آيت الله سيد جلال الدين طاهري اصفهاني با انتشار بيانيه‌اي نسبت به تحولات بعد از انتخابات موضع گيري كرد.
در بخش ابتدايي اين بيانيه آمده است:انتخابات ریاست جمهوری 22 خرداد از چند جهت حادثه تاریخی و حائز اهمیت است اول آنکه ملت بزرگ، بصورت یکپارچه و بانشاط و امیدوار به تغییر سرنوشت خود به پای صندوق‌های رای حاضر شدند و این بهترین هدیه‌ای بود که می‌توانست کشور و انقلاب را از بسیاری خطرات بیرونی و درونی مصون داشته و در مسیر امید و رشد و شکوفایی و عدالت حقیقی به تعالی برساند.
آيت الله طاهري با انتقاد از رويه‌هاي كه در جريان انتخابات صورت گرفت كه به گفته وي موجب از دست رفتن فرصت طلايي حضور باشكوه مردم در انتخابات شد،تاكيد كرد: من به عنوان فرد کوچکی که عمر خود را به طلبگی و مبارزه و عواقب آن و خانه نشینی در این ایام گذرانده‌ام، خاضعانه و از سر درد به همه مراجع معظّم و روحانیّت محترم میگویم " کونوا للظالم خصماً و للمظلوم عوناً” من با دیده گریان و قلبی اندوه بار به عینه می‌بینم که کهنه دشمنان و مخالفان امام راحل که او را برای مبارزه و تاسیس جمهوری اسلامی تخطئه می‌کردند، امروز با تمام قوّت و با همان دشمنی تئوری پردازان قدرتمندان شده و از درون به هدم و نابودی عقاید حکومتی مرحوم امام و به موزه فرستادن عملی آن فعالانه مشغول هستند.
من مطمئن هستم که روح بلند او و شهدا و سرداران بزرگ ما از این انحرافات اساسی که بر سر اصول مردم سالارانه جمهوری اسلامی آمده است نگرانند. اگر مردم را به استناد "الناس مسلطّون علی اموالهم و انفسهم" مسلّط بر سرنوشت خود بدانیم، اگر این تسلط را با آرا خود به دولت و حکومت تفویض نمودند، وظیفه آنها است بحکم امانتداری در رعایت حقوق آنان کوشا بوده و در صیانت آن امین باشند.
"لا تنظروا الی طول ركوع الرجل و سجوده، فان ذلك شیء اعتاده؛ فلو تركه استوحش لذلك و لكن انظروا الی صدق حدیثه و اداء الامانته" که در این روایت ملاک تقوی و صلاحیت، راست گویی و امانتداری است نه طول رکوع و سجود و تظاهر به دین داری کما اینکه در آیه شریفه "ولایجرمنکم شنان قوم علی ان لاتعدلوا اعدلوا هو اقرب للتقوی" مقصود عدالت ورزی با مخالفان و دشمنان است و اگر مردم و امام جمهوری اسلامی را با آزادی و استقلال تعریف کردند، آزادی و استقلال موافقان در هرکاری که اراده کنند نیست بلکه آزادی مردم بر اساس قانون و استقلال کشور و قوانین از سلطه زورمندان است.
وي در بخش ديگري از بيانيه خود خاطر نشان كرد:این روزها مشاهده می‌شود که با تقطیع بعضی از فرمایشات امام که به نفع اقدامات و برنامه‌های خود تشخیص می دهند، سعی دارند پشت این چهره ملکوتی سنگر گرفته و اعمال و رفتار خود را با معترضان توجیه نمایند.
من برای تنویر افکار عمومی به صراحت اعلام می‌کنم این روش‌ها ادامه همان استفاده ابزاری از دین و مقدسات و خارج کردن مخالفان از دائره امام و بدبین کردن جوانان به دین و امام اتفاق می‌افتد.
آیا امام معتقد بود کسانی که باید در انتخابات بی طرف باشند، رسما وارد حمایت علنی از کاندیدای خاصی بشوند؟ آیا امام اجازه می‌داد امکانات عمومی و بیت المال مسلمین برای یک کاندیدا بدون هیچ محدودیتی استفاده شود؟ آیا امام اجازه می‌داد حیثیت و آبروی افراد این گونه در معرض و منظر مردم ملعبه بازیگران قدرت قرار گیرد؟ و آیا دین چنین اجازه‌ای به شما داده است؟
چرا چتر حمایت قانون فقط برای شما و دوستان شما است و تنها هنگامی دین، قانون و امام عزیز می‌شوند که بتوانید منفعتی از آن ببرید؟ آیا این مصداق "نومن ببعض و نکفر ببعض" نیست؟
آیا این از مصادیق عدالت است که سیّد شریف و مظلومی چون میرحیسن موسوی که در سخت‌ترین دوران‌های این کشور مسئولیّت اداره دولت را با وجود جنگ هشت ساله و محاصره اقتصادی و گروه‌های محارب و تثبیت انقلاب با موفقیت تمام طی نمود و تا آخرین لحظات عمر امام، عزیز و محبوب این رادمرد بزرگ بود، اکنون عامل استکبار، اغتشاشگر و مستوجب کیفر باشد و باید حقوقش پایمال گردد؟ بدرستی که دشمن شماره یک انسان نفس اوست(اعدی عدوک نفسک التی بین جنبک).
آيت الله طاهري در بخش پاياني بيانيه خود تاكيد كرده است :از عموم مردم و جوانان عزیز می‌خواهم ضمن حفظ آرامش فعّال، مراقب رخنه عناصر مشکوک برای بهانه دادن به سرکوب باشند و بدانند خداوند سنّت خود را حمایت از مظلوم و هدم ظالم قرار داده است" و سیعلم الّذین ظلموا ایّ منقلب ینقلبون"
