سیدمحمد خاتمی با ارسال پیامی به مراسم سالگرد درگذشت مرحوم حسن حبیبی اظهار کرد که مرگ حبیبی برای همه انسان‌هایی که فضیلت و سربلندی انسان را پاس می‌دارند خسارت بزرگی بود.
در متن پیام رییس‌جمهور اسبق کشورمان آمده است:
«هنوز داغ دکتر حبیبی دل‌مان را می‌سوزاند و همواره خواهد سوزاند. جای دکتر حبیبی در دنیای علم، ایمان و فرهنگ و انسان‌دوستی و فضیلت به سادگی پر نمی‌شود و مرگ او برای همه آنان که فضیلت و سربلندی انسان را پاس می‌دارند خسارتی بزرگ است که تنها لطف ویژه پروردگار می‌تواند آن را جبران کند.
مایل بودم در مراسم بزرگداشت دکتر حبیبی حضور یابم و نسبت به شخصیت وی ادای احترام کنم. متاسفم که به علت قرار و برنامه‌ای که لغو آن میسر نبود ازاین فیض محروم شدم.
ا‌ن‌شاء‌الله در اولین فرصت خدمت می‌رسم و از موزه دیدن می‌کنم. سلام من را به خانم آزاده حبیبی ابلاغ فرمایید.»
در اولین سالگرد درگذشت دکتر حسن حبیبی مجموعه کتابخانه و گنجینه اهدایی وی با نام بنیاد فرهنگی امیرکبیر افتتاح شد.
كاش اين مردم هم دانه‌هاي دلشان پيدا بود.