روزنامه کیهان در مطلبی با عنوان "غيرت ديني يكطرفه آقاي اصلاح طلب جديد!" نوشت:

مواضع متناقض علي مطهري در قضاوت هاي سياسي تمامي ندارد.

وي در مصاحبه با روزنامه زنجيره اي شرق از يك سو خواستار رد صلاحيت اسفنديار رحيم مشايي شد و از طرف ديگر بر لزوم نامزدي خاتمي تاكيد كرده است او رد صلاحيت خاتمي را نشانه عدم سعه صدر نظام و تائيد صلاحيت مشايي را باعث زير سؤال رفتن شوراي نگهبان توصيف كرده است.

مطهري كه چند ماه پيش به خاطر حمله و اهانت به شوراي نگهبان و حمايت از برخي دست اندركاران فتنه از سوي شبكه دولتي انگليس، عنوان اصلاح طلب جديد را دريافت كرد، خواستار حضور خاتمي در انتخابات با وجود احتمال رد صلاحيت وي شده و مي گويد: تهديدها نبايد تاثيري بر نامزدي خاتمي بگذارد. [اگر رد صلاحيت شود] خود همين هم بركاتي دارد؛ از اين نظر كه ميزان سعه صدر نظام در برابر منتقدان مشخص شده و برخي رويكردها شفاف تر مي شود. هر چه مسائل براي مردم روشن تر شود بهتر از اين است كه در هاله اي از ابهام باقي بماند.

وي افزوده است: اگر آقاي خاتمي بنا دارند بيايند بايد همه هزينه ها را -حتي رد صلاحيت- بپذيرند و آماده باشند. نبايد با روحيه منفعل وارد كارزار انتخاباتي شد.

مطهري همچنين گفته كه «اگر آقاي هاشمي نمي آيد اصلاح طلبان بايد حضور جدي داشته باشند تا از افراط ها كاسته شود».

وي در عين حال درباره احتمال نامزدي مشايي مي گويد به احتمال قوي از دو جهت رد صلاحيت مي شود، يكي از جهت رجل سياسي نبودن و دوم از جهت گرايش هاي فكري غيراسلامي. اگر شوراي نگهبان صلاحيت او را تاييد كند مشروعيت خود را زير سؤال مي برد.

آنچه محل تامل در سخنان علي مطهري است اينكه

1- سعه صدر نظام در قبال چه كساني بايد باشد؟ فتنه گراني كه به خاطر حذف اسلام از جمهوري اسلامي و اهانت به امام و ولايت فقيه و سردادن شعارهايي به نفع آمريكا و رژيم صهيونيستي، بارها مورد تحسين سران جبهه استكبار واقع شدند؟ موضع نظام در قبال بانيان و زمينه چينان آن خيانت بزرگ ابهامي ندارد كه بخواهد بعد از اين روشن شود.مسائل براي مردم هم كاملا روشن است كه حماسه نهم دي را رقم زده و چشم فتنه را كور كردند.

2- اگر مشايي به خاطر عملكردش و گرايش هاي فكري غيراسلامي فاقد صلاحيت است كه هست، خاتمي به طريق اولي و به اعتبار پيش قراولي در حمايت از جريان هاي منحرف روي دست امثال مشايي بلند شده و چند برابر مشايي مرتكب خيانت شده است. تحت مسئوليت آقاي خاتمي بود كه در نشريات و ميتينگ هاي عناصر ساختارشكن مدعي اصلاح طلبي، از ختم انقلاب و به موزه رفتن امام خميني(ره) و انكار نبوت و امامت و قداست قرآن و احكام قطعي اسلام سخن گفته شد و براي براندازي جمهوري اسلامي آشوب هاي زنجيره اي ترتيب يافت.

البته آن روزگار هنوز آقاي علي مطهري مانند امروز دگرگون نشده بود و در نوشته ها و مصاحبه هاي به غايت تند و تيز، مدعيان اصلاح طلبي را افراطي تلقي مي كرد و امروز در حالي كه آنها به نسبت 12-10 سال پيش به مراتب ساختارشكن تر شده اند، از آنها به عنوان مقابله كنندگان با افراط ياد مي كند!

با اين اوصاف منطقي است كه شوراي نگهبان برخورد يكساني با عناصر منحرف داشته باشد نه اينكه مانند برخي سياست بازان تازه از راه رسيده منش يك بام و دو هوا پيشه كند.