مرکز تحقیقات استراتژیک ریاست جمهوری در دولت هاشمی تشکیل شد ولی به دلیل انتقادهای اعضا نسبت به دولت که عمدتا از طیف رادیکال جریان چپ بودند، چندان مورد توجه رئیس جمهور وقت قرار نگرفت، در دولت اصلاحات به دلیل همسویی با رئیس جمهور وقت فرصت تاثیرگذاری پیدا کرد و سرانجام دولت محمود احمدی نژاد آن را به حالت نیمه تعطیل رها کرد.