آیت‌الله شاهرودی هم در جلسات مجمع تشخیص مصلحت نظام غیبت دارد هم در جلسات شورای نگهبان. نجات‌الله ابراهیمیان، عضو شورای نگهبان در پاسخ به این سؤال که آیا آیت‌الله هاشمی‌شاهرودی در جلسات شورای نگهبان حاضر می‌شود، گفته است: خیر ایشان در جلسات حاضر نیستند.
به گزارش شرق، سیدمحمود هاشمی‌شاهرودی از دوره سوم شورای نگهبان به عضویت این شورا درآمد. او در دوره چهارم به‌دلیل انتصاب به‌عنوان رئیس قوه قضائیه در شورای نگهبان نبود، اما با اتمام ریاستش بر دستگاه قضا بار دیگر به شورای نگهبان بازگشت و همچنان یکی از شش فقیه عضو این شوراست. دی‌ماه سال ۹۶ هم در حالی که حدود پنج ماه از ریاست آیت‌الله هاشمی‌شاهرودی بر مجمع تشخیص مصلحت نظام می‌گذشت، با تعطیل‌شدن کلاس درس او، اخباری مبنی بر بیماری ایشان منتشر شد. بعد از آن هم خبر اعزام ایشان به آلمان برای درمان منتشر شد.
هاشمی‌شاهرودی روز‌های آرامی را هم در آلمان سپری نکرد و حضورش در این کشور، حاشیه‌های زیادی به همراه داشت تا جایی که یک نماینده مجلس فدرال آلمان خواستار پیگرد قضائی او شد. هاشمی‌شاهرودی پس از بازگشت در یک نشست خبری اشاره‌ای به اشتباه پزشکی داشت و گفت: «یک سال است مبتلا به مشکلی در روده شده بودم. بعد از مدت‌ها مشخص شد غده در روده بزرگ است؛ بنابراین به اطبا مراجعه کردم. البته دوستان اصرار می‌کردند برای معالجه به خارج از کشور بروم که من قبول نکردم. من در مشهد و تهران به دکتر مراجعه کردم و در بیمارستان ساسان دو عمل جراحی داشتم که بعد از مدتی مشکل دیگری در کلیه چپ من ایجاد شد که پزشکان بر سر معالجه من دچار اختلاف‌نظر شدند. برخی از آن‌ها بر عمل جراحی اصرار داشتند و برخی اعتقاد به جراحی نداشتند. بالاخره به دلیل غده دوم که بزرگ شده بود، مجبور شدم عمل کنم و این عمل را در بیمارستان ساسان انجام دادم. همین اختلاف‌نظر‌های پزشکان باعث شد هم بستگان و هم پزشکان اصرار کنند معالجه را در خارج از کشور دنبال کنم که به همین دلیل مدارک پزشکی به خارج از کشور فرستاده شد»، اما بعد از مدتی محمدرضا باهنر، قصور پزشکی درباره رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام را افشا کرد. به گفته او در یکی از عمل‌های جراحی که روی هاشمی‌شاهرودی صورت گرفته، به‌جای غده، کلیه را از بدن او خارج کردند! بعد از این افشاگری، سخنگوی وزارت بهداشت ادعای قصور پزشکی در درمان رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام را خلاف واقع عنوان کرد، اما بااین‌حال پس از بازگشت هاشمی‌شاهرودی از آلمان جلسات مجمع تشخیص مصلحت نظام به روال گذشته برگزار نشد.
برخی از اعضای مجمع، دلیل این بی‌نظمی جلسات را بیماری رئیس مجمع می‌دانند. یکی از شاگردان آیت‌الله تابستان سال جاری گفت که کلاس هاشمی‌شاهرودی همچنان از دی‌ماه سال گذشته به دلیل بیماری ایشان تعطیل شده و تا امروز هیچ جلسه‌ای تشکیل نشده است. اگرچه برخی از نزدیکان او از بهبودی حالش خبر داده بودند، اما آیت‌الله هاشمی‌شاهرودی به ندرت در جلسات مجمع تشخیص مصلحت شرکت می‌کند و این جلسات با ریاست آیت‌الله موحدی‌کرمانی برگزار می‌شود. تا جایی که انتشار تصاویری از آیت‌الله سیدمحمود هاشمی‌شاهرودی در یکی از جلسات تیرماه مجمع تشخیص مصلحت نظام، بار دیگر موضوع بیماری و وخامت حال رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام را در افکار عمومی به جریان انداخت.
یکی از شاگردان آیت‌الله هاشمی‌شاهرودی همان تیرماه گفته بود: «ایشان دو سال است که درگیر بیماری هستند. بعد از عکسی که از ایشان در رسانه‌ها منتشر شد من با پسرشان تماس گرفتم و ابراز نگرانی کردم. اما پسر ایشان اعلام کردند که حاج آقا در حال طی‌کردن سیر درمانی هستند».