آیت الله سیستانی در قامت یک مرجع دینی در جنگ با داعش توصیههای اکید اخلاقی ارائه کرد که بسیار موثر واقع شد. او در سال ۲۰۱۵ مجموعه توصیههایی به عموم نیروهای نظامی شرکت کننده در جنگ با گروه داعش از جمله نیروهای ارتش عراق و نیروهای مردمی حشد شعبی صادر کرد.