دولت چهارم بعد از انقلاب در شرایطی آغاز شد که رئیس‌جمهور قصد داشت دولت خویش را یکدستتر کند بلکه از مجادلات حاکم بر کابینه کاسته شود. قصد رئیس‌جمهور برای فاصله‌گرفتن از نخست‌وزیری موسوی از سخنان ایشان در مراسم تنفیذ حکم ریاست‌جمهوری‌اش در حسینیه جماران هویدا بود.
شرق در ادامه نوشت: ایشان در ابتدای جلسه تنفیذ با بیان انتقاد‌های خود به شرایط اقتصادی کشور و گرایش دولت به «دولت‌سالاری»، تأکید کردند: «ریشه مشکلات امروز ما، وابستگی اقتصادی به خارج از این مرز‌ها و منحصربودن درآمد ما به درآمد حاصل از نفت است. فقدان یک برنامه همه‌جانبه اقتصادی و گرایش به دولت‌سالاری، یکی دیگر از مشکلات ماست که نتیجه این مشکلات را در کاهش رشد اقتصادی و گاهی در رشد منفی اقتصادی مشاهده می‌کنیم. باید در زمینه اقتصادی برنامه‌ریزی مستقل از نفت انجام بگیرد. گرایش به افزایش تولید داخلی به وجود آید و شدت پیدا کند و استفاده از سرمایه ابتکار و مدیریت و همکاری مردم جدی گرفته شود».
اما نظر امام بر ادامه نخست‌وزیری موسوی بود. رئیس‌جمهور نامه‌ای به رهبر انقلاب نوشت و اعلام کرد: «اگر حضرت‌عالی تشخیص می‌دهید که باید مهندس موسوی را معرفی کنم، حکم کنید. شما رهبر هستید. امام، اما در پاسخ گفت: «من حکم نمی‌کنم، اما به‌عنوان یک شهروند حق دارم نظر خودم را بدهم یا خیر؟... داستان ادامه داشت تا جایی که ۹۹ نماینده مجلس به نخست‌وزیری میرحسین رأی منفی دادند و ماجرای «۹۹ نفر» آغاز شد.
آذری‌قمی در مخالفت با رأی اعتماد به موسوی سخنان تندی گفت و حامیان موسوی، اما این سخنان را تمرد از دستور امام می‌نامیدند. آذری‌قمی در مجلس سخن از ارشادی و نه مولوی‌بودن نظر، ولی فقیه گفت و بدین ترتیب مخالفت خویش با میرحسین موسوی را درحالی‌که خلاف نظر امام بود، قابل توجیه دانست: «اگر ما در اینجا تحقیق نکنیم و به صرف این مطلب که، ولی فقیه فرموده، پس ما باید رأی بدهیم، عرض کنم که فردا، خدا، پیغمبر، ملت و خود امام ممکن است ما را مؤاخذه کنند». با‌این‌حال مجلس باز هم رأی به نخست‌وزیر پیشین داد.
اسحاق جهانگیری، نماینده جیرفت، در نطقی با دفاع از نخست‌وزیری میرحسین موسوی گفت که «اخیرا امام در پاسخ‌نامه‌ای که بیش از ۱۳۰ نفر از نمایندگان مجلس به محضر امام نوشتند و تقاضای رهنمود کردند، فرمودند: این‌جانب، چون خود را موظف به اظهارنظر می‌دانم به آقایانی که نظر خواسته‌اند، از آن جمله جناب حجت‌الاسلام آقای مهدوی و بعضی آقایان دیگر عرض کردم، آقای مهندس موسوی را شخص متدین، متعهد و در وضعیت بسیار پیچیده کشور دولت ایشان را موفق می‌دانم و هم‌اکنون تغییر آن را صلاح نمی‌دانم، ولی حق انتخاب با جناب آقای رئیس‌جمهور و مجلس شورای اسلامی محترم است».
در همان جلسه محمد خزاعی، نماینده رشت که بعد‌ها نماینده دائم ایران در سازمان ملل شد، هم در نطق خودش گفت: «با توجه به مجموعه شرایط، تعویض آقای نخست‌وزیر در این دوره از نظر اقتصادی و سیاسی و... به صلاح مملکت نیست و نخواهد بود».
میرحسین موسوی درنهایت نخست‌وزیر شد. درحالی‌که تغییرات کابینه از اواخر کابینه اول آغاز شده بود و افرادی که نگاه راست سنتی به اقتصاد داشتند، جای خود را به افراد تازه‌تری دادند. احمد توکلی جای خود را به حسین کمالی که از خانه کارگر برخاسته بود، داد. مرتضی نبوی رفت و جای خود را به محمد غرضی داد. به‌جای حبیب‌الله عسگراولادی هم ابتدا جعفری و سپس وهاجی آمدند. این افراد هرچند به چپ اقتصادی اعتقاد نداشتند، اما به اقتصاد راست سنتی هم معتقد نبودند.
هفت نفر از چهره‌های راستی کابینه نخست موسوی که به علت مخالفت امام نتوانسته بودند از کابینه جدا شوند در دولت دوم خودبه‌خود حضور نداشتند. مرتضی نبوی می‌گوید که «سال ۱۳۶۴ که در نهایت مهندس موسوی از ما در کابینه دوم خود استفاده نکرد و ما کنار گذاشته شدیم. آقای موسوی دولت دوم را انتخاب کرد و بنده را به مجلس معرفی نکرد. در واقع دولت ایشان در دوره دوم نخست‌وزیری‌شان یکدست شد. البته آقای ولایتی و رفیق‌دوست به‌دلیل حساسیت‌های حضرت امام در کابینه حضور داشتند که از طیف ما بودند».
چینش کابینه در چنین فضایی و در شرایطی که نخست‌وزیر و رئیس‌جمهور چندان هم‌سخن با یکدیگر نبودند آن‌قدر پیچیده شده بود که گاه برای انتخاب یک وزیر، اکبر هاشمی‌رفسنجانی به تناوب با نخست‌وزیر و رئیس‌جمهور به گفت‌وگوی تلفنی بنشیند. با‌این‌حال کابینه دوم میرحسین موسوی یکدستتر و تعارضات بسیار کمتر شد؛ چراکه با حمایت‌های رهبر انقلاب، عملا کابینه دوم در اختیار چپ‌های اقتصادی قرار گرفت و پارادایم فکری اعضای کابینه بیش از پیش هماهنگ شد.
مرشد اقتصادی اصلی این سال‌های کابینه را می‌توان میرمصطفی عالی‌نسب دانست که حال به سبب همشهری‌بودن یا به هر علت دیگری نفوذی انکارناپذیر بر نخست‌وزیر داشت. گفته می‌شود که نخست‌وزیر بدون اینکه حرف عالی‌نسب را بشنود سیاست اقتصادی را پیش نمی‌گرفت و اگر عالی‌نسب در مورد مصوبه‌ای کارشناسی نظر منفی می‌داد آن مصوبه بایگانی می‌شد. جالب اینجاست که عالی‌نسب، اولین رئیس ایران‌ناسیونال (ایران‌خودرو) بعد از انقلاب و بعد از ملی‌شدن این شرکت بود. او جایگزین خیامی شده بود.
موسوی‌لاری در دفاع از سیاست‌های اقتصادی جنگ می‌گوید: «وقتی یک جنگ تمام‌عیار در بیش از هزار کیلومتر در مرز‌های کشور دارید و درآمد‌های نفتی و غیرنفتی به حداقل می‌رسد و درآمد‌ها در حد تأمین نیاز‌های جبهه و پشت جبهه است و باید تجهیزات نیرو‌های مسلح، مواد غذایی، کالا‌های اساسی و مایحتاج عمومی را فراهم کنید؛ در چنین شرایطی اگر شما نتوانید منابع اقتصادی را مدیریت کنید، جامعه با مشکل روبه‌رو می‌شود و اگر هم بخواهید مدیریت کنید قاعدتا دولت باید وارد برنامه‌ریزی شود و امکانات را کوپنی، سهمیه‌بندی و اولویت‌بندی کند و واقعا دولت در زمان جنگ چاره‌ای جز این نداشت.
اگر غیر از این عمل می‌کرد، اصلا مدیریت کشور شدنی نبود، آن زمان توان و ظرفیت کشور در حدی نبود که بتوانیم با اقتصاد مبتنی‌بر بازار آزاد کار‌ها را پیش ببریم. در شرایطی غیر از شرایط جنگ، این امکان وجود دارد که دستگاه‌های خصوصی و مردم جای دستگاه‌های عمومی را بگیرند، ولی در شرایط جنگ این انتقاد که اقتصاد کشور دولتی بود، خیلی وارد نیست. نمی‌خواهم بگویم که دولت مهندس موسوی نقصی نداشت، قطعا نقص‌های جدی داشته، ولی تصمیم‌گیری اقتصادی آن زمان ضرورت آن روز بوده و چاره‌ای جز این نبوده است».
ما در نیمه دوم جنگ، سال ۱۳۶۴ را با تورم زیر شش درصد سپری کردیم. دور دوم دولت جنگ مصادف بود با انحلال حزب جمهوری اسلامی. از یک حزب چند صدای متضاد و اختلاف ایدئولوژیک برخاستن، آوای ناقوس اضمحلال آن است. در ۱۱ خرداد ۱۳۶۶ نامه‌ای تنظیم شد که در آن آمده بود: «احساس می‌شود که وجود حزب، دیگر آن منافع و فواید آغاز کار را نداشته و به عکس ممکن است تحزب در شرایط کنونی بهانه‌ای برای ایجاد اختلاف و دودستگی و موجب خدشه در وحدت و انسجام ملت گردد» و درنهایت، تعطیلی حزب پیشنهاد شده بود. رهبر انقلاب نیز با تعطیلی حزب موافقت کرد.
با‌این‌حال اختلافات در دولت سرجای خودش بود. اختلافی که حتی یک‌بار در شهریور ۱۳۶۷ و کمی بعد از پایان جنگ ایران و عراق، به استعفای موسوی از نخست‌وزیری انجامید؛ استعفایی که با مخالفت شدید امام روبه‌رو و منتفی شد. با همه‌پرسی بازنگری قانون اساسی در سال ۱۳۶۸ مقام نخست‌وزیری از ساختار سیاسی ایران حذف شد؛ بنابراین میرحسین موسوی آخرین نخست‌وزیر ایران بود.
دستور تشکیل مجمع تشخیص مصحلت از سوی امام خمینی برای حل اختلاف مجلس و شورای نگهبان، موافقت امام خمینی با تشکیل مجمع روحانیون مبارز توسط انشعاب‌کنندگان از جامعه روحانیت مبارز تهران، تشکیل سومین دوره مجلس شورای اسلامی با اکثریت جناح چپ، ماجرای مک‌فارلین، پذیرش قطع‌نامه ۵۹۸ توسط ایران، صدور فتوای قتل سلمان رشدی ازسوی امام خمینی، برکناری آیت‌الله منتظری از قائم‌مقامی رهبری، درگذشت بنیان‌گذار جمهوری اسلامی، انتخاب آیت‌الله خامنه‌ای به‌عنوان رهبر انقلاب ازسوی مجلس خبرگان، همه‌پرسی اصلاح قانون اساسی، حذف نخست‌وزیری و حذف شرط مرجعیت برای رهبری از جمله رخداد‌های مهم دولت چهارم جمهوری اسلامی ایران است.