اولین جرقههای اختلاف بین شورای نگهبان و وزارت کشور، پیش از شروع انتخابات زده شد. این دو نهاد بر سر انتخاب اعضای معتمدان هیئتهای اجرائی، بهویژه در شهر تهران، اختلاف داشتند. پس از اندکی کشمکش، وزارت کشور موضوع را به امام خمینی گزارش داد و ایشان هم حجتالاسلام احمد خمینی را مأمور وساطت کردند تا در نهایت ماجرا فیصله پیدا کند. موضوع اینجا بود که ارکان اصلی نظام عزم خود را جزم کرده بودند تا انتخابات سومین مجلس در روز قدس برگزار شود و اختلافها در حال تبدیلشدن به مانعی بر سر راه این هدف بود. از سوی دیگر، جنگ نیز هنوز خاتمه نیافته بود. کمی بعد اختلاف دیگر شورای نگهبان و وزارت کشور بر سر تشخیص صلاحیت کاندیداها آشکار شد.