بر اساس گزارشی که روابط عمومی معاونت شهرسازی و معماری شهرداری تهران ارائه داده، ارتش به عنوان مالک و صاحب پروژه ساخت‌وساز بلندمرتبه در زمین مجاور باغ گیاه شناسی به توافق جدیدی با شهرداری تهران رسیده که بر اساس آن، «حقوق مالکانه مجوز ساخت برج‌ها در حریم باغ گیاه شناسی» به نقطه دیگری از تهران منتقل شود. به این معنا که همین تعداد برج با همین کاربری بتواند در جای دیگری از شهر احداث شود.
به گزارش دنیای اقتصاد، زمین پروژه البته در منطقه ۲۲ به لحاظ قیمت، با زمین‌های دیگری که ارتش یا شهرداری دارد و قرار است مجوز ساخت به روی آن‌ها منتقل شود، با هم متفاوت است و احتمالا ارتفاع مجاز ساخت برج در منطقه ۲۲ از جا‌های دیگر تهران بیشتر باشد که در این صورت، هنوز مشخص نیست عملیات انتقال حقوق مالکانه چگونه صورت می‌گیرد. اما با این حال، این توافق به «نگرانی گسترده کارشناسان شهری و زیست محیطی و گردشگری از بابت آسیب‌هایی که برج سازی در حریم باغ گیاه شناسی می‌تواند به این باغ ارزشمند وارد کند»، پایان خواهد داد.
این گنجینه ارزشمند طی دهه‌های مختلف از زمان تاسیس در دهه ۴۰ تاکنون توانسته مجموعه‌ای از گیاهان بومی و غیر‌بومی را در دل خویش جای دهد.
معاونت شهرسازی در این باره اعلام کرد، در سال ۱۳۹۳ با توجه به ضوابط و شرایط قانونی آن زمان پروانه ساخت‌وساز پیرامون باغ ملی گیاه‌شناسی صادر شد و در پی آن صدور پروانه در سال ۱۴۰۱ مقررات جدیدی بر آن وضع شد که این مقررات جدید قاعدتا از منظر قانونی به دلیل آنکه قانون عطف بماسبق نمی‌شود امکان اصلاح پروانه صادره سال ۱۳۹۳ بدون توافق وجود نداشت. از سوی دیگر به دلیل حفظ باغ گیاه‌شناسی و ضرورت رعایت حریم آن صدور پروانه نگرانی بسیاری از کارشناسان و دلسوزان را در پی داشت.
حمیدرضا صارمی، معاون شهردار تهران در این باره گفت: ما در معاونت شهرسازی و معماری شهرداری تهران در این دوره مدیریت شهری دغدغه حفظ این باغ از هر گونه آسیبی را در آینده داشتیم. با توجه به دغدغه رفع آسیب و حل بحران پیش روی باغ ملی گیاه‌شناسی به دلیل صدور پروانه ساخت‌وساز در سال‌های گذشته، در نهایت طی جلساتی از طرف شهرداری تهران با تمام نهاد‌های ذی‌ربط موضوع مطرح و چالش صدور پروانه قانونی بررسی شد. اما ابطال آن در اختیار مراجع دیگر بود و از سوی دیگر ضرورت حفظ باغ ملی گیاه‌شناسی به عنوان یک میراث ارزشمند وجود داشت. به گزارش «دنیای‌اقتصاد» و بر اساس اعلام معاونت شهرسازی، در آستانه سال جدید با تصمیم و توافق شهردار تهران و فرمانده کل ارتش پرونده ساخت‌وساز در حریم درجه یک باغ ملی گیاه‌شناسی بسته شد و نهایتا مقرر شد تا پروانه صادره ساخت‌وساز در حریم باغ گیاه‌شناسی اصلاح شود و با هماهنگی ادارات و دیگر سازمان‌ها و بر اساس مصوبه شورای عالی معماری و شهرسازی با حفظ حقوق برای تعاونی‌های ساخت مسکن در حریم باغ گیاه‌شناسی که در آنجا دارای حق مکتسبه بوده‌اند در مکان و فضای دیگری برای ساخت مسکن زمین معوض داده شود.