ملک‌زاده در جریان موضوع جنجالی برج‌های دوقلوی شیراز، مالک اصلی این پروژه را یکی از معتمدان آیت‌الله هاشمی شاهرودی معرفی کرده بود.
در پی انتصاب محمدشریف ملک‌زاده به سمت مشاور از سوی آیت‌الله هاشمی شاهرودی، خبرگزاری فارس به بررسی یکی از سوءاستفاده‌های وی از نام و اعتبار رییس وقت قوه قضاییه (آیت الله شاهرودی) می‌پردازد.
محمدهاشم غرقی مسئول وقت مرکز رسیدگی به شکایات مردمی ریاست جمهوری در سال 1386 و در جریان موضوع جنجالی برج‌های دوقلوی شیراز، طی نامه‌ای به محمود احمدی‌نژاد رییس جمهور به یکی از تخلفات محمدشریف ملک‌زاده معاون وقت سازمان میراث فرهنگی و گردشگری اشاره کرده است.
غرقی در این نامه نوشته است که پروژه مذکور (برج‌های دوقلو) در ظاهر متعلق به شخصی به نام آقای محمدحسن محمدپور مطلق بوده اما آقای ملک‌زاده معاونت سازمان میراث فرهنگی و گردشگری، ضمن دعوت از استاندار وقت، شخص دیگری به نام آقای مهدی حسینی را به عنوان مالک اصلی پروژه و معتمد آیت‌الله هاشمی شاهرودی و کسی که به عنوان سرمایه‌گذار، حسینیه حضرت آیت‌الله شاهرودی را در مشهد ساخته است، معرفی می‌کند تا بتواند از برخورد دستگاه‌های مربوطه برای توقف ساخت این برج‌های غیرقانونی جلوگیری کند.
در همین راستا نیز وقتی مامورین شهرداری در مورخ 15 اردیبهشت 1386 به منظور جلوگیری از تخلفات در موقعیت پروژه حضور می‌یابند، آقای محمدپور (مالک ظاهری پروژه) با مامورین شهرداری و نیروی انتظامی درگیر و مامورین را مورد ضرب و شتم قرار داده و به صراحت ضمن تهدید کلیه عوامل اجرایی، در راستای این ادعای ملک‌زاده، مدعی می‌شود که این پروژه متعلق به آیت‌الله هاشمی شاهرودی است.
با توجه به این موضوع و موارد متعدد دیگر که نشان از سوءاستفاده‌های ملک‌زاده از مسئولان، خصوصا رییس وقت قوه قضاییه داشته، سوال اینجاست که چرا باید چنین فردی، از سوی آیت‌الله هاشمی شاهرودی و رییس جمهور به منصب مشاورت گمارده شود؟