سنگ‌قبر‌هایی تاریخی متعلق به عصر صفوی در محوطه امامزاده سید محمد خمینی‌شهر اصفهان رها شده‌اند. این قطعه‌سنگ‌های قدیمی، تاریخ معین، کتیبه‌های حجاری‌شده با انواع رسم‌الخط، اشعار مذهبی، تزئینات کنگره‌ای شامل درخت سرو و انواع ترنج‌های تزئینی وجود دارد، اما امروز به نامناسب‌ترین شکل ممکن با فاصله کوتاهی از جنوب شرقِ ایوان گزی‌ها در مجموعه زیارتی امامزاده سید محمد خمینی‌شهر استان اصفهان رهاشده و مستقیماً در معرض تخریب طبیعی و انسانی قرار دارند.