ازجمله قابل‌توجه‌ترین این واکنش‌ها نامه حدود ۴۰ نفر از استادان و پژوهشگران حوزه فلسفه بود که مهدی مجیدپور، رئیس دانشکده مدیریت، علم و فناوری دانشگاه صنعتی امیرکبیر را ناچار به نشان‌دادن واکنش کرد.
به گزارش هم‌میهن، این گروه در بیانیه‌ای ضمن ابراز نگرانی نسبت به این ماجرا نوشته بود: «حذف ظرفیت پذیرش دانشجوی کارشناسی ارشد در گروه فلسفه علم دانشگاه صنعتی امیرکبیر، موجب نگرانی عمیق ما امضا کنندگان این بیانیه شده است. ما این تصمیم را نادرست و نتیجه آن را به‌ضرر جامعه دانشگاهی فلسفه علم به‌طورخاص و فلسفه به‌طورکلی، می‌دانیم و به آن معترضیم. ما تاسیس گروه‌های فلسفه علم در کشور را به‌ویژه در دانشگاه‌های علوم پایه و صنعتی، تصمیمی درست می‌دانیم که در پاسخ به نیازی واقعی گرفته شده است و بر آنیم ضرورتی که تاسیس آن‌ها را حدود سه‌دهه قبل توجیه می‌کرد، امروز بیش‌ازپیش احساس می‌شود.»
در بخش پایانی این نامه آمده بود: «ما ضمن درخواست از مسئولان دانشگاه برای تجدیدنظر در این تصمیم، از آن‌ها می‌خواهیم اجازه ندهند آبروی یکی از مهم‌ترین نهاد‌های دانشگاهی کشور، قربانی قاعده‌شدن چنین روند‌ها و فرآیند‌های ناصوابی شود.» این نامه را موسی اکرمی، استاد پیشکسوت فلسلفه علم در ایران، ابراهیم آزادگان از دانشگاه صنعتی شریف، کیوان الستی و حامد بیکران بهشت از مرکز تحقیقات سیاست علمی کشور، حسن امیری‌آرا، حمید بهلول، علی حسین‌خانی، حسین شیخ‌رضایی و حسین معصومی‌همدانی از موسسه پژوهشی حکمت و فلسفه ایران، نعیمه پورمحمدی از دانشگاه ادیان، مالک حسینی پژوهشگر و مترجم فلسفه، محسن جوادی از دانشگاه قم، محمود مروارید، حمید وحید و امیر صائمی از پژوهشگاه دانش‌های بنیادی و... امضاء کرده بودند. کسانی که یکی از نکات عجیب برای‌شان آن بود که اساتید و اعضای هیئت‌علمی گروه فلسفه علم دانشگاه امیرکبیر از این حذف، اطلاعی نداشتند و خودشان هم ازطریق دفترچه از آن آگاه شدند.
این ابراز نگرانی گسترده موجب شد مهدی مجیدپور، رئیس دانشکده مدیریت، علم و فناوری دانشگاه صنعتی امیرکبیر روز چهارشنبه ۲۱تیرماه در گفتگو با همشهری آنلاین صفر شدن ظرفیت پذیرش دانشجو در مقطع کارشناسی‌ارشد در سال ۱۴۰۲ در این دانشکده را «مکثی جهت ترمیم زیرساخت‌های علمی و فنی موجود» بخواند و بیفزاید: «مشکلاتی که در زمینه زیرساخت‌های علمی و اجرایی این دوره وجود داشته، مستلزم یک تحلیل عمیق و اصولی است.» این توضیحات، اما همچنان کسانی را قانع نکرد و به‌عنوان مثال براساس شنیده‌ها در گفتگو با اساتیدی که مایل به ذکر نام‌شان نبودند، قصد مجیدپور حذف گروه فلسفه علم از دانشکده مدیریت، علم و فناوری و انتقال آن به دانشکده‌ای دیگر در دانشگاه امیرکبیر جهت پررنگ‌تر کردن دوره مدیریت کسب‌وکار (MBA) این دانشکده بوده، اما ظاهرا هنگامی که با واکنش‌های گسترده منفی مواجه شده سرانجام از این تصمیم عقب نشسته است.
موسی اکرمی، استاد پیشکسوت فلسفه علم در ایران و پایه‌گذار مقطع دکترای این رشته در کشور در پاسخ به اینکه وضعیت به‌وجودآمده و پاسخ رئیس دانشکده مدیریت، علم و فناوری دانشگاه امیرکبیر را چطور ارزیابی می‌کند، می‌گوید: «این اتفاق متاسفانه بخشی از قصه پرغصه فلسفه علم در ایران است که اگرچه زمانی روزگار خوشی در کشورمان داشت، اما اکنون ظاهرا به نقطه‌ای رسیده است که ازیک‌سو دانشگاه‌های ارائه‌دهنده دروس این رشته برای جذب دانشجو با مشکلاتی مواجه شده‌اند و ازسوی‌دیگر دانشجویان توقعات خاص خود را دارند که در برخی از دانشگاه‌ها برآورده نمی‌شود. مجموع این شرایط موجب شده است رشته فلسفه علم دچار آسیب‌هایی بسیار جدی شود. به‌گونه‌ای‌که اگر حسن‌نیت و عزمی‌جدی در مسئولان علمی وجود داشته باشد، باید به تجدیدنظر در این وضعیت و آسیب‌شناسی آن بپردازند.»
ازجمله دلایل مهدی مجیدپور برای صفرکردن ظرفیت پذیرش مقطع کارشناسی‌ارشد رشته فلسفه علم دانشکده مدیریت، علم و فناوری دانشگاه امیرکبیر در سال ۱۴۰۲ این بوده است که «این دانشکده در سال ۱۳۹۹، ۸ نفر ورودی در رشته فلسفه علم در مقطع کارشناسی‌ارشد داشته و از این تعداد صرفا یک‌نفر از پایان‌نامه‌اش دفاع کرده و ۷ نفر باقیمانده در آستانه ورود به سال چهارم و در یک وضعیت بحرانی قرار دارند» از موسی اکرمی می‌پرسیم آیا این دلیل و دلایل مشابه آن که از زبان مجیدپور شنیده شده، قابل‌قبول است یا خیر و او می‌گوید: «تا حدودی می‌توان با مهدی مجیدپور، رئیس دانشکده مدیریت دانشگاه صنعتی امیرکبیر همدل بود و پذیرفت که رشته فلسفه علم در این دانشگاه مانند برخی دانشگاه‌های دیگر با مشکلاتی مواجه شده و لازم است که در نحوه ادامه کار آن بازبینی کرد. همان‌طور که می‌دانید دانشگاه امیرکبیر، دانشگاهی صنعتی است و رشته‌های گوناگون فنی- مهندسی، مدیریت و... آن از جاذبه‌هایی برای برخی افراد برخوردار است و ظاهراً همین موجب‌شده اینطور به‌نظر بیاید که فلسفه علم وصله‌ای ناچسب به این دانشگاه است. دانشگاه امیرکبیر مانند برخی دانشگاه‌های دیگر به‌درستی تصمیم به فراهم‌آوردن زمینه تدریس رشته فلسفه علم گرفت با‌این‌حال از همان آغاز به‌نظر می‌آمد که باید دقت‌نظر بیشتری در این زمینه صورت می‌گرفت. ازجمله اینکه در جذب اعضای هیئت‌علمی مناسب که بتوانند ایجادکننده انگیزه لازم در دانشجویان این رشته که می‌توان بهترین دانشجویان کشور خطاب‌شان کرد دقت بیشتری صورت می‌گرفت و حتی اگر لازم بود به دانشجویانی که علاقمند به تحصیل در این رشته هستند سوبسید‌هایی تعلق می‌گرفت و زمینه‌ای برای جذب آن‌ها به بازار پس از فارغ‌التحصیلی فراهم می‌آمد. درحالی‌که عدم وجود این شرایط تبعاً پس از مدتی منجر به کاهش انگیزه‌ها شده و این مسئله‌ای است که باید به آسیب‌شناسی آن پرداخت.»
«واقعیت این است که باید بپذیریم آموختن فلسفه و در میان شاخه‌های گوناگون آن، فلسفه علم امری بسیار ضروری است. هرچند این اهمیت نباید موجب شود که به‌شکلی تشریفاتی به آموزش آن بپردازیم.» موسی اکرمی، استاد پیشکسوت فلسفه علم در ایران ضمن بیان این مطلب می‌افزاید: «هرچند اظهارات رئیس دانشکده مدیریت در مورد وضعیت دانشجویان رشته فلسفه علم در این دانشکده پربیراه نیست، اما باید بپذیریم که رشته‌هایی، چون فلسفه علم تا حدی باید از چارچوب‌های بروکراتیک بیرون بیاید. کسانی که در حال اندیشه‌ورزی در این رشته هستند و به‌عنوان مثال از رشته‌ای فنی به مقطع کارشناسی‌ارشد فلسفه علم آمده‌اند، نیازمند زمانی بیشتر برای آشنایی با حوزه فلسفه و شاخه‌های گوناگون آن هستند و باید برای آن‌ها تمهیدات دیگری اندیشید.»
اکرمی تاکید می‌کند ضمن همدلی با مسئولان و دست‌اندرکاران رشته فلسفه علم دانشکده مدیریت، علم و فناوری دانشگاه امیرکبیر معتقد است: «نگاه بخش‌بندی‌شده، نگاهی اشتباه است و ما نیازمند نگاهی‌کلی همراه با برنامه‌ریزی در سطح کلان هستیم و باید درک کنیم که تدریس فلسفه علم و آموختن آن امری ضروری‌است و تنها در صورت پی‌بردن به این ضرورت است که خود را موظف به فراهم‌آوردن زمینه تحصیل در این رشته تا مقطع دکترا خواهیم دانست. نکته دیگر اینکه حتی در صورت قبول دلایل رئیس دانشکده مدیریت، علم و فناوری دانشگاه امیرکبیر این حذف نباید به این شکل و به‌صورت پنهانی اتفاق می‌افتاد و نیازمند برگزاری جلساتی پیش از تصمیم‌گیری بود تا به این شکل موجب شوکه‌شدن دانشجویان و اساتید فلسفه علم نمی‌شد. خواسته ما از مسئولین نگاه کردن به این موضوع در سطحی کلان‌تر و اندیشیدن به این نکته است که اگرچه رشته فلسفه علم در ایران نیازمند آسیب‌شناسی است، اما راه‌حل این آسیب‌شناسی توقف بدون اطلاع از بالا نیست.»