علی مطهری، با انتشار نامه‌ای خطاب به حجت‌الاسلام حمید روحانی، از اظهارات وی درباره جلسه ملاقات فراکسیون شاهد مجلس با مقام معظم رهبری انتقاد کرد و گفت: «خیرخواه مقام رهبری کسانی هستند که واقعیات جامعه را به اطلاع ایشان می‌رسانند.»
متن این نامه خطاب به رییس بنیاد تاریخ‌پژوهی و دانشنامه انقلاب اسلامی، که علی مطهری آن نوشته بدین شرح است:
«با اهداء سلام، در تاریخ 14 تیر 93 مطلبی از جناب‌عالی در خبرگزاری رسا درباره جلسه ملاقات فراکسیون شاهد مجلس و چند گروه دیگر با رهبر انقلاب در 26 خرداد 93 منتشر شد که شامل تحریفاتی در مطالب مطروحه در آن جلسه بود. چند نکته قابل ذکر است:
1. جناب‌عالی مطرح کردن یک مسئله فرهنگی مرتبط با ساماندهی موتورسواران در آن جلسه را مورد نقد قرار دادید که اصلا چرا مطرح شده است، یعنی در حضور مقام رهبری نباید درباره انضباط اجتماعی و فرهنگ عمومی و حل یک معضل اجتماعی و یک نقطه ضعف جامعه صحبت کرد، بلکه فقط باید از وضع موجود تعریف و تمجید کرد و احیانا به تملق و چاپلوسی پرداخت، کاری که خوشایند ایشان نیست. به علاوه، مسئله انضباط اجتماعی مسئله‌ای است که خود مقام رهبری با ذکر مصداق جزئی‌تر آن یعنی نحوه رانندگی ما ایرانیان در سخنرانی سال گذشته خود در بجنورد آنجا که درباره تمدن نوین اسلامی و سبک زندگی اسلامی بحث می‌کردند ذکر کرده‌اند و مطلب اینجانب در پیگیری همان مسئله بود. ظاهرا ناراحتی جناب‌عالی از مطرح شدن مسئله حصر خانگی بوده و این موضوع را بهانه قرار داده‌اید.
2. از قول رهبر انقلاب نقل کرده‌اید که در پاسخ به این مطلب گفتند «حل مشکل ترافیک موتورسواران چه ارتباطی به من و دفتر دارد». به هیچ وجه ایشان چنین جمله‌ای نگفتند بلکه بر پیگیری آسیب‌های فرهنگی مذکور در سخنرانی بجنورد از جمله همین مسئله تأکید کردند.
اگر تاریخ نگاری شما از نهضت اسلامی به همین منوال بوده و در نقل وقایع و اقوال به همین میزان امانت و انصاف را رعایت کرده‌اید، بسیار مایه تأسف و شرمساری است.
3. درباره نقل قول اینجانب از یکی از مقامات عالی‌رتبه راهنمایی و رانندگی در خصوص مانع سامان یافتن وضعیت موتورسواران، اینجانب را ساده و پیاده، دهن‌بین و زودباور دانسته‌اید که حتی نیازی نمی‌بینم پیرامون آن خبر به مصداق «ان جائکم فاسق بنبأ فتبیّنوا» تحقیق و پرس و جو کنم، یعنی از نظر جناب‌عالی آن مقام عالی‌رتبه فاسق است! چگونه در حالی که لباس روحانیت به تن دارید به راحتی به یک شخص مؤمن فرهیخته محترم تهمت فسق می‌زنید؟!
سخن پایانی این که مشکل جناب‌عالی این است که فکر می‌کنید در مواجهه با رهبر انقلاب فقط باید دل ایشان را شاد کنید و از مطرح کردن واقعیات و نقاط ضعف جامعه برای برطرف کردن آن خودداری نمایید. اصل «النصیحة لائمة المسلمین» را عمدا فراموش کرده‌اید و مؤید این حرف، سخن پایانی جناب عالی در آن جلسه است که برای آنکه اظهار لحیه‌ای کرده باشید جملاتی گفتید که تعفن ناشی از تملق و چاپلوسی شما بسیاری از حضار جلسه را متأذی کرد. خیرخواه مقام رهبری کسانی هستند که واقعیات جامعه را به اطلاع ایشان می‌رسانند نه کسانی که سهوا و به خیال خود برای شاد کردن دل ایشان، یا عمدا و به طمع دنیا مطالب بی‌ارزش و یا غیرواقعی و احیانا تملق‌آمیز را مطرح می‌کنند. نحوه رفتار با امام و پیشوا را باید در نحوه رفتار شهید آیت‌الله مطهری با امام خمینی جستجو کرد که شرح آن در این مقاله نمی‌گنجد.»
از جمله لزوم برخورد جدي و سريع با اختلاس هاي هزاران ميلياردي و رسوا كردن اختلاس كننده ها با اعلام اسم و رسم كامل آنها از طريق رسانه ها و تعيين اشد مجازات براي آنها از هر تير و طايفه اي كه باشند آنهم بدون كوچكترين اغماضي ، لزوم برخورد جدي و با رسوا كردن استفاده كنندگان از رانت هاي مختلف از قبيل 3000 بورسيه غير قانوني به همراه اشخاص توصيه كننده براي دريافت بورسيه هاي غير قانوني و همچنين لزوم محاكمه احمدي نژاد و دولتمردانش و سعيد مرتضوي در كمترين زمان و برخورد با آنها به شديدترين نحو
اينها چيزهايي است كه آقاي مطهري عزيز بايستي مطرح فرمايند
فراروجان دلبندم لطفا بدرج
آقای مطهری این همه سر و صدای بی خود هر چند روز یکبار برای چیست؟!
خیرخواه مقام رهبری کسی است که وقتی ایشان در قضیه ی حصر فرمودند که با اینها با تساهل برخورد شده(و الا حکمشان چیز دیگری بود) ، آدم دهان خودش را ببندد و دوباره حرف بی پایه ی خود را تکرار نکند
پاینده باشید
داری با فرزند شهید مطهری و نماینده مجلس شورای اسلامی صحبت می کنی !
چقدر بی ادب و پرمدعا تشریف دارید شماها !
نمایندگان پایداری مجلس که فقط به فکر استیضاح وزیر علوم (به خاطر افشای فساد گسترده در جذب دانشجوی دکتری) هستند، تا کنون چه اقدامی در محکوم کردن نسل کشی اسرائیل در نوار غزه انجام داده اند؟!!!
باید شاد باشیم همه چیز هم خوب است و مردم ما هم همه شاد هستند
در ضمن فرارو هر اسمی برا خودمون بذاریم شما تایید می کنی؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟