در حالی که بر اساس توافق صورت گرفته بین دولت و مجلس روز چهارشنبه برای برگزاری جلسه استیضاح وزیر علوم تعیین شده است، بحث بر سر حضور یا عدم حضور حسن روحانی در جلسه استیضاح بالا گرفته است.
استیضاح وزیر علوم در جلسه علنی روز سه شنبه 22 مرداد ماه اعلام وصول شد و با توجه به این‌که بر اساس آیین‌نامه داخلی مجلس از زمان اعلام وصول تا طرح استیضاح در مجلس 10 روز فرصت وجود دارد، برگزاری جلسه استیضاح فرجی دانا در روزهای سه‌شنبه یا چهارشنبه هفته جاری مطرح بود که نهایتا روز چهارشنبه برای طرح استیضاح وزیر علوم در مجلس تعیین شد.
علاوه بر این قرار است حسن روحانی روز چهارشنبه برای انجام هفتمین سفر استانی خود به اردبیل سفر کند و همین امر گمانه‌زنی‌ها در مورد عدم حضور رییس‌جمهور در جلسه استیضاح فرجی دانا را تقویت کرده است.
نگاهی به سیر استیضاح وزرادر ادوار نه گانه مجلس شورای اسلامی نشان می دهد از بین 21 استیضاح صورت گرفته، تنها پنج جلسه استیضاح با حضور روسای جمهور وقت برگزار شده و 17 جلسه استیضاح بدون حضوررییس‌جمهوربرگزارشده است که در نتیجه تنها 6 استیضاح به برکناری وزرا انجامیده است.
بر این اساس از بین روسای دولت‌های گذشته، میرحسین موسوی و سیدمحمد خاتمی هیچ گاه در جلسات استیضاح وزرای کابینه خود شرکت نکرده‌اند و هاشمی رفسنجانی نیز تنها در جلسه استیضاح یکی از وزرای کابینه‌اش حاضر شده است.
در دولت میرحسین موسوی، شهاب گنابادی(وزیرمسکن) وعلی اکبر ناطق نوری(وزیر کشور) از سوی مجلس اول و بهزاد نبوی(وزیر صنایع سنگین) از سوی مجلس سوم استیضاح شدند و هر سه وزیر نیز مجددا از این مجالس رای اعتماد گرفتند.
در دوره ریاست جمهوری هاشمی رفسنجانی نیز ایرج فاضل(وزیر بهداشت) و محمدعلینجفی(وزیرآموزش و پرورش) از سوی مجلس سوم و محمد سعیدی‌کیا(وزیرراه و ترابری) و حسین محلوجی(وزیرمعادنوفلزات) از سوی مجلس چهارم استیضاح شدند اما هاشمی رفسنجانی از بین چهار وزیر استیضاحی خود تنها در جلسه استیضاح حسین محلوجی(وزیر معادن و فلزات) شرکت کرد.
از میان وزرای استیضاحی هاشمی رفسنجانی نیز تنها استیضاح ایرج فاضل منجر به برکناری او شد و سایر وزرا موفق به کسب مجدد رای اعتماد از سوی مجلس شدند.
در دولت سیدمحمد خاتمی نیز عبدالله نوری(وزیرکشور) از سوی مجلس پنجم، عطاءالله مهاجرانی(وزیرارشاد) از سوی مجلس پنجم، علی عبدالعلی‌زاده(وزیرمسکنوشهرسازی) از سوی مجلس ششم، مسعودپزشکیان(وزیربهداشت و درمان) از سوی مجلس ششم، احمدمعتمدی(وزیرپست وتلگراف و تلفن) از سوی مجلس ششم، مرتضی حاجی(وزیرآموزش و پرورش) از سوی مجلس ششم و احمدخرم(وزیرراهوترابری) از سوی مجلس هفتم مورد استیضاح قرار گرفتند که از این میان تنها استیضاح عبدالله نوری و احمد خرم منجر به برکناری شد و 5 وزیر استیضاحی دیگر خاتمی مجددا از مجالس پنجم تا هفتم رای اعتماد گرفتند.
اما محمود احمدی‌نژاد در دوره ریاست جمهوری‌اش به شیوه اسلاف خود عمل نکرد و از بین 7 وزیر استیضاحی خود در جلسه استیضاح چهار وزیر کابینه اش شرکت کرد.
از بین وزرای کابینه احمدی‌نژاد، محمدرضااسکندری(وزیرجهادکشاورزی) ومحمودفرشیدی(وزیرآموزشوپرورش) از سوی مجلس هفتم و علی کردان(وزیرکشور)، حمید بهبهانی(وزیرراه)، مجید نامجو(وزیرنیرو) وشمس‌الدین‌حسینی(وزیراقتصاد)از سوی مجلس هشتم و شیخ‌الاسلامی(وزیرکار، تعاونورفاهاجتماعی) از سوی مجلس نهم استیضاح شدند که جلسه استیضاح اسکندری، فرشیدی، حسینی و شیخ الاسلام با حضور محمود احمدی‌نژاد و جلسه استیضاح کردان، بهبهانی و نامجو بدون حضور وی برگزار شد.
همچنین از میان هفت وزیر استیضاحی احمدی‌نژاد، استیضاح کردان، بهبهانی و شیخ الاسلام منجر به برکناری شد و 4 وزیر دیگر کابینه وی موفق به کسب مجدد رای اعتماد از مجالس وقت شدند.
بر اساس این گزارش در حالی که دولت سید محمد خاتمی و محمود احمدی نژاد هرکدام با هفت وزیر استیضاحی بیشترین تعداد وزرای استیضاحی در دولت‌های بعد از انقلاب را دارند، دولت احمدی‌نژاد بیشترین میزان برکناری وزرا بر اثر استیضاح را دارد؛ اگرچه وی بیش از سایر روسای دولت ها در جلسات استیضاح وزرای کابینه خود شرکت کرده است.
بنابراین؛ عدم حضور روسای جمهور وقت در جلسات استیضاح وزرای کابینه لزوما مساوی با رای مجلس و برکناری این وزرا نبوده است.
در آیین‌نامه داخلی مجلس در فصل مربوط به استیضاح، حضور رییس‌جمهور در جلسه استیضاح و فرصت یک ساعته برای دفاع وی از وزیر مورد استیضاحش پیش‌بینی شده اما قانونگزار امکان حضور رییس‌جمهور را نه یک تکلیف بلکه حقی قانونی برای وی در نظر گرفته است؛ حقی که به جز محمود احمدی‌نژاد، روسای جمهور ادوار گذشته تمایل چندانی برای استفاده از آن نداشته‌اند.
علاوه بر این دفاع، روسای جمهور از وزرای مورد استیضاح محدود به جلسه استیضاح نبوده و همواره پیش از طرح استیضاح در صحن علنی مجلس رایزنی هایی از سوی دولت و شخص رییس جمهور برای توقف استیضاح یا جلب نظر نمایندگان صورت می‌گیرد.
البته از مدتی پیش شایعاتی در مورد عدم حمایت دولت یازدهم از فرجی دانا به گوش می‌رسید که با اعلام حمایت رسمی حسن روحانی از وزیر علوم در جلسه اخیر هیات دولت و همچنین دفاع سایر وزرای کابینه یازدهم از فرجی دانا این فرضیه مردود است.
به گزارش ایسنا، در حالی که قطعا حضور رییس‌جمهور و دفاع او از وزیر علوم به عنوان اولین وزیر استیضاحی کابینه یازدهم می‌تواند در رای اعتماد مجدد مجلس به فرجی دانا موثر باشد، عدم حضور حسن روحانی نیز دلیل متقنی بر برکناری وزیر علوم نخواهد بود.