاباتی نسبت به کاندیدای رقیب اصلاح‌طلبشان» خوانده و نوشته است: در شرایط نابرابری که بر اصلاح‌طلبان تحمیل شده است، به دور از مروت است که به جای ذکر فضایل نامزد انتخاباتی مورد نظر، به قدح و بیان کاستی‌های رقیب اصلاح‌طلب بپردازیم، کاستی‌هایی که در کاندیدای مورد نظر نیز مصداق دارد. در این عرصه از دوستان جوان کم‌تجربه انتظاری نیست، اما دوستان مجرب و دانشمندان فرهیخته را چه می‌شود که برخلاف انتظار این چنین پرخاشگرانه می‌تازند؟ حکمت و عرفان، تواضع می‌آورد و پرهیز از جدل (آن هم غیر حَسَن) رویه عالمان متخلّق و سالکان واصل بوده است. بگذاریم و بگذریم.
کدیور با اشاره به پیگیری‌های کروبی در زمان زندانی بودن خود، با بیان اینکه «من اطمینان دارم اگر شیخ مهدی کروبی رئیس جمهور شود، حقوق شهروندی ترقی می‌کند و آزادی‌های قانونی ارتقا پیدا می‌کند»، نوشته است: خوشبختانه برخی شخصیت‌های محترم سیاسی و فرهنگی از ریاست جمهوری جناب آقای کروبی حمایت کرده‌اند. تردیدی نیست که اگر این انتخاب مبارک به پشتیبانی رأی اکثریت شهروندان ایرانی مستظهر شود، خدا را باید سپاس گفت و انتظار داشت که آنچه از سرمایه ملی که در این چند سال با بی‌تدبیری بر باد رفته است اعاده شود و ایرانیان شاهد مدیریتی مجرب و خردمند باشند. من به این انتخاب احترام می‌گذارم و برای این دسته از عزیزان آرزوی موفقیت می‌کنم.
کدیور ادامه می دهد: دموکراسی با تحزب پیوندی وثیق دارد. جامعه زمانی به دموکراسی نزدیک‌تر می‌شود که از مستوای میل اشخاص به تصمیم‌سازی نهاد احزاب ارتقا یافته باشد. اتکای ریاست جمهوری یا مجلس شورا به احزاب اتکایی مبارک و نشان از رشد سیاسی دارد. اینکه اکثر قریب به اتفاق احزاب و گروه‌های اصلاح‌طلب بر کاندیدای واحدی اتفاق کرده‌اند و در انتخاب خود علاوه بر واجد بودن حداقل‌های لازم به عامل مهم «امکان برخورداری از رأی بالای مردم» نیز توجه کرده‌اند، نشان از رشد «خرد جمعی» در ایران معاصر دارد. این تجربه آسان به دست نیامده است. انتخابات دوره قبل ریاست جمهوری تجربه‌ای گران در این حوزه بوده است. «رأی‌آوری» یک کاندیدای واجد حداقل شرایط، نگاهی واقع‌بینانه به وضعیت موجود سیاسی ایران است. فقیهان، فیلسوفان و عارفان، سیاستمداران موفقی نیستند، چراکه تخصصشان از جنسی دیگر است. عالِم متخصص در احکام فقهی و قواعد فلسفی و سلوک عرفانی در سیاست که تصمیم‌سازی مشخص جزئی در اینجا و اکنون است، غالبا مبتدی است. سیاست دموکراتیک جای خرد جمعی و کارشناسی‌های حزبی است. به تصمیم اکثریت اصلاح‌طلبان احترام می‌گذارم. آنها مهندس میرحسین موسوی را برگزیده‌اند. چند صباحی که در گروه فلسفه دانشگاه تربیت مدرس بودم از مهندس موسوی عضو هیأت علمی گروه علوم سیاسی همان دانشگاه از همکاران مشترک فراوان به خیر و آزادگی شنیده‌ام. مهندسی هنرمند با سابقه‌ای موفق در بالاترین پست اجرائی در دهه دشوار شصت. سخنان، مصاحبه‌ها و بیانیه‌های او امیدوارکننده است. من استقلال رأی او را در زمان نخست‌وزیری‌اش به خاطر دارم. موسوی خط قرمز دارد، کم سخن می‌گوید، «مرد عمل» است، به کارشناسی علمی بها می‌دهد، اهل استقامت بر تصمیمات کارشناسی شده است، از اختیارات قانونی عقب‌نشینی نمی‌کند و وعده‌هایی که داده است در چارچوب همین قانون اساسی مقدور است.
کدیور با بیان اینکه «میرحسین موسوی به ارزش‌های صدر انقلاب از صمیم قلب اعتقاد دارد و می‌خواهد در حد مقدور برای تحقق آنها کوشش کند، این‌ها همان ضوابطی است که به اصلاحات معنی می‌دهد»، نوشته است: از اظهارات موسوی بوی ارزش‌های آغاز انقلاب اسلامی به مشام می‌رسد: عدالت، آزادی، استقلال و اسلام بی‌ریا. این ارزش‌ها هنوز هم عزیزند و خواستنی. با عدالت فقر و تبعیض رخت بر می‌بندد، با آزادی استبداد و خفقان به دَرَک می‌رود، با استقلال وابستگی و ذلت نوکری اجانب منتفی می‌شود، و با اسلام بی‌ریا ارزش‌های مورد قبول اکثر مردم پشتوانه تصمیم‌سازی‌های کلان و قانون‌سازی‌های خُرد قرار می‌گیرد. انقلاب اسلامی یکی از بزرگترین وقایع قرن بیستم بوده است. به دلایل مختلف این انقلاب مردمی به همه اهداف متعالی خود نرسیده است. انقلاب 1357 بارقه امیدی در دل شیعیان، مسلمانان و همه توده‌های تحت ستم و انسان‌های منصف بود.
کدیور می افزاید: من نام میرحسین موسوی را در بحبوحه انقلاب شنیدم و قبل از آن با آراء روشنفکرانه زهرا رهنورد به‌ویژه در مساله پوشش زن مسلمان آشنا شدم. رهنورد و موسوی از دانش‌آموختگان مدرسه «روشنفکری اسلامی»اند. مدرسه‌ای که اساتید آن شریعتی و مطهری و طالقانی و بازرگان و بهشتی بوده‌اند. موسوی هنوز به آموزه‌های استوانه‌های این مدرسه باور دارد. اینکه رئیس جمهورِ اهل عمل پیرو مدرسه روشنفکری اسلامی باشد، نه‌تنها عیب نیست، که حُسن است. او جهت‌ها و سویه‌های تصمیمات خود را از این مدرسه می‌گیرد و با اتکا به بدنه کارشناسی قویِ علمی و پشتوانه خِرَد جمعی کشور را اراده می‌کند. به فرزندان عزیزم، پویشگران «موج سوم»، درود می‌فرستم و به همه آنها اکیدا توصیه می‌کنم رعایت اخلاق و انصاف از الزامات مدرسه روشنفکری اسلامی است، اگرچه به مهندس میرحسین موسوی رأی می‌دهیم، اما پیروزی شیخ مهدی کروبی را نیز پیروزی اصلاح‌طلبی می‌دانیم. متأسفم که در میان شما نیستم، اما دلم برای ایرانی آباد، آزاد و مقتدر می‌تپد، ایرانی که تجسم خردمندی و تدبیر و ارزش‌های اسلامی باشد.