رئيس سازمان اوقاف را رهبري تعيين ميکند. اما اين سازمان در زمره نهادهايي است که خودش بازرسي دارد يا ديوان محاسبات و بازرسي کل کشور يا ديوان عدالت اداري از حيث تخلفات اداري، حسابهاي آن را تحت کنترل دارند. البته ممکن است که بازرس ويژه بخواهد وارد بررسي اين نهادها هم بشود که اگر ضرورتي پيدا شود، اين اختيار را دارد. در واقع نهادهايي که از بودجه عمومي استفاده ميکنند، در اين دسته قرار نميگيرند، اما بازرس ويژه چنانچه ضرورتي ايجاد شود، ميتواند وارد بازرسي از اين نهادها شود.