ژنرال پرادو توانست چه گوارا و شورشیان همراهش را در یک جنگل دور افتاده در بولیوی محاصره کند. در زمان بازداشت چه گوارا، از گروه ۱۲۰ نفری همراه او تنها ۲۲ نفر زنده بودند. یک روز پس از بازداشت چه گوارا، افسر دیگری به نام ماریو تران او را اعدام کرد و جنازهاش در یک مکان سری دفن شد.
سانکارا در سراسر آفریقا همچنان یک نماد محسوب میشود. تاکسیهایی در سراسر غرب آفریقا برچسبهایی با تصویرش دارند. در آفریقای جنوبی، ژولیوس مالما رهبر افراطی مخالفان از او بهعنوان یکی از افراد الهامبخش خود یاد میکند.