آیت الله هاشمی رفسنجانی درهنگام معرفی اعضای کابینه اول خود به مجلس شورای اسلامی ضمن معرفی دکتر معین به عنوان وزیر پیشنهادی علوم، نظر خود را درباره دکتر فرهادی اعلام کرد.
به گزارش پایگاه اطلاع رسانی آیت الله هاشمی رفسنجانی، در گزیده سخنان ایشان در سال 1368 آمده است: انتخاب آقای دکتر معین به‌عنوان وزیر فرهنگ و آموزش عالی، به‌این دلیل نبود که ما از آقای دکتر فرهادی ناراضی بودیم.من از اول آقای دکتر فرهادی را یک وزیر موفق می‌دانستم. ایشان همیشه کار می‌کردند و من هم به‌ایشان علاقمند هستم و بعداً هم از ایشان استفاده خواهم کرد اما دو سه نکته بوده است که ما به‌آقای دکتر معین رسیدیم. یکی نیازی است که ما الان به‌جذب چهره‌های علمی در دانشگاه‌ها داریم. در این مرحله، ما فکر می‌کنیم آقای دکتر معین بتواند در این قسمت موفق‌تر باشند. من فکر می‌کنم بین آقای دکتر فرهادی و دکتر معین زیاد تفاوتی وجود نداشته باشد. ضمن این که قاعدتاً دوستان آقای دکتر فرهادی با دکتر معین هم کار خواهند کرد.