رئیس دفتر رئیس جمهور از پیام فضلی‌نژاد به سبب نگارش مقاله‌ای، به دادسرای فرهنگ و رسانه دادستانی تهران شکایت کرد.
بر اساس احضاریه شعبه 12 بازپرسی دادسرای فرهنگ و رسانه، پژوهشگر «موسسه کیهان» باید روز 8 آذر سال جاری به دادسرای عمومی و انقلاب تهران برای پاسخ به پرسش‌های بازپرس پرونده حضور پیدا کند.
مقاله «آیت‌الله علیه ماسون‌ها» یکی از نوشته‌های جنجالی «پیام فضلی‌نژاد» بود که دو سال و نیم قبل در 27 فروردین 1389 در روزنامه کیهان و هفته نامه 9 دی به چاپ رسید و پس از آن خبرگزاری فارس و سایت برهان متن کامل‌تری از آن را منتشر کردند. در این مقاله، پژوهشگر موسسه کیهان با شرح یکی از هشدارهای آیت الله محمدتقی مصباح یزدی با این عنوان که «خطر نفوذ فراماسونری در دولت» جدی است، به نگرانی این فیلسوف فقیه پرداخته بود؛ آیت الله مصباح یزدی گفته بود «خطری که من احساس می‌کنم شدیدترین خطری است که تاکنون اسلام را تهدید کرده است و آن هم از سوی نفوذی‌هایی است که در بین خودی‌ها در حال رشد هستند».
پس از انتشار مقاله فضلی‌نژاد در رسانه‌های اصولگرا، آیت‌الله مصباح یزدی در ملاقات با پژوهشگر موسسه کیهان در قم، از وی به دلیل نگاه موشکافانه تاریخی به تحولات سیاسی تقدیر کرد.
پیام فضلی‌نژاد در مهمترین بخش مقاله «آیت‌الله علیه ماسون‌ها» درباره «فرقه مشائیه»، حلقه انحرافی دولت را پیرو «قرائت ریچارد فرای» از اسلام دانسته و نوشته است که نتیجه «مکتب ایرانی» و این شیوه از «ژست‌های ملی گرایانه» اغلب به خیانت و تجدیدنظر طلبی اسلامی» انجامیده است.
پیام فضلی‌نژاد در کتاب «ارتش سری روشنفکران» که از سری کتاب‌های «نیمه پنهان» دفتر پژوهش‌های موسسه کیهان است، به نقد تفکر «فرقه مشائیه» پرداخته و درباره نزدیکی آراء آنان با نظریه «ملی‌گرایی اشراقی» از «ریچارد رورتی» (از رهبران فکری سازمان سیا) نوشته است.
«اسفندیار رحیم مشایی» از رسانه‌هایی که مقاله «آیت‌الله علیه ماسون‌ها» را منتشر کرده‌اند نیز مانند مدیر مسئول هفته نامه 9 دی به اتهام ایراد تهمت و افترا شکایت کرده است.
شکایت رئیس دفتر رئیس جمهور از پژوهشگر موسسه کیهان در حالی است که سال 1389 هیأت منصفه و دادگاه مطبوعات در پی شکایت مشایی از «حسین شریعتمداری» به دلیل افشاگری‌هایش علیه ارتباط حلقه انحرافی با دلال رابطه ایران و آمریکا و نیز انحرافات عقیدتی مشایی رأی به برائت مدیر مسئول روزنامه کیهان داد.
پیام فضلی‌نژاد پیش از این در نمایشگاه مطبوعات گفته بود که در صورت وصول شکایت مشایی، با مجموعه وسیعی از دلایل و مستندات درباره همگرایی وی با اندیشه‌های فراماسونری در دادگاه حاضر خواهم شد و این شکایت برای حلقه انحرافی، پرهزینه خواهد بود.