خاتمی به عنوان نماینده ادوار سوم تا پنجم مجلس خبرگان رهبری از حوزه انتخابیه کرمان، هماکنون عضو هیئت رییسه و عضو کمیسیون تحقیق موضوع اصل ۱۱۱ قانون اساسی این مجلس است. عضویت در شورایعالی مجمع جهانی اهل بیت و هیئت مدیره مرکز تحقیقات کامپیوتری علوم اسلامی از دیگر مناصب این عضو جدید شورای نگهبان به حساب میآید.