محمد مهاجری در یادداشتی ضمن انتقاد به دوگانگی "نظام" و "مسئولان نظام" در ادبیات سیاسی و به ویژه در بحث مذاکرات ایران و آمریکا، یادآور شد: چه مذاکره و چه جنگ، هر دو یک خاستگاه تصمیم گیری داردو آن شورایعالی امنیت ملی است که مصوباتش با تصویب رهبرانقلاب قابلیت اجرا دارد.